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Diversité et origine génétique des espèces de la sous famille des Aurantioideae et décryptage des structures interspécifiques des génomes des agrumes modernes

Oueslati Bahri Amel. 2017. Diversité et origine génétique des espèces de la sous famille des Aurantioideae et décryptage des structures interspécifiques des génomes des agrumes modernes. Tunis : Université de Tunis El Manar, 200 p. Thèse de doctorat : Biologie. Génétique et biologie moléculaire : Université de Tunis El Manar

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Encadrement : Hannachi Salhi, Amel ; Ollitrault, Patrick

Résumé : L'étude de l'espaceur intergénique tmL-tmF chez les espèces tunisiennes du genre Citrus montre la présence d'une seule copie du pseudogène tmF chez toutes les variétés analysées. Les valeurs positives et non significatives des tests de neutralité plaident en faveur d'un modèle d'évolution neutre et supportent l'hypothèse d'un scénario démographique stable. Nos résultats montrent clairement la contribution des pools génétiques de C. reticulata et C. maxima dans le développement des espèces secondaires tunisiennes. L'analyse basée sur les séquences nucléotidiques de huit régions génomiques chloroplastiques de 79 variétés de la sous famille des Aurantioideae révèle, via les marqueurs SNPs, une différenciation taxonomique au niveau des tribus, des soustribus, des genres et des espèces. 166 SNPs diagnostiques des 54 clades analysés ont été identifiés suivis d'une sélection de 40 KASPars. L'application de ces marqueurs chez 108 variétés montre un haut taux de transférabilité au sein de la sous famille des Aurantioideae et une cohérence avec les analyses génétiques antérieures du génome chloroplastique 21 clés marqueurs de clade catégoriquement diagnostique de 19 clades ont été identifiées. L'analyse GBS des 55 variétés d'agrumes par séquençage ILLUMINA H1SEQ2000 s'avère efficace dans d'identification des polymorphismes diagnostiques (12564 SNPs/lnDels) de la différenciation C. reticulata/C. maxima couvrant l'ensemble du génome nécessaire au déchiffrage de l'origine phylogénomique tout au long des neuf chromosomes des 55 variétés. L'approche adoptée confirme les analyses récentes basées sur des données de séquence de génome complet pour la clémentine, l'orange douce et amère et la mandarine 'Ponkan'. La technique GBS couplée à la détection des points polymorphes diagnostiques s'avère très efficace dans le décryptage des caryotypes phylogénomiques des variétés qui dérivent d'une mosaïque de deux espèces ancestrales. Le mélange C. reticulata/C. maxima doit être l'élément majeur de la variabilité phénotypique révélée élevée de ces ressources.

Résumé (autre langue) : The study of the tmL-tmF intergenic spacer in Tunisian Citrus species show the presence of a single copy of the pseudogen tmF in all the analysed varieties. The positive and non-significant values of the neutrality tests plead ln favour of a neutral evolution model and support the hypothesis of a stable demographic scenario. Our results shows cleariy the contribution of genetic pools of C. reticulata and C. maxima in the development of Tunisian secondary species. Analysis based on the nucleotide sequences of eight chloroplast genomic regions of 79 varieties of the Aurantioideae subfamily reveals SNPs taxonomie differentiation at tribes, sub-tribes, genera and species levels. 166 diagnostic SNPs of the. 54 analysed clades were identified, followed by a selection of 40 KASPars. The application of these markers on 108 varieties shows a high transferability rate within the Aurantioideae subfamily showing coherence with previous chloroplast genetic analyses. 21 clade markers categorically diagnosed from 19 clades were identified. The GBS analysis of the 55 Citrus varieties via the ILLUMINA H1SEQ2000 sequencing proved to be effective in identifying the diagnostic polymorphisms (12564 SNPs/lnDels) of the C. reticulate/C. maxima differentiation covering the whole genome necessary to decipher the phylogenomic origin throughout the nine chromosomes. The approach adopted confirms recent analyses based on complete genome sequence data for clementine, oranges and mandarin 'Ponkan'. The GBS technique coupled with the detection of diagnostic polymorphic points is effective in decrypting phylogenomic karyotypes of varieties derived from a mosaic of two ancestral species. The mixture C. reticulate/C. Maxima should be the major factor in the high phenotypic variability of these resources.

Mots-clés Agrovoc : agrume, Citrus, variation génétique, phylogénie, gène, pseudogène, évolution, séquence nucléotidique, adn chloroplastique, variété, espèce, génome, polymorphisme génétique, phénotype, taxonomie, Citrus maxima, Citrus reticulata

Mots-clés géographiques Agrovoc : Tunisie

Mots-clés complémentaires : Séquencage, Aurantioideae

Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes
F70 - Taxonomie végétale et phytogéographie

Champ stratégique Cirad : Axe 1 (2014-2018) - Agriculture écologiquement intensive

Auteurs et affiliations

  • Oueslati Bahri Amel, Université de Tunis El Manar (TUN)

Autres liens de la publication

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/585892/)

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