Identification of Theobroma cacao genes differentially expressed during Phytophthora infection

Legavre Thierry, Gramacho Karina Peres, Ducamp Michel, Sounigo Olivier, Deberdt Peninna, Fouet Olivier, Sabau Xavier, Argout Xavier, Lanaud Claire. 2010. Identification of Theobroma cacao genes differentially expressed during Phytophthora infection. In : 15th International Cocoa Research Conference : cocoa productivity, quality, profitability, human health and the environment = 15e Conférence internationale sur la recherche cacaoyère : Productivité, qualité, rentabilité du cacao, santé humaine et environnement ; 15 Conferencia Internacional de Pesquisas em Cacau. Cacau : produtividade, qualidade, rentabilidade, saude humanna e amb. Lagos : Cocoa Producers' Alliance, 493-500. Conférence internationale sur la recherche cacaoyère. 15, San José, Costa Rica, 9 Octobre 2006/14 Octobre 2006.

Titre espagnol : Identificación de genes de Theobroma cacao expresados diferencialmente durante la infección por Phytophthora / Titre portugais : Identificação de genes do Ttheobroma cacao diferenciadamente expressos durante a infecção pela Phytophthora / Titre français : Identification de gènes de Theobroma cacao différemment exprimés pendant une infection par Phytophthora

Résumé : La pourriture des cabosses, provoquée par différentes espèces appartenant au genre Phytophthora, est la principale cause de pertes de récolte dans la production cacaoyère au niveau mondial. On a pu observer entre 15 et 80 % de pertes selon les espèces de Phytophthora,P. megakarya étant la plus agressive. L'amélioration des variétés présentant une résistance durable a été identifiée comme une priorité pour les programmes de recherche des pays producteurs, dans lesquels environ 14 millions de travailleurs tirent leurs revenus de la culture du cacao. La résistance du cacaoyer à Phytophthora est quantitative et polygénique. L'objectif de ce projet est de faire progresser notre connaissance des mécanismes moléculaires intervenant dans la résistance partielle du cacaoyer, de façon à développer des outils efficaces de sélection pour augmenter le degré de résistance des cacaoyers. Ces travaux visent à développer des approches génomiques fonctionnelles pour identifier les gènes candidats impliqués dans cette résistance partielle. L'hybridation soustractive suppressive (SSH) a été utilisée pour constituer les bibliothèques d'ADNc représentant des gènes différemment exprimés en réponse aux interactions cacaoyer/Phytophthora. Plus de 15 000 séquences EST ont été séquencées (dans le cadre d'un projet GENOSCOPE) et utilisées pour ces études. L'expression génétique est analysée sur cabosse et feuilles de deux génotypes (un résistant, SCA6, et un sensible, ICS1) infectés par P. palmivora et P. megakarya. Des macro-arrays d'ADNc sur support nylon ont été utilisées pour évaluer les gènes différemment exprimés. Un criblage des bibliothèques a été effectué avec les sondes inoculées-soustraites et les sondes non-inoculées restant de la soustraction, pour réduire le nombre de clones candidats. Nous avons mis au point un ensemble novateur de macro-arrays et nous avons obtenu des profils d'expression au cours des différents stades de la cinétique de l'infection par phytophthora. Les séquences EST ont été analysées par recherche Blastn et/ou Blastx par comparaison à la base de données NCBI. Une petite partie des clones ne présentait aucune homologie avec des séquences et/ou des fonctions déjà décrites. Le reste montrait des correspondances significatives avec des gènes connus. Parmi ces dernières, des homologies de séquence ont été établies avec une connaissance de fonctions relatives à la pathogenèse, comme la protéine PR (PR-1, glucanase, chitinase...), kinases, récepteurs (LRR) et facteurs de transduction.

Mots-clés Agrovoc : Theobroma cacao, Phytophthora palmivora, Phytophthora

Mots-clés géographiques Agrovoc : Papouasie-Nouvelle-Guinée

Mots-clés complémentaires : Pourriture des cabosses, Phytophthora megakarya

Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes
H20 - Maladies des plantes

Auteurs et affiliations

• Legavre Thierry, CIRAD-AMIS-UMR PIA (FRA)
• Gramacho Karina Peres, CEPLAC (BRA)
• Ducamp Michel, CIRAD-AMIS-UMR BGPI (FRA)
• Sounigo Olivier, CIRAD-CP-UPR Bioagresseurs de pérennes (CMR) ORCID: 0000-0001-6278-8903
• Deberdt Peninna, CIRAD-CP-UPR Bioagresseurs de pérennes (TTO)
• Fouet Olivier, CIRAD-AMIS-UMR PIA (FRA) ORCID: 0000-0001-8547-1474
• Sabau Xavier, CIRAD-AMIS-UMR PIA (FRA)
• Argout Xavier, CIRAD-AMIS-UMR PIA (FRA) ORCID: 0000-0002-0100-5511
• Lanaud Claire, CIRAD-AMIS-UMR PIA (FRA) ORCID: 0000-0001-6411-7310

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/553905/)

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