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Celebrating the 20th anniversary of the first Xanthomonas genome sequences - how genomics revolutionized taxonomy, provided insight into the emergence of pathogenic bacteria, enabled new fundamental discoveries and helped developing novel control measures - a perspective from the French network on Xanthomonads. Koebnik Ralf, Cesbron Sophie, Chen Nicolas W.G., Fischer-Le Saux Marion, Hutin Mathilde, Jacques Marie Agnès, Noel Laurent D., Pérez-Quintero Alvaro L., Portier Perrine, Pruvost Olivier, Rieux Adrien, Szurek Boris. 2024. Peer Community Journal, 4:e19, 22 p.

Comparative transcriptomics reveals a highly polymorphic Xanthomonas HrpG virulence regulon. Monnens Thomas Quiroz, Roux Brice, Cunnac Sébastien, Charbit Erika, Carrère Sébastien, Lauber Emmanuelle, Jardinaud Marie-Françoise, Darrasse Armelle, Arlat Mathieu, Szurek Boris, Pruvost Olivier, Jacques Marie Agnès, Gagnevin Lionel, Koebnik Ralf, Noel Laurent D., Boulanger Alice. 2024. BMC Genomics, 25:777, 17 p.

The unconventional resistance protein PTR recognizes the Magnaporthe oryzae effector AVR-Pita in an allele-specific manner. Xiao Gui, Laksanavilat Nutthalak, Cesari Stella, Lambou Karine, Baudin Maël, Jalilian Ahmad, Telebanco-Yanoria Mary Jeanie, Chalvon Véronique, Meusnier Isabelle, Fournier Elisabeth, Tharreau Didier, Zhou Bo, Wu Jun, Kroj Thomas. 2024. Nature Plants, 10 : 994-1004.

Conservation status of the African buffalo: a continent-wide assessment. Cornélis Daniel, Renaud Pierre Cyril, Melletti Mario, Fonteyn Davy, Bonhotal H., Hauptfleisch M., Asefa A., Breuer Thomas, Korte Lisa, Scholte Paul, Elkan P., Kohi E., Mwiu S., Ngene S., Omondi P., Tadjo S.P., Prin Thomas, Caron Alexandre, Prins Herbert, Chardonnet Philippe. 2023. In : Ecology and management of the African buffalo. Caron Alexandre (ed.), Cornélis Daniel (ed.), Chardonnet Philippe (ed.), Prins Herbert H.T. (ed.). Cambridge : Cambridge University Press, 66-115. (Ecology, Biodiversity and Conservation) ISBN 978-1-316-51874-8

Suspicions of two bridgehead invasions of Xylella fastidiosa subsp. multiplex in France. Dupas Enora, Durand Karine, Rieux Adrien, Briand Martial, Pruvost Olivier, Cunty Amandine, Denancé Nicolas, Donnadieu Cecile, Legendre Bruno, Lopez-Roques Céline, Cesbron Sophie, Ravigné Virginie, Jacques Marie Agnès. 2023. Communications Biology, 6:103, 13 p.

When markets make agroecologies: Empirical evidence from downstream and upstream markets in Argentina, Brazil and France. Le Velly Gwenolé, Goulet Frédéric, Dufeu Ivan, Loconto Allison, Niederle Paulo. 2023. Journal of Innovation Economics and Management (42) : 21-42.

Champignons entomopathogènes de Mayotte. Dupin Tim, Maigné Louis, Costet Laurent. 2022. Mamoudzou : RITA, 4 p.

Enrichment in biodiversity and maturation of the soil food web under conservation agriculture is associated with suppression of rice-parasitic nematodes. Masson Anne-Sophie, Vermeire Marie-Liesse, Leng Vira, Simonin Marie, Tivet Florent, Nguyen Thi Hue, Brunel Caroline, Suong Malyna, Kuok Fidero, Moulin Lionel, Bellafiore Stéphane. 2022. Agriculture, Ecosystems and Environment, 331:107913, 15 p.

