Epidémiologie d'une maladie transfrontalière des petits ruminants (Pestes des Petits ruminants) à fort impact au Mali

Tounkara Kadidia. 2018. Epidémiologie d'une maladie transfrontalière des petits ruminants (Pestes des Petits ruminants) à fort impact au Mali. Montpellier : Université de Montpellier, 138 p. Thèse de doctorat : Biologie santé : Université de Montpellier

Encadrement : Lefrancois, Thierry

Résumé : La peste des petits ruminants (PPR) causée par un virus du genre Morbillivirus (Virus de la Peste des Petits Ruminants) est une maladie respiratoire très contagieuse des petits ruminants. La PPR est présente en Afrique, en Asie, au Moyen Orient, et depuis peu en Europe. Sur le continent africain, notamment en Afrique de l'Ouest, elle est en expansion et représente un facteur majeur d'insécurité alimentaire pour la population agricole. La PPR est un modèle pour l'étude des maladies transfrontalières car sa diffusion est très étroitement liée aux mouvements régionaux d'animaux vivants. La compréhension de cette diffusion est une condition essentielle à la mise en place de mesures de contrôle efficaces (vaccination, contrôle aux frontières etc.). La thèse a pour ambition de clarifier la situation épidémiologique de la PPR au Mali, d'évaluer le risque pour les filières de production des petits ruminants et de proposer des stratégies de contrôle adaptées. L'objectif de la thèse est de caractériser la diversité génétique de souches collectées en Afrique de l'Ouest et plus particulièrement au Mali en utilisant en première instance le gène partiel de la nucléoprotéine du virus. Nous avons ensuite estimé la diversité et le taux d'évolution du PPRV dans la région à partir de séquences génomiques complètes. Notre étude a montré qu'au Mali ainsi que dans les autres pays de l'Afrique de l'Ouest et Central, trois lignées génétiques du PPRV circulent dont l'une d'elles, la lignée II est dominante dans la région et est caractérisée par une grande diversité génétique transfrontalière. Cette étude démontre également une progression de la lignée IV en Afrique de l'Ouest et la persistance au Mali et au Niger de la lignée I (au moins jusqu'en 2001). Ces résultats reflètent par rapport aux données précédentes connues de la répartition des lignées de PPRV, une intensification des mouvements du bétail due à l'échange et au commerce de ces animaux, flux qui n'est pas contrôlé entre tous les pays de l'Ouest africain. Au Mali, il n'existe aucun moyen de contrôle, de traçabilité et d'identification animale. L'utilisation de la diversité génétique comme marqueur épidémiologique serait un moyen d'améliorer notre connaissance de la diffusion de la PPR et de là son contrôle, plus particulièrement dans les pays d'Afrique de l'Ouest.

Résumé (autre langue) : Peste des petits ruminants (PPR) caused by a virus of the Morbillivirus genus is an highly contagious respiratory diseases of small ruminants. PPR is present in Africa, Asia, Middle East, and has just entered Europe. On the African continent, particularly in West Africa, it is emerging and is a major factor of food insecurity for low-income farmers. PPR is a model for the study of transboundary diseases because its diffusion is closely linked to regional movements of livestock. Understanding this diffusion is an essential condition for the implementation of effective control measures (vaccination, border control, etc.). The aim of our study is to clarify the epidemiological situation of PPR in Mali in order to assess the risk for small ruminant production chains and propose appropriate control strategies. The aim of our study for PPR is to characterize the genetic diversity and therefore the different lineages that circulate in Mali and, more generally, in the West and Central African sub region by using at first the partial gene of Nucleoprotein of PPRV. We then estimated more accurately the diversity and rate of evolution of the virus in the region from PPRV genomic sequences. Our studies showed that three lineages of PPRV are circulating in Mali and West Africa. The lineage II is dominating and is characterized with a wide genetic diversity and extensive transboundary circulation. We also demonstrate the progression of lineage IV in West Africa and the persistence of lineage I in Mali and Niger (at least until 2001). These results reflect the large flow of uncontrolled livestock trade between all West African countries. In Mali, there is no means of control, traceability and animal identification. The use of genetic diversity as an epidemiological marker is an effective means of controlling the spread of PPR in these West African countries.

Mots-clés géographiques Agrovoc : Mali

Mots-clés libres : Épidémiologie, Peste des petits ruminants, Mali

Classification Agris : L73 - Maladies des animaux
L20 - Écologie animale
L60 - Taxonomie et géographie animales

Champ stratégique Cirad : Axe 4 (2014-2018) - Santé des animaux et des plantes

Auteurs et affiliations

• Tounkara Kadidia, CIRAD-BIOS-UMR ASTRE (FRA)

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/591266/)

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