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Le syndrome de la feuille jaune de la canne à sucre causé par le Sugarcane yellow leaf virus (SCYLV) à La Réunion : caractérisation et impact

Rassaby Laurence. 2001. Le syndrome de la feuille jaune de la canne à sucre causé par le Sugarcane yellow leaf virus (SCYLV) à La Réunion : caractérisation et impact. Saint-Denis : Université de la Réunion, 135 p. Thèse de doctorat : Phytopathologie : Université de la Réunion

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Encadrement : Rott, Philippe

Abstract : Des recherches ont été menées sur le syndrome de la feuille jaune causé par le Sugarcane yellow leaf virus (SCYLV) dans le but de déterminer l'impact du virus sur les principaux cultivars de canne à sucre à La Réunion, d'étudier l'évolution des populations virales dans la plante et au champ, d'analyser la dissémination de la maladie sur l'île et de caractériser la variabilité génétique du SCYLV à La Réunion en comparaison avec des isolats d'autres origines géographiques. Les caractéristiques agronomiques de cannes à sucre infectées ou non par le SCYLV ont été comparées dans une expérimentation au champ avec trois cultivars de canne à sucre couvrant plus de 90% de la sole cannière à La Réunion: R570, R577 et R579. Des pertes significatives de la production en tonnage (23%) et en sucre (11%) ont été mises en évidence dès le premier cycle de récolte pour le cultivar R577, mais pas pour les deux autres cultivars. De plus, malgré une proportion non négligeable de jaunissements foliaires causés par des facteurs divers, un pourcentage important de jaunissements (10 à 60% selon le cultivar) a pu être attribué au SCYLV. Les symptômes les plus sévères sont essentiellement liés à la présence du Virus dans la plante. Une enquête a été conduite de 1998 à 2000 pour déterminer la progression du syndrome de la feuille jaune dans les champs de canne a sucre à La Réunion. Le SCYLV a été recherché dans trois cultivars (R570, R575 et R579) par la technique des immuno-empreintes (IE). Les pourcentages de tiges infectées ont varié selon le cultivar et selon le site de prélèvement, mais sont restés relativement stables sur une période de 30 mois. Toutes zones de culture confondues, le cultivar R575 est le plus infecté (98%) et les cultivars R570 et R579 les moins infectés (50 et 52% respectivement). Ces résultats suggèrent qu'à La Réunion 1/ le niveau de résistance au syndrome de la feuille jaune diffère en fonction des cultivars, 2/ les souches de canne à sucre infectées ne récupèrent pas de la maladie après la récolte et 3/ le virus est principalement propagé par la plantation de boutures infectées et non par l'intermédiaire d'insectes vecteurs. La dynamique du SCYLV dans la canne à sucre a été étudiée à l'aide de boutures de quatre cultivars (R570, R575, R577 et R579) et deux techniques de détection (IE et RT-PCR). Un mois après la germination des boutures infectées en serre étanche aux insectes, le virus a été retrouvé dans toutes les feuilles, tiges et racines quel que soit le cultivar. Cette distribution du SCYLV dans toute la plante n'a pas varié pendant une période de croissance des plantes de 10 à 11 mois. Deux espèces de pucerons ont été identifiées sur canne à sucre à La Réunion: Melanaphis sacchari et Rhopalosiphum maidis. La présence du SCYLV a été mise en évidence par RT-PCR uniquement dans des colonies de pucerons de Melanaphis sacchari. Deux mois après la plantation du cultivar sensible R575 indemne de SCYLV dans une zone infestée par le virus, 14% des plantes étaient infectées par le SCYLV. Six mois plus tard, ce taux était de 24% et les nouvelles infections étaient essentiellement dues à des contaminations secondaires. Il existerait donc à La Réunion une fenêtre réduite de contaminations primaires qui serait située entre 0 et 2 mois après la plantation des boutures au champ. La variabilité génétique du SCYLV a été analysée avec 48 isolats viraux de La Réunion et 24 isolats originaires d'autres pays. Une partie de chacun des six ORFs du génome a été amplifiée par RT-PCR, clonée puis séquencée. L'analyse phylogénétique des séquences obtenues a permis de montrer que les régions les plus variables du SCYLV sont l'ORF 1 codant pour une protéine multifonctionnelle et l'ORF 2 codant pour la polymérase. En revanche, la région la plus conservée est l'ORF 3 codant pour la protéine de capside. Selon la région du génome, les isolats viraux ont été classés en deux à quatre groupes phylogénétiques. En se basant sur la variabilité de l'ensemble du génome, la grande majorité des isolats de la Réunion se différencient des isolats d'autres origines. Quatre isolats de la Réunion sont cependant très proches de ces isolats étrangers, ce qui suggère que le SCYLV a été introduit à la Réunion à partir d'un pays tiers et qu'un génotype particulier s'est développé et installé sur l'île. (Résumé d'auteur)

Mots-clés Agrovoc : Saccharum, Maladie des plantes, Virose, Virus des végétaux, Symptome, Perte, Transmission des maladies, Variété, Variation génétique, Phylogénie

Mots-clés complémentaires : Sugarcane yellow leaf virus

Classification Agris : H20 - Plant diseases

Auteurs et affiliations

  • Rassaby Laurence, CIRAD-CA-Canne à sucre (REU)

Autres liens de la publication

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/487445/)

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