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Etude du déséquilibre de liaison local chez le sorgho entre marqueurs très liés : microsatellites et RFLP

Dechesne Flora. 2002. Etude du déséquilibre de liaison local chez le sorgho entre marqueurs très liés : microsatellites et RFLP. Paris : Université Pierre et Marie Curie, 51 p. Mémoire DESS : Gestion de la biodiversité. Méthodologies d'études et de valorisation des resssources génétiques : Université Pierre et Marie Curie

Disertation
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Abstract : Le sorgho cultivé S. bicolor ssp bicolor (2n = 2x =20) appartient à la famille des poacées (ex-graminées) et à la tribu des andropogonées au même titre que le maïs et la canne à sucre. Nous avons entrepris d'étudier le déséquilibre de liaison (DL) chez cette plante dans la région télomérique du groupe de liaison D en utilisant des marqueurs RFLP, déjà développés et révélant 18 loci, et des microsatellites. Nous avons ainsi produit des microsatellites à partir de six contigs BAC de sorgho couvrant une distance de 9 cM. Le déséquilibre de liaison a ensuite été étudié sur 184 variétés, issues d'une collection de 205 accessions de sorgho, représentative des principales races cultivées et de leurs origines géographiques. Parmi les huit microsatellites développés, six ont pu être utilisés pour calculer le DL. Le DL a été mesuré avec l'indice D' pour toutes les paires de loci et avec l'indice r2 pour les paires constituées de marqueurs bialléliques. Les 24 loci révélés ont permis de mettre en évidence un déséquilibre de liaison très fort essentiellement entre marqueurs physiquement proches et plus faible entre loci éloignés. Nous avons montré qu'un DL élevé pouvait se maintenir sur une distance de 250 Kb. Toutefois, des variations à cette distribution ont été observées. Cette étude constitue une étape préliminaire pour mieux comprendre l'intensité et J'étendue du DL, avant d'utiliser les études d'association pour identifier des gènes et/ou QTL d'intérêt. (Résumé d'auteur)

Mots-clés Agrovoc : Sorghum bicolor, RFLP, Microsatellite, Marqueur génétique, Locus, Gène

Classification Agris : F30 - Plant genetics and breeding

Auteurs et affiliations

  • Dechesne Flora, CIRAD-AMIS-BIOTROP (FRA)

Autres liens de la publication

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/510742/)

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