Epidémiologie et contrôle durable des Begomovirus chez la tomate

Péréfarres Frédéric. 2012. Epidémiologie et contrôle durable des Begomovirus chez la tomate. Saint-Denis : Université de la Réunion, 158 p. Thèse de doctorat : Sciences : Université de la Réunion

Thèse

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Titre anglais : Epidemiology and sustainable control of Begomovirus on tomato

Encadrement : Reynaud, Bernard

Résumé : Les virus émergents sont définis comme ceux qui sont récemment apparus ou ceux dont les populations ont récemment augmenté en prévalence, en pathogénicité et/ou en répartition géographique. Parmi les phytovirus, le genre Begomovirus (ADN circulaire simple brin) transmis par l'aleurode Bemisia tabaci regroupe actuellement le plus grand nombre d'espèces virales émergentes d'importance économique. L'émergence virale est généralement associée à des facteurs écologiques et moléculaires aboutissant à de nouvelles interactions virus - vecteur - plante - environnement. Comprendre ces interactions et intégrer les différentes composantes de ce complexe sont des préalables nécessaires au développement de stratégies de contrôle et notamment à l'orientation des programmes de création variétale. Les introductions de virus et/ou de vecteurs sont les premières causes du phénomène d'émergence. Le développement d'un outil de diagnostic de PCR quantitative pour les bégomovirus présents dans les départements de l'Outre-Mer français permettra d'assurer un diagnostic précoce, de limiter les mouvements de plants contaminés et de réaliser des veilles épidémiologiques. Cet outil a permis également de mettre en évidence des différences d'accumulation virale entre les bégomovirus monopartites et bipartites, ainsi qu'entre les deux molécules du génome des bégomovirus bipartites. A La Réunion, l'introduction accidentelle et successive de deux souches exotiques et invasives de Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) nous a offert l'opportunité d'étudier l'évolution spatio-temporelle de ce complexe viral dans un écosystème tropical et insulaire. Cette étude a mis en avant un déplacement rapide du TYLCV-Mld par le TYLCV-IL. Nos travaux ont permis de mettre en évidence des aptitudes écologiques supérieures du TYLCV-IL. Nos analyses ont également mis en évidence des interactions fortes entre ces deux souches au niveau de la colonisation de l'hôte et de la dissémination naturelle qui ont permis le maintien du TYLCV-Mld à la Réunion. Dans le cas d'une infection virale, l'éventail des méthodes de lutte demeure restreint et repose sur l'utilisation de cultivars résistants. La principale difficulté dans la création de cultivars résistants aux bégomovirus réside dans la grande diversité des virus à contrôler. Ce travail a permis de dessiner les contours de la spécificité de la résistance conférée par les principaux gènes de résistance utilisés dans les programmes d'amélioration variétale. Alors que les gènes issus de Solanum chilense (i.e. Ty-1, Ty-3) confèrent une résistance à spectre large, Ty-2 originaire de Solanum habrochaites confère une résistance spécifique au TYLCV-IL. Nos résultats suggèrent que la combinaison des gènes de résistance provenant de S. chilense et S. habrochaites pourraient contrôler efficacement et durablement le TYLCV. Le pyramidage de gènes est une stratégie efficace pour augmenter le niveau de la résistance et étendre le spectre d'action de celle-ci. La diversification des cibles pour la lutte génétique a pour objectif l'identification de mécanismes de résistance distincts de ceux contrôlés par les facteurs dominants déjà utilisés par les sélectionneurs. Dans ce contexte, la résistance récessive au PYMV identifiée chez S. pimpinellifolium 'LA2187-5' est particulièrement intéressante. Ce travail a permis de mettre en évidence le large spectre ainsi que le caractère monogénique récessif de cette résistance. En complément des résistances aux virus, la résistance au vecteur constitue une option avantageuse pour augmenter le niveau et le spectre de la résistance. Nous avons mis en avant l'intérêt de l'accession résistante à B. tabaci S. habrochaites 'LA1777' pour le contrôle des deux souches émergentes du TYLCV. De plus, le screening de lignées quasi-isogéniques de issues du croisement de S. lycopersicum 'E6203' et de 'LA1777' a mis en évidence des facteurs quantitatifs de résistance aux TYLCV-Mld et TYLCV-IL qui permettront également de diversi

Mots-clés Agrovoc : géminivirus enroulement jaune tomat, virus des végétaux, diagnostic, génie génétique, interactions biologiques, analyse quantitative, amélioration des plantes, épidémiologie, dynamique des populations, résistance génétique, PCR, begomovirus