Validação de marcadores microssatélites e diversidade genética de genótipos de Coffea arabica provenientes da Etiópia

Rodrigues da Silva Bruna Silvestre, Bellodi Gação Sandra, Vecchia Ferreira Rafaelle, Aparecida Santos Maria, Ivamoto Suzana Tiemi, Costa Silva Juliana, Androcioli Filho Armando, Silva Domingues Douglas, Leroy Thierry, Charmetant Pierre, Sera Gustavo, Protasio Pereira Luiz Filipe. 2015. Validação de marcadores microssatélites e diversidade genética de genótipos de Coffea arabica provenientes da Etiópia. In : Anais do IX Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil. Consórcio Pesquisa Café. Curitiba : Consórcio Pesquisa Café, 6 p. Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil. 9, Curitiba, Brésil, 24 Juin 2015/26 Juin 2015.

Titre anglais : Microsatellite markers validation and genetic diversity of Coffea arabica genotypes from Ethiopia

Résumé : O café é uma valiosa commodity agrícola, sendo sua bebida uma das mais populares do mundo. Apesar do sucesso dos programas de melhoramento em Coffea arabica, o desenvolvimento de novas cultivares é demorado, podendo levar mais de 20 anos. Além disso, a estreita base genética de C. arabica pode dificultar a obtenção de cultivares resistentes a pragas e a doenças ou tolerantes a estresses abióticos. Os acessos selvagens de C. arabica geneticamente distantes das variedades cultivadas proporcionam novos alelos para enriquecer sua variabilidade genética. O objetivo deste trabalho foi validar marcadores moleculares do tipo SSR em um painel de 24 acessos de C. arabica da coleção da Etiópia, realizar um estudo da diversidade, estrutura e seleção de genótipos para futuros trabalhos de introgressão no melhoramento. Neste trabalho foram utilizados 58 marcadores microssatélites (SSR) obtidos de análises in silico a partir de dados de RNA-seq da cultivar Iapar 59 e de sequências de BACs de Hibrido de Timor 832/2, e 77 SSR obtidos de uma extensa revisão bibliográfica em C. arabica e/ou C. canephora. Dos 135 SSR utilizados, 122 resultaram em produtos de amplificação e 31 foram polimórficos no painel. Desses, 20 SSR foram altamente informativos com valores de PIC acima de 0,7, e sete são descritos pela primeira vez. Um total de 165 alelos foram obtidos com média de 5,3 alelos por loco. O estudo de diversidade e estrutura genética dos acessos separou os genótipos em três principais grupos. A utilização de marcadores SSR informativos assim como o estudo de diversidade e estrutura genética destes e dos demais acessos permitirá a criação de uma coleção nuclear, facilitando a conservação, acessibilidade e uso de recursos genéticos de cafeeiros da Etiópia.

Résumé (autre langue) : The Coffee is a valuable agricultural commoditie, being your beverage one of the most popular in the world. Despite the success of breeding programs in Coffea arabica, the development of new cultivars is time consuming, may take more than 20 years. Furthermore, the narrow genetic base of C. arabica can difficult the obtaining of cultivars resistant to pests and diseases or tolerant to abiotic stresses. The wild accessions of C. arabica genetically distant of the cultivated varieties can provide new alleles to enrich your genetic variability. The objective of this study was to validate molecular markers SSR type on a panel of 24 C. arabica access of the collection of Ethiopia, to conduct a study of the diversity, structure and selection of genotypes for future introgression work on improving. In this work were used 58 microsatellite markers (SSR) obtained in silico analysis from RNA-seq data cultivar Iapar 59 and BACs sequences of Timor Hybrid 832/2, and 77 SSR obtained from an extensive literature review in C. arabica and / or C. canephora. Of the 135 SSR used, 122 resulted in amplification products and 31 were polymorphic in the panel. Of these, 20 SSR were highly informative with values PIC above 0.7, and seven are first described in the literature. A total of 165 alleles were obtained with an average of 5.3 alleles by locus. The study and genetic diversity of the structure of the access separated the genotypes into three main groups. The use of informative SSR markers and the study of genetic diversity and structure of these and other access will allow the creation of a core collection, facilitating conservation, accessibility and use of genetic resources of coffee in Ethiopia.

Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes
F70 - Taxonomie végétale et phytogéographie
U30 - Méthodes de recherche

Auteurs et affiliations

• Rodrigues da Silva Bruna Silvestre, EMBRAPA (BRA)
• Bellodi Gação Sandra
• Vecchia Ferreira Rafaelle, CAPES [Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior] (BRA)
• Aparecida Santos Maria
• Ivamoto Suzana Tiemi, UEL (BRA)
• Costa Silva Juliana
• Androcioli Filho Armando, IAPAR (BRA)
• Silva Domingues Douglas, IAPAR (BRA)
• Leroy Thierry, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (FRA)
• Charmetant Pierre, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (FRA) ORCID: 0000-0003-0346-9202
• Sera Gustavo, IAPAR (BRA)
• Protasio Pereira Luiz Filipe, EMBRAPA (BRA)

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/576599/)

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