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Etude de la diversité génétique de la truffe noire du Périgord (Tuber melanosporum Vitt.) [Réumé]

Murat Claude, Luis P., Diez J., Delaruelle Christine, Dupré C., Chevalier Gérard, Martin Francis. 2002. Etude de la diversité génétique de la truffe noire du Périgord (Tuber melanosporum Vitt.) [Réumé]. In : Journées Jean Chevaugeon : IVe rencontres de phytopathologie - mycologie du 13 au 17 mars 2002. [Résumés]. CIRAD-MIDEC, INRA, CNRS, SFP. Montpellier : CIRAD, 1 p. Journées Jean Chevaugeon, Rencontres de phytopathologie-mycologie. 4, Aussois, France, 13 Mars 2002/17 Mars 2002.

Communication sans actes
Texte intégral non disponible.

Résumé : Les truffes sont des Ascomycètes hypogés formant des symbioses ectomycorhiziennes. Ces champignons, pouvant avoir un fort intérêt économique, ont fait l'objet de nombreuses études d'identifications taxonomiques mais aussi de diversité génétique. Celles-ci ont montré que certaines espèces de truffes présentent une forte diversité génétique (Tuber uncinatum, T. aestivum,...), alors que d'autres n'ont qu'un faible polymorphisme (T. magnatum, T. melanosporum,...). Chez la truffe noire du Périgord (T. melanosporum), le travail de Bertault et al. (1998) a amené ces auteurs à conclure que cette Truffe était une espèce clonale et qu'elle ne présentait pas de structure géographique de la diversité génétique. Afin de compléter ce travail, nous avons élargi l'échantillonnage aux ascocarpes des régions de l'Est (Bourgogne) et de l'Ouest (Poitou-charentes) de la France. Nous avons aussi introduit de nouveaux marqueurs RAPD (Random Amplification Polymorphism DNA), ainsi qu'une nouvelle approche moléculaire, SNP (Single Nucleotide Polymorphism), chez cet organisme. L'analyse de la diversité de T. melanosporum à l'aide de quatre amorces RAPD a mis en évidence deux groupes de profils. Le premier groupe est composé de profils fortement similaires avec un indice de similarité de Nei compris entre 0,79 et 1. En revanche, le deuxième groupe comprend des profils beaucoup plus polymorphes puisque l'indice de Nei varie entre 0,43 et 0,77. Les profils de ce deuxième groupe sont majoritairement issus des ascocarpes de la région de récolte Bourgogne et comme le confirme le calcul de l'indice de Shannon, les ascocarpes de cette région présentent la diversité la plus importante. Cette diversité ne correspond pas à ce que nous attendons pour une espèce clonale. En revanche, il n'a pas été possible d'associer un profil RAPD à une région de récolte, ce qui confirme les résultats antérieurs. Les marqueurs RAPD étant dominants, leur utilisation est limitée. Nous avons donc choisi d'étudier la diversité génétique de T. melanosporum à l'aide de marqueurs spécifiques co-dominants. Pour cela, nous avons mis en évidence des différences de séquences nucléotidiques ponctuelles (SNP) au sein de l'espaceur intergénique (ITS). La comparaison de 29 séquences ITS, corrrespondant à des ascocarpes des différentes régions françaises et italiennes, a permis d'identifier trois SNPs formant quatre haplotypes d'ITS: I, II, III et IV. L'haplotype I est présent dans les ascocarpes de toutes les régions de récolte à part la Lorraine. Par contre, l'haplotype II ne se retrouve que dans les échantillons de la moitié Est de la France (Bourgogne, Rhône-Alpes et PACA). De plus, seuls les ascocarpes de Bourgogne contiennent l'haplotype III et l'haplotype IV n'est détecté que dans ceux de la Lorraine. Certains haplotypes semblent donc spécifiques des truffes récoltées dans certaines régions. L'analyse des SNP permet donc de révéler une structure géographique de la diversité génétique de T. melanosporum.

Mots-clés Agrovoc : Tuber melanosporum, variation génétique, RAPD, génétique des populations

Mots-clés géographiques Agrovoc : France

Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes

Auteurs et affiliations

  • Murat Claude, Universita di Torino (ITA)
  • Luis P., INRA (FRA)
  • Diez J., INRA (FRA)
  • Delaruelle Christine, INRA (FRA)
  • Dupré C., INRA (FRA)
  • Chevalier Gérard, INRA (FRA)
  • Martin Francis, INRA (FRA)

Autres liens de la publication

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/490396/)

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