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Agritrop - Aides aux utilisateurs

Le dépôt, l'alimentation et la valorisation des publications du Cirad via Agritrop

L'archive ouverte institutionnelle Agritrop recense les publications rédigées par les personnels et les structures de recherche du Cirad. Elle est ouverte à tous pour consultation. Agritrop offre un accès gratuit au plus grand nombre possible de documents dans le respect des droits d'auteur et des accords conclus avec les éditeurs. Agritrop comprend plus de 110 000 références et 52 000 documents en texte intégral en recherche agricole et développement rural des pays du Sud. Plus de 31 000 documents sont accessibles à tout public sur internet.

Agritrop est alimentée par le dépôt des publications des personnels du Cirad. Elle dispose depuis 2015 d’une interface décentralisée de dépôt pour l’autoarchivage des publications.

Politique du Cirad sur le dépôt des publications

Depuis 2008, le Cirad a institué le dépôt par les scientifiques de l’Établissement de leurs publications dans Agritrop. La note concernant le dépôt institutionnel dans Agritrop a été actualisée au 22 juillet 2022. Elle est accessible dans la rubrique Mentions légales du site internet Agritrop.

SOMMAIRE

Qui peut déposer dans Agritrop ?

Le dépôt dans Agritrop est accessible aux personnels du Cirad. Pour déposer, il suffit de se connecter avec ses identifiants de messagerie Cirad (compte et mot de passe) sur l’interface d’Agritrop. Pour s'authentifier, il faut être déclaré dans l'annuaire du Cirad (ldap), puis dans le système d'information des ressources humaines du Cirad (SIRH) et répondre à un type de contrat suivant :

  • CDI
  • CDD
  • Détaché
  • Doctorant
  • Intérimaire
  • Mis à disposition
  • Partenaire accueilli
  • Post doc
  • Volontaire

Quels documents déposer dans Agritrop ?

L’archive ouverte Agritrop accueille 25 types de document différents :

Aide sur les types de documents Agritrop

  • Article de revue
  • Ouvrage
  • Chapitre d'ouvrage
  • Actes de congrès
  • Communication invitée
  • Communication avec actes
  • Communication sans actes
  • Communication par affiche
  • Thèse
  • HDR
  • Mémoire
  • Rapport d’expertise
  • Brevet
  • Document technique et de recherche
  • PGD
  • Rapport de mission
  • Support de cours
  • Chapitre de rapport
  • Atlas
  • Carte
  • Article de site Web
  • Application
  • Document audiovisuel
  • Document institutionnel
  • Revue
  • Autre

Le type de document « Autre » est à utiliser par le déposant en cas de difficulté pour l’identification du type de document. Le dépôt sera validé avec le type de document adéquat.

L'archive Agritrop recense en priorité les publications des personnels du Cirad pendant leur activité au Cirad.

Les publications rédigées avant l'entrée des personnes au Cirad peuvent faire également l'objet d'un dépôt dans l'archive. Une sélection des publications les plus marquantes est alors demandée, ciblant articles, ouvrages ou chapitres d'ouvrages, actes de congrès ou communications avec actes, mémoire de master 2, thèse et mémoire de HDR. Une fois le dépôt effectué, la DiscO (Délégation à l’information scientifique et à la science ouverte du Cirad) va compléter les données, par exemple ajout de tous les auteurs avec leurs affiliations, informations sur les titres de revues et d'ouvrages, des mots-clés, des données d'indicateurs (article dans une revue à facteur d'impact ou à comité de lecture, revue en libre accès total).

Ne sont pas retenus principalement les types de documents suivants : interviews de chercheur Cirad, fichiers uniquement sonores, affiches qui ne sont pas des posters à congrès, diplômes de niveau BTS, licence ou master 1, notes de speaker ou notes d’organisation de table ronde.

Comment déposer une publication dans Agritrop ?

