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Estudo de associação genômica ampla para importantes características agronômicas em Coffea canephora

De Araújo Carneiro Fernanda, De Aquino Sinara Oliveira, Gomes Mattos Nathália, Coelho Valeriano Jéssica, de Jesus Carneiro Wendel William, Costa Rodrigues Gustavo, Alves de Figueiredo Carvalho Milene, Veiga Adriano Delly, Grattapaglia Dario, Bonfim da Silva Júnior Orzenil, Marraccini Pierre, Cunha Vieira Junior Indalecio, Balestre Márcio, Carvalho Andrade Alan. 2019. Estudo de associação genômica ampla para importantes características agronômicas em Coffea canephora. In : X Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil. Consórcio Pesquisa Café. Vitória : EMBRAPA, 5 p. (Anais do Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil, 10) Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil. 10, Vitória, Brésil, 8 October 2019/11 October 2019.

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Published version - Portugais
License CC0 1.0 Public Domain Dedication.
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Titre anglais : Genome-wide association studies for important agronomic traits in Coffea canephora

Abstract : O Estudo de Associação Genômica Ampla (Genome-Wide Association Studies – GWAS) surgiu com o intuito de capturar o efeito de genes na determinação de determinada característica fenotípica. Para isso, os indivíduos selecionados são genotipados em escala genômica e fenotipados para as características de interesse e então, a partir de análises estatísticas entre os polimorfismos de DNA e a variação no fenótipo, os genes que controlam essas características podem ser identificados. Por se tratar de uma espécie perene e de ciclo longo, os programas de melhoramento genético convencional do cafeeiro são demorados (vários anos) e de custo elevado. A geração de cultivares superiores via melhoramento genético ainda lida com o desafio de agregar simultaneamente diversas características quantitativas de relevância agronômica, assim como a qualidade de bebida. Neste contexto, na tentativa de identificar genes/regiões genômicas associadas à características agronômicas importantes, 1.319 indivíduos da Embrapa Cerrados foram genotipados e fenotipados, e posteriormente, realizou-se um estudo de GWAS com os softwares TASSEL e rrBLUP. Um número diferente de marcadores associados foi identificado com as duas estratégias utilizadas. Foram identificados marcadores tanto em regiões intergênicas como em regiões gênicas, sendo que, nesta última, os marcadores estavam presentes em genes já caracterizados e descritos na literatura para outras espécies como estando relacionados às características agronômicas aqui analisadas.

Résumé (autre langue) : The Genome-Wide Association Studies (GWAS) emerged to capture the effect of genes on phenotypic determination. For this, the selected individuals are genotyped and phenotyped for the traits of interest and then, from statistical analyses between DNA polymorphisms and phenotype variation, the genes controlling these traits are identified. Because it is a perennial and long-cycle species, conventional coffee breeding programs are time consuming (several years) and costly. The generation of superior cultivars via genetic improvement still deals with the challenge of simultaneously aggregating several quantitative characteristics of agronomic relevance and beverage quality. In this context, in an attempt to identify genes / genomic regions associated with important agronomic characteristics, 1,319 individuals from Embrapa Cerrados were genotyped and phenotyped, and subsequently GWAS was performed using TASSEL and rrBLUP software. A different number of associated markers were identified with both strategies used. Markers were identified in both intergenic and gene-coding regions, and at last, markers were present in genes already characterized and described in the literature for other species as being related to the agronomic characteristics analyzed here.

Auteurs et affiliations

  • De Araújo Carneiro Fernanda, UFLA (BRA)
  • De Aquino Sinara Oliveira, UFLA (BRA)
  • Gomes Mattos Nathália, UFLA (BRA)
  • Coelho Valeriano Jéssica, UFLA (BRA)
  • de Jesus Carneiro Wendel William
  • Costa Rodrigues Gustavo, EMBRAPA (BRA)
  • Alves de Figueiredo Carvalho Milene, EMBRAPA (BRA)
  • Veiga Adriano Delly, EMBRAPA (BRA)
  • Grattapaglia Dario, EMBRAPA (BRA)
  • Bonfim da Silva Júnior Orzenil, EMBRAPA (BRA)
  • Marraccini Pierre, CIRAD-BIOS-UMR IPME (VNM) ORCID: 0000-0001-7637-6811
  • Cunha Vieira Junior Indalecio, UFLA (BRA)
  • Balestre Márcio, UFLA (BRA)
  • Carvalho Andrade Alan, EMBRAPA (BRA)

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/593841/)

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[ Page générée et mise en cache le 2019-11-21 ]