Promoting crop pest control by plant diversification in agricultural landscapes: A conceptual framework for analysing feedback loops between agro-ecological and socio-economic effects. Vialatte Aude, Tibi Anaïs, Alignier Audrey, Angeon Valérie, Bedoussac Laurent, Bohan David A., Bougherara Douadia, Carpentier Alain, Castagneyrol Bastien, Cordeau Stéphane, Courtois Pierre, Deguine Jean-Philippe, Enjalbert Jérôme, Fabre Frédéric, Féménia Fabienne, Fréville Hélène, Goulet Frédéric, Grateau Régis, Grimonprez Benoît, Gross Nicolas, Hannachi Mourad, Jeanneret Philippe, Kuhfuss Laure, Labarthe Pierre, Launay Marie, Lefebvre Marianne, Lelièvre Virginie, Lemarié Stéphane, Martel Gilles, Masson Abel, Navarrete Mireille, Plantegenest Manuel, Ravigné Virginie, Rusch Adrien, Suffert Frédéric, Tapsoba Abdoulaye, Thérond Olivier, Thoyer Sophie, Martinet Vincent. 2022. In : The future of agricultural landscape, Part III. Bohan David A. (ed.), Dumbrell Alex J. (ed.), Vanbergen Adam J. (ed.). Cambridge : Academic Press, 133-165. (Advances in Ecological Research, 65) ISBN 978-0-323-91503-8

The impact of the rice production system (irrigated vs lowland) on root-associated microbiome from farmer's fields in western Burkina Faso. Barro Mariam, Wonni Issa, Simonin Marie, Kassankogno Abalo Itolou, Klonowska Agnieszka, Moulin Lionel, Béna Gilles, Somda Irénée, Brunel Caroline, Tollenaere Charlotte. 2022. FEMS Microbiology, Ecology, 98 (9):fiac085, 17 p.

Potassium nutrition in oil palm: The potential of metabolomics as a tool for precision agriculture. Cui Jing, Chao de la Barca Juan Manuel, Lamade Emmanuelle, Tcherkez Guillaume. 2021. Plants, People, Planet, 3 (4) : 350-354.

LifeCLEF 2019: Biodiversity identification and prediction challenges. Joly Alexis, Goeau Hervé, Botella Christophe, Kahl Stefan, Poupard Pascal, Servajean Maximilien, Glotin Hervé, Bonnet Pierre, Vellinga Willem-Pier, Planqué Robert, Schlüter Jan, Stöter Fabian-Robert, Müller Henning. 2019. In : Advances in information retrieval: 41st European Conference on IR Research, ECIR 2019, Cologne, Germany, April 14–18, 2019, Proceedings, Part II. Azzopardi Leif (ed.), Stein Benno (ed.), Fuhr Nobert (ed.), Mayr Philipp (ed.), Hauff Claudia (ed.), Hiemstra Djoerd (ed.). Cham : Springer, 275-282. (Lecture Notes in Computer Science, 11438, 11438) ISBN 978-3-030-15718-0 European Conference on IR Research (ECIR 2019). 41, Cologne, Allemagne, 14 Septembre 2019/18 Septembre 2019.

Plant responses to belowground variations along elevational gradients in temperate and tropical climates. Weemstra Monique, Stokes Alexia, Jimenez Leonore, Cruz Nereyda, Anthelme Fabien, Merino-Martin Luis, Bounous Manon, Marin-Castro Beatriz, Rey Hervé, Mohamed Awaz, Mao Zhun, Fourtier Stephane, Morales-Martinez Marco, Freschet Grégoire T., Sieron Katrin, Angeles Guillermo, Roumet Catherine. 2019. Pesquisa Florestal Brasileira, 39, n.spéc., Résumé : 651. IUFRO World Congress 2019 "Forest Research and Cooperation for Sustainable Development". 25, Curitiba, Brésil, 29 Septembre 2019/5 Octobre 2019.

