Creation of a BAC resource to study the structure and evolution of the banana (Musa balbisiana) genome

Safar Jan, Noa-Carrazana Juan Carlos, Vrana Jan, Bartos Jan, Alkhimova Olena, Sabau Xavier, Simkova Hana, Lheureux Fabrice, Caruana Marie-Line, Dolezel Jaroslav, Piffanelli Pietro. 2004. Creation of a BAC resource to study the structure and evolution of the banana (Musa balbisiana) genome. Genome (Ottawa), 47 (6) : 1182-1191.

Liste HCERES des revues (en SHS) : oui

Thème(s) HCERES des revues (en SHS) : Psychologie-éthologie-ergonomie

Résumé : Les auteurs ont produit et caractérisé la première banque de BAC (chromosome bactériens artificiels) chez une espèce de bananier (#Musa balbisiana# 'Pisang Klutuk Wulung', d'où le nom de la banque PKW). Un protocole nouveau et amélioré d'isolement des noyaux a été employé pour surmonter les problèmes causés par l'abondance de polyphénols et de polysaccharides dans les tissus foliaires. L'emploi de la cytométrie en flux pour purifier les noyaux a éliminé la contamination aux métabolites secondaires ainsi que l'ADN plastidique. De plus, l'utilité d'un vecteur inductible, pCC1BAC, en vue de l'obtention d'une plus grande quantité d'ADN de BAC a été démontrée. La banque PKW compte l'équivalent de neuf génomes du #M. balbisiana# et la taille moyenne des inserts est de 135 kb. Elle est composée de deux sous-banques; la première (la sous-banque SN avec 24 960 clones) ayant été préparée en suivant un protocole standard amélioré pour l'isolement des noyaux tandis que la seconde (sous-banque FN avec 11 904 clones) a été obtenue à partir des noyaux purifiés par cytométrie en flux. Le criblage de la banque avec 12 sondes RFLP, connues comme étant situées sur huit groupes de liaison chez le #Musa acuminata#, a permis d'identifier une moyenne de 11 clones par sonde. Cette observation permet de valider l'estimé quant à la couverture du génome et indique une forte conservation entre les génomes des deux espèces du genre #Musa#. La localisation sur les chromosomes mitotiques de clones BAC choisis au-moyen d'hybridations FISH a permis de montrer que cette banque de clones BAC constitue une ressource utile pour la cartographie cytogénétique. Dans le cadre d'une démarche de clonage positionne] d'un facteur génétique qui est impliqué dans l'activation de séquence pararétrovirales intégrées appartenant au virus de la striure du bananier genre badnavirus (BSV), le locus BSV exprimé (BEL; "BSV expressed locus") a été délimité physiquement. La banque BAC PKW constitue un outil disponible publiquement et est présentement employé pour révéler les mécanismes d'intégration et d'activation de séquences du BSV et pour étudier la structure et l'évolution du génome du bananier.

Mots-clés Agrovoc : Musa balbisiana, génome, numération cellulaire, virus des végétaux, banque de gènes, chromosome, Bacteria, noyau cellulaire, adn, vecteur génétique, RFLP, carte génétique, cytogénétique, hybridation, fluorescence

Mots-clés complémentaires : Banana streak virus

Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes

Auteurs et affiliations

• Safar Jan, Institute of Experimental Botany (CZE)
• Noa-Carrazana Juan Carlos, CIRAD-FLHOR-BPA (FRA)
• Vrana Jan, Institute of Experimental Botany (CZE)
• Bartos Jan, Institute of Experimental Botany (CZE)
• Alkhimova Olena, Institute of Experimental Botany (CZE)
• Sabau Xavier, CIRAD-AMIS-BIOTROP (FRA)
• Simkova Hana, Institute of Experimental Botany (CZE)
• Lheureux Fabrice, CIRAD-FLHOR-BPA (FRA)
• Caruana Marie-Line, CIRAD-AMIS-PROTECTION DES CULTURES (FRA) ORCID: 0000-0003-4486-2449
• Dolezel Jaroslav, Institute of Experimental Botany (CZE)
• Piffanelli Pietro, CIRAD-AMIS-BIOTROP (FRA)

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/523868/)

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