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South Green, une plateforme de bioinformatique tournée vers l'agriculture dans les pays du sud

Ravel Sébastien, Bocs Stéphanie, Brousseau Louise, De Lamotte Frédéric, Dereeper Alexis, Droc Gaëtan, Dufayard Jean François, Guignon Valentin, Hamelin Chantal, Larmande Pierre, Mahé Frédéric, Martin Guillaume, Orjuela-Bouniol Julie, Pitollat Bertrand, Rouard Mathieu, Ruiz Manuel, Sabot François, Sarah Gautier, Sempere Guilhem, Summo Marilyne, Tando Ndomassi, Tranchant-Dubreuil Christine. 2018. South Green, une plateforme de bioinformatique tournée vers l'agriculture dans les pays du sud. In : JOBIM 2018 Abstracts. SFBI, GdR BiM, IFB, AMU, INSERM, CNRS. Marseille : SFBI, pp. 418-420. Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2018), Marseille, 3 July 2018/6 July 2018.

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Abstract : South Green (www.southgreen.fr) est une plateforme de bio-informatique dédiée `a la génétique et la génomique des plantes tropicales et méditerranéennes d'intérêt agronomique et de leurs pathogènes. Elle fédère un réseau de bio informaticiens appartenant à différentes unités et instituts de Montpellier (Bioversity International, CIRAD, INRA et IRD) soit environ une vingtaine de personnes en interaction avec les équipes de recherches, avec une expertise multidisciplinaire allant de l'intégration de données et de connaissance au développement de logiciels en bio-informatique, à l'analyse de données de séquençage (détection de polymorphismes et variants structuraux, pangénomique, métagénomique, analyse différentielle de données RNAseq) et le calcul haute performance. Le plateforme South Green a pour objectifs de : Promouvoir des outils originaux issus de la recherche méthodologique. Promouvoir l'interopérabilité des applications développées au sein du réseau. Centraliser l'ensemble des logiciels et systèmes d'information développées au sein d'un portail Web unique (http://www.southgreen.fr) Promouvoir les échanges et les développements collaboratifs Proposer des formations en bio-informatique, bio analyse de données et `a l'utilisation de clusters de calcul Promouvoir la démarche qualité au sein du réseau. Proposer un support pour le calcul à haute performance La plateforme assure le développement de systèmes d'informations et d'outils innovants, nécessaires aux projets scientifiques, réalises au sein de la plateforme et en lien avec l'analyse des données produites par les technologies de séquençage à haut débit (annotation des génomes et de transcriptomes, phylogénie, génotypage) tels que GreenPhylDB, SNiPlay, Gigwa ou AgroLD. Elle propose également des pipelines d'analyses de données de séquençage au travers de deux gestionnaires de workflows : Galaxy et TOGGLe. Enfin, impliquée dans plusieurs projets de séquençage international, elle possède une forte expertise en développement de ”génome hub” qu'elle a déployé sur de nombreuses plantes (bananier, caféier, manioc, cacaoyer) au niveau duquel sont disponibles de nombreuses applications utiles pour l'étude de ces génomes. La plateforme assure aussi des formations spécialisées en bio-informatique au niveau national et international (analyse des données de séquençage haut débit, Galaxy) et informatique (logiciel R, Perl, Linux). Les ressources sont disponibles sur le site https://southgreenplatform.github.io/trainings/. South Green s'inscrit dans le réseau des plateformes de l'Institut Français de Bio-informatique (IFB) et fait partie du réseau Renabi (Réseau national des plates-formes bio-informatiques).

Auteurs et affiliations

  • Ravel Sébastien, CIRAD-BIOS-UMR BGPI (FRA)
  • Bocs Stéphanie, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (FRA) ORCID: 0000-0001-7850-4426
  • Brousseau Louise, IRD (FRA)
  • De Lamotte Frédéric, INRA (FRA)
  • Dereeper Alexis, IRD (FRA)
  • Droc Gaëtan, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (FRA)
  • Dufayard Jean François, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (FRA)
  • Guignon Valentin, Bioversity International (FRA)
  • Hamelin Chantal, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (FRA)
  • Larmande Pierre, IRD (FRA)
  • Mahé Frédéric, CIRAD-BIOS-UMR LSTM (FRA) ORCID: 0000-0002-2808-0984
  • Martin Guillaume, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (FRA) ORCID: 0000-0002-1801-7500
  • Orjuela-Bouniol Julie, ADNid company (FRA)
  • Pitollat Bertrand, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (FRA)
  • Rouard Mathieu, Bioversity International (FRA)
  • Ruiz Manuel, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (FRA) ORCID: 0000-0001-8153-276X
  • Sabot François, IRD (FRA)
  • Sarah Gautier, INRA (FRA)
  • Sempere Guilhem, CIRAD-BIOS-UMR INTERTRYP (FRA)
  • Summo Marilyne, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (FRA)
  • Tando Ndomassi, IRD (FRA)
  • Tranchant-Dubreuil Christine, IRD (FRA)

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/588622/)

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