Effet du séchage d'échantillons d'un sol ferrugineux tropical sur la détermination de la biomasse microbienne : comparaison de deux méthodes biocidales de référence

Fardoux Joël, Fernandes Paula, Niane-Badiane Aminata, Chotte Jean-Luc. 2000. Effet du séchage d'échantillons d'un sol ferrugineux tropical sur la détermination de la biomasse microbienne : comparaison de deux méthodes biocidales de référence. Etude et Gestion des Sols, 7 (4) : 385-394.

Résumé : La détermination de la biomasse microbienne (BM) est un outil indispensable à l'étude du fonctionnement microbiologique des sols. Les méthodes couramment utilisées imposent des mesures sur sol frais. Cette contrainte est souvent difficile à surmonter lors d'études de terrain. Cette étude a pour objectif de préciser les effets d'un séchage préalable de l'échantillon suivi d'une réhumectation avant la mesure de biomasse microbienne par rapport à une mesure faite sur échantillon frais et d'apporter quelques commentaires comparatifs sur deux techniques biocidales d'évaluation de la biomasse microbienne d'un sol. Les deux méthodes biocidales testées sont la méthode de fumigation extraction (FE) (Amato at Ladd, 1988) et la méthode de fumigation incubation (FI) (Jenkinson et Powlson, 1976), dans lesquelles les microorganismes sont tués sous l'action du chloroforme. Pour simuler différentes étapes de la conservation des échantillons de sol, ces mesures ont été réalisées sur des échantillons de sol frais, puis séchés à l'air et enfin reconditionnés à l'humidité initiale et incubés 7 jours. Les échantillons ont été pré-incubés durant 7 jours à différentes humidités: 5% (H5), 100% (H100) et 300% (H300) de la capacité de rétention. Les mesures ont été réalisées sur un sol ferrugineux sableux, enrichi (traitement F) ou non (traitement T) par un apport de fumier de 20 g kg-' (équivalent à 30 t MS ha-1). Sur sol frais, la BM du sol amendé en fumier est significativement supérieure à celle du sol seul mais l'effet du fumier est plus marqué quand la BM est mesurée par la FI. Quelque soit la méthode, la BM ne dépend pas du niveau d'humidité inititale à l'exception de H5 où la BM mesurée est quasiment nulle. Après séchage sans réhumectation, la BM est très faible, quelque soit la méthode et l'humidité du sol avant séchage. Si le soi est réhumecté et incubé, les résultats obtenus par les deux méthodes ne permettent pas de retrouver la BM du sol frais. Cependant, la FE permet de conserver les différences qui existaient entre les traitements avec et sans fumier, que l'on soit à H100 ou H300. Ce dernier procédé (séchage- réh u m ectation-incubation) ne permet donc pas d'estimer la BM réelle d'un sol frais même si la FE en préserve le caractère discriminant. La reconditionnement du sol après son séchage à l'air ne permet pas le développement des microorganismes à des seuils équivalents à ceux mesurés dans un sol frais. Il est donc essentiel, dans un objectif de détermination de la BM réelle, in situ, de conserver les sols à l'état frais. Pour cela, nous recommandons la méthode de conservation testée, sur des sois tempérés, et préconisée par Chaussod et al. (1986). Elle consiste à maintenir les échantillons de sol à leur humidité d'origine et à des températures comprises entre 4°C et 10°C.

Mots-clés Agrovoc : analyse de sol, technique analytique, biomasse, flore microbienne, fumigation, chloroforme, teneur en eau du sol, sol tropical

Mots-clés complémentaires : Incubation, Sol ferrugineux

Classification Agris : P34 - Biologie du sol
U30 - Méthodes de recherche

Auteurs et affiliations

• Fardoux Joël, IRD (SEN)
• Fernandes Paula, CIRAD-AMIS-AGRONOMIE (FRA) ORCID: 0000-0001-7668-8700
• Niane-Badiane Aminata, ISRA (SEN)
• Chotte Jean-Luc, IRD (SEN)

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/518348/)

Métriques

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