Ornamental plants architectural characteristics in relation to visual sensory attributes: A new approach on the rose bush for objective evaluation of the visual quality. Garbez M., Symoneaux R., Belin E., Caraglio Yves, Chéné Y., Dones Nicolas, Durand Jean-Baptiste, Hunault G., Relion D., Sigogne M., Rousseau D., Galopin G.. 2018. European Journal of Horticultural Science, 83 (3) : 187-201.

An overview of quality management system implementation in a research laboratory. Molinéro-Demilly Valérie, Charki Abderafi, Jeoffrion Christine, Lyonnet Barbara, O'Brien Steve, Martin Luc. 2018. International Journal of Metrology and Quality Engineering, 9:2, 9 p.

Conduite du changement et management par la qualité pour une meilleure dynamique de recherche : Réflexions autour des résistances et des leviers. Molinéro-Demilly Valérie, Charki Abderafi, Jeoffrion Christine, Lyonnet Barbara, Brunet René, O'Brien Steve, Martin Luc. 2017. In : Les cahiers de l'école qualité en recherche et en enseignement supérieur. Baudasse Christine (ed.), Bickel Catherine (ed.), Doulbeau Sylvie (ed.). Association QuaRES. Montpellier : Association QuaRES, 75-87. ISBN 978-2-9550033-2-9 Ecole inter-organismes qualité en recherche et en enseignement supérieur. 14, Montpellier, France, 7 Septembre 2016/9 Septembre 2016.

Conduite du changement et management par la qualité pour une meilleure dynamique de recherche finalisée : Retour d'expérience dans un laboratoire de recherche en horticulture et production de semences. Molinéro-Demilly Valérie, Charki Abderafi, Jeoffrion Christine, Lyonnet Barbara, O'Brien Steve, Martin Luc. 2017. In : Les cahiers de l'école qualité en recherche et en enseignement supérieur. Baudasse Christine (ed.), Bickel Catherine (ed.), Doulbeau Sylvie (ed.). Association QuaRES. Montpellier : Association QuaRES, 89-104. ISBN 978-2-9550033-2-9 Ecole inter-organismes qualité en recherche et en enseignement supérieur. 14, Montpellier, France, 7 Septembre 2016/9 Septembre 2016.

Mise en place d'un module de formation en Métrologie et Qualité dans le cadre du projet " Qualité en Enseignement Supérieur Agronomique en Méditerranée " (QESAMED-TEMPUS). Expérimentation à l'INAT (Université de Carthage-Tunisie). Moujahed N., Lili-Chabaane Z., Martin Luc, Calchera Gilles, Grevesse Cathy, Charki Abderafi, Himbert Marc. 2017. . Nantes : s.n., 1 poster RFQM 2017 : Rencontres francophones sur la qualité et la mesure, Nantes, France, 27 Mars 2017/30 Mars 2017.

Observation des ravageurs et de leurs ennemis naturels dans des vergers d'agrumes menés avec des pratiques agroécologiques en Martinique. Dupin Tim. 2017. Angers : Université d'Angers, 90 p. Mémoire de master 2 : Production et technologie du végétal. Produits phytosanitaires, réglementations et méthodes alternatives : Université d'Angers

Metrology and quality management. Charki Abderafi, Dollé Vincent, Martin Luc, Himbert Marc. 2016. In : The Mediterranean region under climate change: a scientific update. Thiébault S. (ed.), Moatti Jean-Paul (ed.). Marseille : IRD-AllEnvi, 461-466. ISBN 978-2-7099-2219-7

Mise en place de la démarche qualité au Centre d'analyse et de caractérisation de l'Université Cadi Ayyad : Enjeux de la métrologie. Benhaida Sara, Outaki Meriem, Belaqziz Majdouline, Outzourhit Abdelkader, Calchera Gilles, Martin Luc, Charki Abderafi, Ajana Hamid. 2016. . Dakar : s.n., 7 p. International Metrology Conference 2016. 6, Dakar, Sénégal, 21 Mars 2016/24 Mars 2016.

