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New development and validation of 50 SSR markers in breadfruit (Artocarpus altilis, Moraceae) by next-generation sequencing

De Bellis Fabien, Malapa Roger, Kagy Valérie, Lebegin Stéphane, Billot Claire, Labouisse Jean-Pierre. 2016. New development and validation of 50 SSR markers in breadfruit (Artocarpus altilis, Moraceae) by next-generation sequencing. Applications in Plant Sciences, 4 (8):e1600021, 7 p.

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Quartile : Q2, Sujet : PLANT SCIENCES

Résumé : Premise of the study: Using next-generation sequencing technology, new microsatellite loci were characterized in Artocarpus altilis (Moraceae) and two congeners to increase the number of available markers for genotyping breadfruit cultivars. Methods and Results: A total of 47,607 simple sequence repeat loci were obtained by sequencing a library of breadfruit genomic DNA with an Illumina MiSeq system. Among them, 50 single-locus markers were selected and assessed using 41 samples (39 A. altilis, one A. camansi, and one A. heterophyllus). All loci were polymorphic in A. altilis, 44 in A. camansi, and 21 in A. heterophyllus. The number of alleles per locus ranged from two to 19. Conclusions: The new markers will be useful for assessing the identity and genetic diversity of breadfruit cultivars on a small geographical scale, gaining a better understanding of farmer management practices, and will help to optimize breadfruit genebank management.

Mots-clés Agrovoc : marqueur génétique, microsatellite, banque de gènes, variété, Artocarpus altilis, génotype, locus, polymorphisme génétique, génome

Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes
U30 - Méthodes de recherche

Champ stratégique Cirad : Axe 1 (2014-2018) - Agriculture écologiquement intensive

Auteurs et affiliations

  • De Bellis Fabien, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (FRA) ORCID: 0000-0001-7070-7691
  • Malapa Roger, VARTC (VUT)
  • Kagy Valérie, IAC (NCL)
  • Lebegin Stéphane, IAC (NCL)
  • Billot Claire, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (FRA)
  • Labouisse Jean-Pierre, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (FRA) ORCID: 0000-0002-5592-6789

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/581317/)

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