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ECOFI: a new generic database to analyse complex agroecological experimentation

Auzoux Sandrine, Martiné Jean-François, Poser Christophe, Marnotte Pascal, Goebel François-Régis. 2016. ECOFI: a new generic database to analyse complex agroecological experimentation. In : Proceedings of the 29th Congress of the International Society of Sugar Cane Technologists. Chiang Mai : ISSCT, pp. 16-22. ISSCT Congress. 29, Chiang Mai, Thaïlande, 5 December 2016/8 December 2016.

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Titre français : ECOFI : une nouvelle base de données générique pour analyser les essais complexes en agroécologie / Titre espagnol : ECOFI: una nueva base de datos genérica para analizar los complejos experimentos en Agroecología

Abstract : Agroecological studies on sugarcane dealing with genotype by environment by management interactions commonly generate complex datasets. Data are collected separately and can be multi-scale (from phytomer to field), multi-species (sugarcane and companion plants), and multi-disciplinary (agronomy, entomology, ecophysiology, weed science, etc), making their use complex in system data analysis. This paper presents a solution to manage these heterogeneous data using database and metadata technology. A relational database, named ECOFI, was designed from the analysis of the content and the structure datasets of multi-disciplinary experiments with sugarcane. The results of this analysis showed that most datasets shared data corresponding to common environmental by management factors and the same measurements, such as yield, weed occurrence and insect incidence. However, each of them had its own structure. To analyse biology by environment by management interactions efficiently, the structure of ECOFI was built into three parts: the environmental conditions, the agricultural practices, and the impacts observed on biotic and abiotic variables using agronomic measurements. In standard databases, each additional observed variable generally forces an update to the existing database model. The model of the ECOFI database does not require such modification. Taking into account a new variable is very easy, consisting solely of the addition of a new record in a table, after having stored the new variable label and its definition (unit, type, scale) in a generic metadata table. This technology minimizes the number of tables, columns and empty cells and improves database query performance. ECOFI is already used to manage, explore and analyse the data from agroecological experiments, ecophysiological observations and sugarcane modelling in Réunion Island and other sugar-producing countries. ECOFI is a generic database that improves analysis and facilitates access to multi-disciplinary and multi-scale data. Its data model can be applied to any type of project. (Résumé d'auteur)

Résumé (autre langue) : Les recherches en agroécologie sur la canne à sucre en relation avec les interactions génotype x environnement x technique culturale génèrent souvent des jeux de données complexes. Les données sont recueillies séparément et peuvent être multi-échelles (du phytomère au champ), multi-espèces (canne à sucre et plantes de service), et pluridisciplinaires (agronomie, entomologie, écophysiologie, malherbologie, etc.), ce qui rend leur utilisation complexe dans les systèmes d'analyse de données. Cet article présente une solution pour gérer ces données hétérogènes en utilisant la technologie des bases de données et des métadonnées. Une base de données relationnelle, nommée ECOFI, a été conçue à partir de l'analyse du contenu et de la structure de jeux de données issus d'essais pluridisciplinaires sur la canne à sucre. Les résultats de cette analyse ont montré que la plupart des jeux de données partageait des données communes correspondant aux facteurs environnementaux (climat et sol) et à des mesures comparables concernant les cultures, telles que le rendement, l'occurrence des espèces adventices et l'incidence des ravageurs et des maladies. Néanmoins, chaque jeu de données a sa propre structure. Pour analyser les interactions génotype x environnement x technique culturale, la structure d'ECOFI a été construite en trois parties : les conditions environnementales, les pratiques agricoles et les impacts observés sur les variables biotiques et abiotiques en utilisant des mesures agronomiques. Dans les bases de données standards, chaque variable observée implique généralement une mise à jour du modèle de la base de données existante. Le modèle de données d'ECOFI ne nécessite pas une telle modification. La prise en compte d'une nouvelle variable est très facile et consiste seulement à l'ajout d'un nouvel enregistrement dans une table de métadonnées générique, après avoir mémorisé le nouveau libellé de la variable et sa définition (unité, type, échelle). Cette technologie réduit le nombre de tables, de colonnes et de cellules vides, et améliore les performances des requêtes de base de données. ECOFI est déjà utilisée pour gérer, explorer et analyser les données issues d'essais en agroécologie et pour la modélisation de la canne à sucre dans l'île de la Réunion et d'autres pays producteurs de sucre. ECOFI est une base de données générique qui améliore l'analyse et facilite l'accès aux données pluridisciplinaires et multi-échelles. Son modèle de données peut être utilisé pour répondre à n'importe quelle question de recherche en agroécologie. (Résumé d'auteur)

Classification Agris : F08 - Cropping patterns and systems
C30 - Documentation and information
U30 - Research methods

Auteurs et affiliations

  • Auzoux Sandrine, CIRAD-PERSYST-UPR AIDA (FRA) ORCID: 0000-0002-8764-8672
  • Martiné Jean-François, CIRAD-PERSYST-UPR AIDA (FRA)
  • Poser Christophe, CIRAD-PERSYST-UPR AIDA (REU)
  • Marnotte Pascal, CIRAD-PERSYST-UPR AIDA (FRA)
  • Goebel François-Régis, CIRAD-PERSYST-UPR AIDA (FRA) ORCID: 0000-0002-5438-1078

Autres liens de la publication

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/582775/)

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