Using ecology, physiology, and genomics to understand host specificity in Xanthomonas. Jacques Marie Agnès, Arlat Mathieu, Boulanger Alice, Boureau Tristan, Carrère Sébastien, Cesbron Sophie, Chen Nicolas W.G., Cociancich Stéphane, Darrasse Armelle, Denancé Nicolas, Fischer-Le-Caux Marion, Gagnevin Lionel, Koebnik Ralf, Lauber Emmanuelle, Noel Laurent D., Pieretti Isabelle, Portier Perrine, Pruvost Olivier, Rieux Adrien, Robène Isabelle, Royer Monique, Szurek Boris, Verdier Valérie, Vernière Christian. 2016. Annual Review of Phytopathology, 54 : 163-187.

Quality management: The challenges of regional governance in West Africa. Osseni Loukoumanou, Charki Abderafi, Kebe Fadel, Calchera Gilles, Martin Luc, Bonnier Georges. 2015. International Journal of Metrology and Quality Engineering, 6 (4):e404, 6 p.

Resistance to normal human serum reveals Trypanosoma lewisi as an underestimated human pathogen. Lun Zhao-Rong, Wen Yan-Zi, Uzureau Pierrick, Lecordier Laurence, Lai De-Hua, Lan You-Gen, Desquesnes Marc, Gengler Nicolas, Yang Ting-Bao, Zhou Wen-Liang, Jannin Jean, Simarro Pere P., Truc Philippe, Vincendeau Philippe, Pays Olivier. 2015. Molecular and Biochemical Parasitology, 199 (1-2) : 58-61.

Molecular epidemiology and virulence typing of Ralstonia solanacearum raise new prospects for sustainable control of Solanaceae bacterial wilt. N'Guessan Carine Aya, Pensec Flora, Lemaire Christophe, Lefeuvre Pierre, Wicker Emmanuel. 2014. In : The 13th International Conference on Plant Pathogenic Bacteria. Programme and abstracts. SCPBD. Shanghai : SCPBD, Résumé, p. 91. International Conference on Plant Pathogenic Bacteria. 13, Shanghai, Chine, 8 Juin 2014/13 Juin 2014.

Recherche de déterminants de la spécificité d'hôte chez X. axonopodis pv. Phaseoli : Session 2- Evolution et plasticité des génomes bactériens. Serres-Giardi Laurana, Chen Nicolas W.G., Briand Martial, Darrasse Armelle, Gagnevin Lionel, Koebnik Ralf, Noel Laurent D., Jacques Marie Agnès. 2014. In : 11èmes Rencontres Plantes-Bactéries, Aussois, France, 3-7 février 2014. SFP ; INRA ; CNRS ; IRD ; CIRAD. Paris : SFP, Résumé, 29. Rencontres plantes-bactéries. 11, Aussois, France, 3 Février 2014/7 Février 2014.

Evolutionary history of the plant pathogenic bacterium Xanthomonas axonopodis. Mhedbi-Hajri Nadia, Hajri Ahmed, Boureau Tristan, Darrasse Armelle, Durand Karine, Brin Christelle, Fisher-Le Saux Marion, Manceau Charles, Poussier Stéphane, Pruvost Olivier, Lemaire Christophe, Jacques Marie Agnès. 2013. PloS One, 8 (3):e58474, 15 p.

