Microsynténie de génomes de palmiers

Oubda Nicolas. 2019. Microsynténie de génomes de palmiers. Hanoï : Université nationale du Vietnam, 90 p. Mémoire de master 2 : Informatique : Université nationale du Vietnam

Url - jeu de données - Entrepôt autre : https://genomicus.southgreen.fr/genomicus-27.01/cgi-bin/search.pl / Url - jeu de données - Entrepôt autre : https://phylogeny.southgreen.fr/patterngeco/resultsDisplay.php?databank=viridiplantae_27_V2.1&targetgene=LOC_Os08g32870.1_ORYSJ / Url - autre : https://repository.vnu.edu.vn/handle/VNU_123/100565

Titre vietnamien : Micro synténia trong bô gien cúa cây co

Matériel d'accompagnement : 1 diaporama (42 vues)

Encadrement : Bosc, Stéphanie ; Morcillo, Fabienne

Résumé : Ce projet de Master vise à développer des outils de visualisation pour les biologistes permettant de décrire la conservation de l'ordre des gènes homologues entre différentes espèces végétales. D'abord, les notions de biologie associées à ce projet ainsi qu'un état de l'art des différentes outils de visualisation en lien avec la thématique (blocs de synténie; contexte génomique) sont abordés. Puis, une présentation détaillée des outils informatiques développés sont présentés. En effet, ce projet a donné naissance à deux outils : MicroSynton pour la visualisation des relations au sein d'une paire de blocs synténiques et MicroGeco pour la visualisation du contexte génomique d'une famille de gènes. MicroGeco a été intégré avec l'outil de visualisation des arbres de gènes InTreeGreat tandis que MicroSynton sera intégré avec le navigateur de génomes JBrowse permettant de représenter entre autre des blocs de synténie. A l'issue de ce projet vingt-sept (27) nouveaux génomes de plantes dont trois (3) espèces de palmiers ont été ajoutées à la base de données de Genomicus, un navigateur de contextes génomiques dont j'ai participé au déploiement au sein de la plateforme de bioinformatique South Green. L'enrichissement de cette base de données, sur laquelle s'adosse aussi MicroGeco, devrait permettre aux biologistes de mieux comprendre l'organisation des génomes et des processus biologiques complexes qui accompagnent leur évolution en particulier dans la famille vaste des palmiers.

Résumé (autre langue) : This Master's project aims to develop visualization tools for biologists to describe the conservation of the order of homologous genes between different plant species. First, the biology concepts associated with this project as well as a state of the art of the various visualization tools related to the theme (protein blocks; genomic context) are discussed. Then, a detailed presentation of the IT tools developed is presented. Indeed, this project has given rise to two tools: MicroSynton for visualizing relationships within a pair of protein blocks and MicroGeco for visualizing the genomic context of a gene family. MicroGeco has been integrated with the InTreeGreat gene tree visualization tool while MicroSynton will be integrated with the JBrowse genome browser to represent protein blocks, among other things. At the end of this project, twenty-seven (27) new plant genomes, including three (3) palm species, were added to the Genomicus database, a genomic context browser that I participated in the deployment within the South Green bioinformatics platform. The enrichment of this database, on which MicroGeco is also based, should enable biologists to better understand the organization of genomes and the complex biological processes that accompany their evolution, particularly in the vast family of palm trees.

Mots-clés libres : Genome, Mesangiospermae, Gene family, Genomic context, Microsynteny

Auteurs et affiliations

• Oubda Nicolas, Université Nationale du Vietnam (VNM)

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/596741/)

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