  1. Se connecter sur Agritrop avec les identifiants de la messagerie Cirad (https://agritrop.cirad.fr/).
  2. Onglet "Gérer mes dépôts" : choisir "Déposer un document" ou "Récupérer la référence" (à partir du DOI ou de EndNote).
  3. Sélectionner le type de document.
  4. Onglet Téléchargement : cliquer sur le bouton Parcourir pour joindre le fichier PDF et choisir les conditions d’accès du document (tout public (Internet), réservé aux personnels Cirad, confidentiel).
  5. Compléter la référence avec 2 informations obligatoires : le titre et l'année de la publication. Le nom de congrès est à compléter dans le cas d'une communication ou bien le nom de l'ouvrage dans le cas d'un chapitre (l'équipe Agritrop se charge de compléter par les auteurs, affiliations etc.).
  6. Terminer le dépôt en cliquant sur "Valider votre dépôt".

Chaque déposant recevra un message de la plateforme indiquant le traitement effectué pour chaque dépôt.

L'onglet "Gérer mes dépôts" permet de visualiser les documents déposés et de suivre leur validation dans Agritrop une fois que l'équipe Agritrop a complété les informations manquantes. Les dépôts en cours ou en attente de validation sont également visibles sous l’onglet « Suivi des dépôts dans Agritrop » de l’espace personnel réservé au personnel Cirad..

Quelles conditions d'accès attribuer aux publications déposées dans Agritrop ?

Pour mettre en œuvre la loi pour une République numérique et permettre le libre accès à la connaissance, Agritrop recommande différents outils ou liens pour aider les utilisateurs à connaître leurs droits et obligations concernant les conditions d'accès de leurs publications :

  • Sherpa Romeo (https://v2.sherpa.ac.uk/romeo/)
  • Loi pour une République numérique (https://www.legifrance.gouv.fr/eli/loi/2016/10/7/ECFI1524250L/jo/texte)
  • Non Cession des droits sur les publication MAA-Postprint (https://www.ouvrirlascience.fr/wp-content/uploads/2022/07/Guide_non_cession_des_droits_pour_impression_A5.pdf)

Agritrop gère les types d'accès suivants :

  • Accès tout public (Internet)
    • Dans ce cas, le fichier PDF du document est accessible à tout internaute. Le document peut donc être consulté et téléchargé librement.
  • Accès réservé aux personnels Cirad
    • Le fichier PDF du document est consultable uniquement par les personnels du Cirad sur authentification grâce aux identifiants de messagerie Cirad. Un internaute ne peut pas le consulter directement. Il peut faire une demande de consultation via Agritrop en motivant sa demande. Dans ce cas, le déposant recevra un message avec le détail du motif de consultation donnant le choix entre accepter la demande de consultation ou refuser cette demande. Si le déposant accepte cette demande, cela ouvrira un droit de consultation du texte pour quelques jours uniquement pour ce demandeur directement sur la plateforme Agritrop.
  • Accès confidentiel
    • La référence et le fichier PDF du document ne sont pas accessibles à partir d'Agritrop. Les auteurs-déposants peuvent les consulter dans le produit "Vos listes de publications/Intranet" en cliquant dans le bandeau haut sur le bouton "Connexion". Ils peuvent également les consulter dans l’espace personel réservé au personnel du Cirad.

Agritrop recommande les types d’accès suivants en fonction des documents :

  • Pour les documents dont les droits ont été cédés à l’éditeur : accès réservé aux personnels du Cirad
  • Pour les documents publiés en libre accès ou pour lesquels l’éditeur autorise l’autoarchivage, pour les documents de littérature grise ainsi que les mémoires, thèses et HDR : accès tout public (Internet)
  • Pour les documents confidentiels (cas par exemple de certains rapports d’expertise à la demande des bailleurs de fond) : accès confidentiel.

Si le type d’accès sélectionné par le déposant n’est pas conforme aux droits de diffusion de la publication déposée, la DiscO (Délégation à l'infomation scientifique et science ouverte) se réserve le droit de le modifier pour le limiter aux personnels du Cirad.

Les personnels du Cirad peuvent à tout moment demander le changement des conditions d’accès de leurs publications.

Peut-on déposer la version postprint d’un article ?

La loi n° 2016-1321 du 7 octobre 2016 pour une République numérique est parue au journal officiel du 8 octobre (https://www.legifrance.gouv.fr/eli/loi/2016/10/7/ECFI1524250L/jo/texte). Elle promeut la diffusion en accès libre des publications, autorise la libre réutilisation des données de recherche et légalise la fouille de textes à des fins de recherche.