Genome sequence of Xanthomonas fuscans subsp. fuscans strain 4834-R reveals that flagellar motility is not a general feature of xanthomonads. Darrasse Armelle, Carrère Sébastien, Barbe Valérie, Boureau Tristan, Arrieta-Ortiz Mario L., Bonneau Sophie, Briand Martial, Brin Christelle, Cociancich Stéphane, Durand Karine, Fouteau Stéphanie, Gagnevin Lionel, Guérin Fabien, Guy Endrick, Indiana Arnaud, Koebnik Ralf, Lauber Emmanuelle, Munoz Alejandra, Noel Laurent D., Pieretti Isabelle, Poussier Stéphane, Pruvost Olivier, Robène-Soustrade Isabelle, Rott Philippe, Royer Monique, Serres-Giardi Laurana, Szurek Boris, Van Sluys Marie-Anne, Verdier Valérie, Vernière Christian, Arlat Mathieu, Manceau Charles, Jacques Marie Agnès. 2013. BMC Genomics, 14 (761), 30 p.

Genomic survey of pathogenicity determinants and VNTR markers in the cassava bacterial pathogen Xanthomonas axonopodis pv. manihotis strain CIO151. Arrieta-Ortiz Mario L., Rodríguez-R Luis Miguel, Pérez-Quintero Alvaro L., Poulin Lucie, Díaz Ana C., Arias Rojas Nathalia, Trujillo Cesar, Restrepo Benavides Mariana, Bart Rebecca, Boch Jen, Boureau Tristan, Darrasse Armelle, David Perrine, Dugé de Bernonville Thomas, Fontanilla Paula, Gagnevin Lionel, Guérin Fabien, Jacques Marie Agnès, Lauber Emmanuelle, Lefeuvre Pierre, Medina Cesar, Medina Edgar, Montenegro Nathaly, Munoz Alejandra, Noel Laurent D., Ortiz Quiñoes Juan F., Osorio Daniela, Pardo Carolina, Patil Prabhu B., Poussier Stéphane, Pruvost Olivier, Robène-Soustrade Isabelle, Ryan Robert P., Tabima Javier, Urrego Morales Osacar G., Vernière Christian, Carrère Sébastien, Verdier Valérie, Szurek Boris, Restrepo Silvia, López Camilo, Koebnik Ralf, Bernal Adriana Jimena. 2013. PloS One, 8 (11):e79704, 18 p.

Natural genetic variation of Xanthomonas campestris pv. campestris pathogenicity on Arabidopsis revealed by association and reverse genetics. Guy Endrick, Genissel Anne, Hajri Ahmed, Chabannes Matthieu, David Perrine, Carrère Sébastien, Lautier Martine, Roux Brice, Boureau Tristan, Arlat Mathieu, Poussier Stéphane, Noel Laurent D.. 2013. Mbio, 4 (3) : 00538-12.

Variations in type III effector repertoires, pathological phenotypes and host range of Xanthomonas citri pv. citri pathotypes. Escalon Aline, Javegny Stéphanie, Vernière Christian, Noel Laurent D., Vital Karine, Poussier Stéphane, Hajri Ahmed, Boureau Tristan, Pruvost Olivier, Arlat Mathieu, Gagnevin Lionel. 2013. Molecular Plant Pathology, 14 (5) : 483-496.

Contrasting recombination patterns and demographic histories of the plant pathogen Ralstonia solanacearum inferred from MLSA. Wicker Emmanuel, Lefeuvre Pierre, De Cambiaire Jean-Charles, Lemaire Christophe, Poussier Stéphane, Prior Philippe. 2012. ISME Journal, 6 : 961-974.

Local extinction in the bird assemblage in the Greater Beijing area from 1877 to 2006. Chouteau Philippe, Jiang Zhigang, Bravery Benjamin D., Cai Jing, Li Zhongqiu, Pedrono Miguel, Pays Olivier. 2012. PloS One, 7 (6):e39859, 9 p.

Elaboration d'un système de veille stratégique au sein d'un centre international de recherche. Routier Emilie. 2007. s.l. : Université d'Angers, 60 p. Mémoire de master : Innovation technologique. Information stratégique et veille technologique : Université d'Angers

Guide pour la mise en place d'un système de veille stratégique au CIRAD. Routier Emilie. 2007. s.l. : s.n., 38 p.

