Agritrop
Home

Constuçao do perfil de espressao genica da resistencia a seca do café a partir de dados de sequenciamento de segunda geraçao

Vidal Ramon, Leroy Thierry, De Bellis Fabien, Pot David, Costa Rodrigues Gustavo, Guimarães Pereira Gonçalo Amarante, Carvalho Andrade Alan, Marraccini Pierre. 2011. Constuçao do perfil de espressao genica da resistencia a seca do café a partir de dados de sequenciamento de segunda geraçao. In : Anais do VII Simposio de Pesquisa dos Cafés do Brasil, Araxa, Brasil, 22 a 25 de Agosto de 2011 : resumos expandidos. Ed. Afonso Junior, P.C. Brasilia : EMBRAPA, 4 p. Simposio de Pesquisa dos Cafés do Brasil. 7, Araxa, Brésil, 22 August 2011/25 August 2011.

Paper without proceedings
[img]
Preview
Published version - Portugais
Use under authorization by the author or CIRAD.
document_560910.pdf

Télécharger (287kB) | Preview

Titre anglais : Construction of a gene expression profile of drought resistence in coffee using second generation sequencing

Abstract : Para estudar os mecanismos moleculares envolvidos na resistência à seca em plantas de café, meristemas de ramos plagiotrópicos dos cultivares de Coffea arabica, IAPAR59 (I59 - planta com provável resistência à seca) e Rubi (R - planta com pouca resistência à seca) crescidas em condições normais (I) e de estresse hídrico (NI) foram coletados e usados para construção de bibliotecas de cDNA que foram sequenciados usando a plataforma GS-FLX Titanium da Roche. Após tratamento dos dados brutos, foram obtidas 207.516, 109.005, 250.413 e 173.693 reads das amostras de I59-I, I59-NI, R-I e R-NI, respectivamente, totalizando mais de 255 Mb. Todas essas bibliotecas foram mapeadas no transcriptoma de Coffea arabica para identificação indireta da expressão de cada gene para cada condição. Do transcriptoma total formado por 55578 contigs, 48730 contigs tiveram reads mapeados e 7899 novos contigs foram formados. Com o banco de dados é possível identificar genes e grupos de genes expressos exclusivamente por uma espécie ou outra, em condição de estresse hídrico ou não. Esses são os primeiros dados de meristema de café submetidos a estresse hídrico, os resultados dessa comparação serão apresentados como dados preliminares de um northern eletrônico para identificação de genes diferencialmente expressos em ambos os cultivares em ambas as condições. (Résumé d'auteur)

Mots-clés Agrovoc : Coffea arabica, Résistance à la sécheresse

Mots-clés géographiques Agrovoc : Brésil

Classification Agris : F30 - Plant genetics and breeding
H50 - Miscellaneous plant disorders

Auteurs et affiliations

  • Vidal Ramon, UNICAMP (BRA)
  • Leroy Thierry, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (FRA)
  • De Bellis Fabien, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (FRA) ORCID: 0000-0001-7070-7691
  • Pot David, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (FRA) ORCID: 0000-0001-6144-8448
  • Costa Rodrigues Gustavo, EMBRAPA (BRA)
  • Guimarães Pereira Gonçalo Amarante, UNICAMP (BRA)
  • Carvalho Andrade Alan, EMBRAPA (BRA)
  • Marraccini Pierre, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (BRA) ORCID: 0000-0001-7637-6811

Autres liens de la publication

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/560910/)

View Item (staff only) View Item (staff only)

[ Page générée et mise en cache le 2019-11-18 ]