Les auteurs d'un article issu d'une recherche financée au moins pour moitié sur fonds publics ou européens ont le droit de mettre leur version postprint (version révisée et validée par les pairs avant mise en page par l’éditeur) en accès libre 6 mois (dans le domaine des sciences, des techniques ou de la médecine), ou 12 mois (dans le domaine des sciences humaines), après sa première publication par l'éditeur, même s'ils ont signé un contrat de cession de droits exclusifs avec l'éditeur. Si l'éditeur l'autorise, cette mise en ligne peut être immédiate (article 30).

Pour mettre en œuvre ces dispositions, il est recommandé de déposer dans Agritrop, en même temps que la version publiée, le postprint (version validée avant mise en page par l’éditeur) des articles entrant dans le cadre de la loi pour une République numérique. Lors du dépôt du postprint, indiquez simplement la date de fin de la période d’embargo (date à 6 mois de la 1e diffusion sur internet de l'article de revue en sciences et techniques, à 12 mois pour les sciences humaines). Les postprints des articles déposés dans Agritrop seront automatiquement mis en libre accès à cette date.

Peut-on déposer la version preprint d’un article ?

Conformément à la note sur le dépôt institutionnel (PDG 22 07 21 EC.Dist), les auteurs et coauteurs du Cirad déposent leurs documents scientifiques dans leur forme finale publiée (version publiée). Ils peuvent joindre à leur dépôt, la version validée par les pairs mais non mise en forme par l'éditeur (version postprint), quel que soit le support utilisé (papier, électronique). Les preprints ne sont pas inclus dans le périmètre du dépôt institutionnel ne s'agissant pas d'articles validés par les pairs.

L'hébergement des preprints dans Agritrop ne constitue pas le moyen le plus adapté à une réelle valorisation des preprints et notamment à leur examen par les pairs, la plateforme Agritrop n'étant pas outillée pour recevoir les commentaires et révisions par les pairs.

Pour une valorisation correcte des preprints, les personnels du Cirad sont invités à consulter la fiche-conseils "Rendre public son projet d’article sur un site de preprints - https://doi.org/10.18167/coopist/0031", rédigée et mise en ligne par la DiscO sur le site internet CoopIST.

Comment gérer son ORCID-ID avec Agritrop ?

ORCID-ID est un code alphanumérique univoque qui facilite l'identification des publications et des autres produits d'activités d’un chercheur (jeux de données publiés, projets obtenus sur financement, articles de revues reviewés...).

Interconnecter le compte Agritrop et le compte ORCID facilite la découverte et l'utilisation des publications des personnels du Cirad.

La procédure proposée à partir d’Agritrop permet :

  • de se connecter à son compte ORCID ou de le créer à partir d’Agritrop afin d’importer son ORCID-ID dans Agritrop
  • d’exporter les références de ses publications Agritrop vers son profil ORCID.

Comment procéder ?

A partir de l’onglet « Gérer mon ORCID-ID », cliquer sur « Connexion ORCID » pour se connecter à son compte ORCID ou le créer. Cette action, à faire une fois, établira la liaison entre ses comptes Agritrop et ORCID. La rubrique employeur de la page ORCID sera automatiquement complétée avec la valeur Cirad et l’ORCID-ID sera ajouté aux références dans Agritrop. Ces mises à jour seront faites pendant la nuit.

Après ce délai, les références de ses publications d’Agritrop pourront être exportées vers son profil ORCID. A partir de l’onglet « Gérer mon ORCID-ID », cliquer sur « Sélection des références » pour choisir les références à exporter vers sa page ORCID. Cocher les références qui doivent être exportées vers ORCID. Par défaut, toutes les références sont déjà cochées.

Attention, un maximum de 100 références peut être exporté en un lot.

Si l’export souhaité contient plus de 100 références, il faudra renouveler la procédure plusieurs fois. Seules les références absentes de ses pages ORCID seront exportées. Pour exporter une référence déjà présente dans sa page ORCID (nouvelle version, corrections...), il faudra d’abord supprimer celle-ci de sa page ORCID.

L’export des références d'Agritrop vers ORCID n’est pas automatique, et la procédure d’export doit être refaite pour exporter vers sa page ORCID ses nouvelles publications.

A quelles publications attribuer un DOI Cirad ?

