Cochard Benoît. 2008. Etude de la diversité génétique et du déséquilibre de liaison au sein de populations améliorées de palmier à huile (Elaeis guineensis Jacq.). Montpellier : Montpellier SupAgro, 272 p. Thèse de doctorat : Biologie intégrative des plantes : Montpellier SupAgro Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques
Encadrement : Glaszmann, Jean-Christophe
Résumé : Pour comprendre la complémentarité entre les origines africaines et les origines "asiatiques" améliorées et pour diversifier la base génétique utilisée dans les programmes de sélection du palmier à huile (Elaeis guineensis Jacq.), la structure des ressources génétiques impliquées dans l'histoire de la sélection du palmier à huile en relation avec le germplasme africain incluant des populations subspontannées nécessite d'être étudiée. Dans cette étude, 14 marqueurs microsatellites (SSR) ont été utilisés. Les analyses descriptives et Bayésiennes de la diversité génétique du palmier à huile (Analyses en Coordonnées Principales, Neighbour-Joining Tree et le logiciel Structure) révèle deux groupes originaux qui reflètent la discontinuité la discontinuité des espèces africaines dans la région de Dahomey-Gap: d'une part l'Afrique de l'ouest (Groupe I) et d'autre part le "Bénin-Nigeria-Cameroun-Congo-Angola" (Groupe II). Dérivant du groupe II, le groupe Deli (Groupe III) est le résultat de la sélection artificielle. La spécificité du groupe I nécessite de l'enrichir par des prospections, en Guinée et au Ghana. La particularité de l'origine Deli étant due au mode de constitution de cette origine, reproduire cette méthodologie à partir d'origines subspontannés peut optimiser l'amélioration génétique du palmier à huile. La structuration suggère, que pour exploiter à la fois la complémentarité entre les groupes I et II et de bénéficier des qualités agronomiques de l'origine Deli, de réaliser des croisements de type (Deli x Yangambi) x La Mé. Afin d'identifier des locus associés à des caractères agronomiques par étude d'association, la caractérisation du déséquilibre de liaison (DL) a été entreprise sur 3 origines améliorées de palmier à huile: La Mé, Yangambi et Deli. 74 marqueurs SSR ont été retenus pour caractériser le DL sur l'ensemble du génome, à raison de 2 couples de locus par groupe de liaison, environ et d'une région ciblée dans les groupes de liaison 8 et 15. Les généalogies plus ou moins complètes du matériel étudié ont permis d'estimer les haplotypes; données nécessaires pour le calcul du DL. La structure de ce matériel est identique à celle mise en évidence lors de l'étude de la diversité génétique, en précisant la sous structuration de l'origine Yangambi selon les entités Yawenda et Isangui. L'étendue du DL varie selon les origines. Selon les méthodes utilisées, l'étendue du DL est compris entre 10 et 15 cM pour l'origine La Mé; entre 14 et 17 cM pour Yawenda et aux environ de 5 cM pour Isangui de l'origine Yangambi et entre 10 et 24 cM pour l'origine Deli. L'étendue du DL varie aussi en fonction des groupes de liaison. L'étendue du DL est supérieure dans le GL15 à celle du GL8 pour les origines La Mé et Yawenda. L'origine Isangui présente peu de DL, et ne permet pas de comparer les deux GL. Le DL estimé dans le GL8 de l'origine Deli semble supérieur à celui du GL15. Les études d'association, réalisées entre des locus du GL8 et la croissance en hauteur, confirment la présence du QTL détecté pour ce caractère par cartographie multiparentale. Cette étude montre qu'il est possible de détecter des associations, des QTL sur des fonds génétiques plus importants que ceux utilisés dans la détection de QTL. Si l'on veut augmenter la précision de détection des QTL, il est nécessaire de disposer des dispositifs spécifiques.
Mots-clés Agrovoc : Elaeis guineensis
Mots-clés géographiques Agrovoc : Côte d'Ivoire, Angola, Bénin, Nigéria, République démocratique du Congo, Cameroun, Indonésie, Bahia
Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes
F70 - Taxonomie végétale et phytogéographie
Champ stratégique Cirad : Axe 1 (2005-2013) - Intensification écologique
Auteurs et affiliations
- Cochard Benoît, CIRAD-BIOS-UMR DAP (FRA)
Autres liens de la publication
Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/550089/)
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