Calonectria species and their Cylindrocladium anamorphs : Species with clavate vesicles. Crous Pedro W., Groenewald Johannes Z., Risède Jean-Michel, Simoneau Philippe, Hyde Kevin D.. 2006. Studies in Mycology, 55 : 213-226.

Calonectria species and their Cylindrocladium anamorphs : Species with sphaeropedunculate vesicles. Crous Pedro W., Groenewald Johannes Z., Risède Jean-Michel, Simoneau Philippe, Hywel-Jones Nigel L.. 2004. Studies in Mycology, 50 (2) : 415-429. Special Symposium on "CBS Centenary: 100 Years of Fungal Biodiversity and Ecology", Amsterdam, Pays-Bas, 13 Mai 2004/14 Mai 2004.

Pathogenic and genetic diversity of soilborne isolates of Cylindrocladium from banana cropping systems. Risède Jean-Michel, Simoneau Philippe. 2004. European Journal of Plant Pathology, 110 (2) : 139-154.

Etude de deux sous-classes de gènes de la famille PR-10 chez le pommier : induction par des facteurs abiotiques et par l'agent de la tavelure, Venturia inaequalis. Poupard Pascal, Campion C., Parisi Luciana, Gaudin Jacqueline, Simoneau Philippe. 2002. In : Journées Jean Chevaugeon : IVe rencontres de phytopathologie - mycologie du 13 au 17 mars 2002. [Résumés]. CIRAD-MIDEC, INRA, CNRS, SFP. Montpellier : CIRAD, Résumé, 1 p. Journées Jean Chevaugeon, Rencontres de phytopathologie-mycologie. 4, Aussois, France, 13 Mars 2002/17 Mars 2002.

Diversité moléculaire et variabilité du pouvoir pathogène chez les champignons du genre Cylindrocladium associés aux nécroses racinaires du bananier. Risède Jean-Michel, Simoneau Philippe. 2001. In : 5e Congrès de la Société Française de Phytopathologie, Angers (France), 26 - 29 mars 2001. SFP. s.l. : s.n., Résumé, 13. Congrès de la Société Française de Phytopathologie. 5, Angers, France, 26 Mars 2001/29 Mars 2001.

Typing Cylindrocladium species by analysis of ribosomal DNA spacers polymorphism : application to field isolates from the banana rhizosphere. Risède Jean-Michel, Simoneau Philippe. 2001. Mycologia, 93 (3) : 494-504.

Analyse du polymorphisme des espaceurs du rDNA chez les champignons du genre Cylindrocladium : Application à l'idenfication d'isolats provenant de la rhizophère du bananier. Risède Jean-Michel, Simoneau Philippe. 2000. In : Journées Jean Chevaugeon : Rencontres de mycologie-phytopathologie. INRA, SFP, CIRAD, CNRS. Montpellier : CIRAD, 1 p. Journées Jean Chevaugeon, Rencontres de mycologie-phytopathologie, Aussois, France, 5 Mars 2000/9 Mars 2000.

Typage moléculaire de populations de Xanthomonas pv. mangiferaeindicae isolées sur des cultivars de manguiers sensibles et partiellement résistant à la maladie des tâches noires. Flahaut Bénédicte. 2000. Angers : Université d'Angers, 31 p. Mémoire DESS : Technologies du végétal : Université d'Angers

Enquête sur la présence et la répartition du syndrome de la feuille jaune de la canne à sucre à la Réunion. Rassaby Laurence. 1998. s.l. : s.n., 26 p. Mémoire DESS : Technologies végétales

Nematodes and the banana root pathogen complex in the West Indies : recent outcomes and future prospects. Risède Jean-Michel, Fagan H.J., Strullu D.G., Delvaux Bruno. 1996. Nematropica, 26 (3), Résumé : 219-218.