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De la paire de bottes à la paire de bases : de l'intérêt d'étudier l'écologie des viromes de plantes

Maclot François, Candresse Thierry, Filloux Denis, Rott Philippe, Malmstrom Carolyn M., van der Vlugt René, Massart Sébastien, Roumagnac Philippe. 2021. De la paire de bottes à la paire de bases : de l'intérêt d'étudier l'écologie des viromes de plantes. Virologie, 25 (1) : pp. 29-42.

Journal article ; Article de synthèse ; Article de revue à facteur d'impact
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2021 Maclot_Ecologie viromes de plantes.pdf

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Titre anglais : From boots on the ground to nucleotides in the sequencer: A century of advances in the study of the plant virus ecology

Abstract : L'écologie des virus végétaux a commencé à être explorée à la fin du xixe siècle. Depuis lors, des avancées majeures ont mis en évidence de complexes interactions virus-hôte-vecteur dans des environnements variés. Ces progrès ont été accélérés par de nouvelles technologies de détection et de caractérisation des virus, dont la dernière en date est le séquençage à haut débit (HTS). Les technologies HTS permettent, pour la première fois, de caractériser sans information préalable le virome, c'est-à-dire l'ensemble des virus présents dans un échantillon. Ces travaux de phytoviromique basés sur les technologies HTS ont récemment produit d'importants résultats. À titre d'exemples, on peut citer la mise en évidence des influences réciproques entre la dynamique des phytovirus et la structure des communautés hôtes multi-espèces ou des effets de la simplification des écosystèmes causés par les activités humaines sur la biodiversité et l'émergence de nouveaux virus dans les cultures. Cependant, pour être efficaces, les études de phytoviromique doivent surmonter des défis à chaque étape de la procédure, depuis l'échantillonnage des plantes jusqu'aux analyses bio-informatiques. Cette revue résume tout d'abord les progrès historiques majeurs de l'écologie des virus végétaux réalisés en association avec les développements technologiques, puis précise les éléments clés à considérer pour tenter de se projeter à court terme vers des études sans a priori d'écologie des communautés virales.

Mots-clés Agrovoc : Virus des végétaux, Écologie, Séquence d'ADN, Interactions biologiques, Communauté végétale

Mots-clés complémentaires : virome, séquençage haut débit

Mots-clés libres : Ecologie des virus de plantes et évolution, Phytovirome, Metagenomique, Nouvelles générations de séquençage, Séquençage haut-débit (HTS), Avancées historiques, Opportunités et défis

Classification Agris : H20 - Plant diseases

Champ stratégique Cirad : CTS 4 (2019-) - Santé des plantes, des animaux et des écosystèmes

Auteurs et affiliations

  • Maclot François, CIRAD-BIOS-UMR PHIM (FRA)
  • Candresse Thierry, INRAE (FRA)
  • Filloux Denis, CIRAD-BIOS-UMR PHIM (FRA)
  • Rott Philippe, CIRAD-BIOS-UMR PHIM (FRA) ORCID: 0000-0001-6085-6159
  • Malmstrom Carolyn M., MSU (USA)
  • van der Vlugt René, Wageningen University (NLD)
  • Massart Sébastien, Université de Liège (BEL) - auteur correspondant
  • Roumagnac Philippe, CIRAD-BIOS-UMR PHIM (FRA) ORCID: 0000-0001-5002-6039 - auteur correspondant

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/597800/)

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