Les documents édités par le Cirad peuvent être dotés d’un DOI (Digital Object Identifier ou Identifiant numérique d'objet). Un DOI permet d’identifier de façon univoque, de citer et de fournir un lien internet durable à des publications, des rapports, des jeux de données, des images, etc.

La DiscO propose d'attribuer un DOI aux publications rédigées par des personnels ou structures du Cirad lorsqu'elles sont éditées par le Cirad.

Quels documents sont concernés ?

  • les documents édités par le Cirad, prioritairement ceux ayant un ISBN Cirad
  • les documents non conventionnels d'auteurs Cirad et édités par le Cirad, destinés à être largement diffusés (comme des rapports de synthèse, des rapports techniques, etc.).

Quelles conditions ?

  • les documents doivent être déposés dans Agritrop
  • le texte intégral doit être librement accessible sur internet.

Comment procéder ?

  • Ecrire à agritrop@cirad.fr en mentionnant dans l'objet : Demande de DOI. Indiquer dans le message : titre du document, auteurs du document, type de document (rapport, ouvrage, etc.)
  • Le demandeur recevra en retour le DOI sous la forme : numéro du préfixe Cirad/agritrop/numéro du DOI du document - Exemples : https://doi.org/10.18167/agritrop/00433 ou https://doi.org/10.19182/agritrop/00007
  • Une fois le document déposé dans Agritrop et le DOI déclaré, la référence Agritrop et le texte intégral associé pourront être retrouvés facilement à partir d'une recherche du DOI sur internet.

Deux agences d'enregistrement sont utilisées pour la déclaration des DOIs, en fonction des types de document :

  • Crossref pour les ouvrages et chapitres d'ouvrages, actes de congrès édités avec ISBN et communications avec actes, atlas édités avec ISBN
  • DataCite pour les documents techniques et de recherche, tous types de rapport, les PGD et les cartes.

Pour les articles de revues, les revues en libre accès du Cirad disposent d'une plateforme spécifique qui attribue directement les DOIs aux articles, via Revela. Les thèses, mémoires et HDR sont gérées par les universités de soutenance et reçoivent des identifiants par d'autres systèmes comme theses.fr ou dumas.fr.

Comment accéder aux références d'Agritrop ?

Accès aux références depuis l'interface de consultation d'Agritrop sur Internet

Recherche simple :

La recherche simple porte sur la référence du document et sur le document lui-même (s'il est disponible dans Agritrop). Saisir la requête dans l'un des deux cartouches de recherche simple accessibles sur la page d'accueil agritrop.cirad.fr.

Recherche avancée :

La recherche avancée permet de combiner plusieurs critères de recherche: mots du texte intégral, mots du titre, auteur, organisme d’affiliation, année, type de document, langue du document, nom de la revue, DOI, mots-clés, classification, CTS, etc.

Menu Auteurs CIRAD

Il permet d'accéder, en sélectionnant le nom d’un auteur du Cirad, aux références de ses publications, classées par type de document et année décroissante (hors références confidentielles).

Menu Parcourir

Il permet d’accéder à des références de publications du Cirad selon différentes entrées :

  • par champs stratégiques Cirad. Il s’agit des 7 CTS du Cirad depuis 2019 et auparavant des axes stratégiques
  • par thème Agris. Il s’agit des thèmes de la classification Agris/Caris de la FAO
  • par année de publication
  • par auteur. A partir de l’alphabet, il est possible de retrouver les noms et prénoms de tous les auteurs (Cirad et partenaires) des publications et co-publications du Cirad référencées dans Agritrop
  • par affiliation d'auteur. Il s’agit des organismes d’affiliation des auteurs (Cirad et partenaires).

Listes de publications par sujets : ces listes sont accessibles depuis la page d'accueil d'Agritrop

  • Objectifs de développement durable
  • Champs stratégiques du Cirad
  • Filières tropicales
  • Directions régionales du Cirad
  • Thèmes d'actualité.
  • Listes de publications par types de documents originaux

Listes par types de publications

  • HDR et thèses d’Etat habilitant les agents du Cirad à diriger des recherches
  • Thèses dirigées, encadrées ou soutenues par le Cirad
  • Brevets du Cirad
  • Supports de cours du Cirad
  • Rapports annuels du Cirad
  • Data papers du Cirad
  • Cartes et atlas du Cirad
  • Plans de gestion des données du Cirad.
  • Documents d'orientation (policy briefs) du Cirad

Accès via le produit documentaire sur Internet Publications du Cirad (https://publications.cirad.fr)

Le site "Publications du Cirad" vise à valoriser la production scientifique et technique des auteurs du Cirad déposée dans Agritrop, l'archive ouverte des publications du Cirad. La découverte des publications est facilitée par un accès selon différentes entrées :

  • Auteurs Cirad : donne accès à plus de 50 000 publications classées par ordre alphabétique des auteurs Cirad, 70% sont en texte intégral et parmi celles-ci, 40% sont en libre accès sur internet. Cette entrée donne accès aux publications déposées dans Agritrop, pour chaque auteur en activité au Cirad (hors références confidentielles).
  • Collectifs des auteurs Cirad: donne accès aux publications déposées dans Agritrop depuis 2008, pour chaque collectif Cirad.
  • Partenaires : donne accès aux publications déposées dans Agritrop depuis 2008, par pays et établissement d'appartenance des coauteurs.
  • Pays : donne accès aux publications déposées dans Agritrop depuis 2008, par pays étudié.
  • Champs stratégiques : donne accès aux publications déposées dans Agritrop depuis 2008, par champ stratégique et axe stratégique du Cirad.
  • Thèmes du Cirad. Ces différentes entrées donnent accès à plus de 70 000 publications parues depuis 2008, classées par ordre alphabétique dans chacune des entrées (hors références confidentielles).

Accès via le produit documentaire sur Intranet Vos listes de publications (http://intranet-publications.cirad.fr/listes/)

"Vos listes de publications" est une interface de sélection et d'extraction des références bibliographiques de la production scientifique écrite du Cirad issues de la base de données Agritrop.

Un formulaire permet de sélectionner les critères de recherche et d'affichage de listes bibliographiques :

  • par agents
  • par unités de recherche du Cirad
  • par départements du Cirad
  • par année de publication
  • par type de document avec des regroupements de types de documents.

Les listes peuvent être classées par année, premier auteur, type de publication ou date de référencement dans Agritrop. Les listes peuvent être exportées dans un format Word, Excel ou un format texte importable sous EndNote.

Comment sont utilisées les références d'Agritrop ?

Production d'indicateurs : site de datavisualisation des indicateurs de publications du Cirad

Ces indicateurs sont accessibles depuis la page d’accueil d’Agritrop et également à l’adresse https://indicateurs-publication.cirad.lodex.fr/. Ils sont mis en accès chaque année au mois de mars. Ce site de datavisualisation présente les principaux indicateurs de publications du Cirad (données par unités de recherche, pour l'ensemble des unités d'un département, et pour l'ensemble des unités de l'établissement) sous forme de graphes par types de documents, libre accès ou non, champs thématiques stratégiques (CTS), et copublications.

Les publications prises en compte sont les articles de revue, les ouvrages, les chapitres d'ouvrage, les actes de congrès, les communications de congrès, les thèses, les HDR, et les brevets. Les données sont extraites de l'archive ouverte institutionnelle, Agritrop. Pour afficher les données pour un département scientifique ou une unité de recherche, cliquer sur « Voir les détails » sous le graphe considéré, et utiliser les filtres.

Géovisualisation des cartes et atlas du Cirad

Ce produit, accessible depuis la page d’accueil d’Agritrop, vise à valoriser les cartes produites ou coproduites par le Cirad depuis 1954. Basé sur le logiciel ArcGIS, il permet de localiser et de consulter plus de 1 000 cartes et atlas du Cirad référencés, indexés (thèmes Agris et descripteurs Agrovoc de la FAO) et numérisés pour l’archive ouverte Agritrop.

À partir d'une interface ergonomique, différentes fonctionnalités sont proposées comme la production de graphiques ou le filtrage d'une recherche par années de publication, thèmes et sous-thèmes Agris.

Alimentation d’autres applications ou sites web

Agritrop permet d'alimenter d'autres applications ou sites web dédiés à la restitutions d'indicateurs institutionnels ou à l'affichage des publications du Cirad :

  • Accès aux publications sur le site web du Cirad (thématiques de recherches prioritaires/Ressources, filières tropicales/ressources) ou des sites des unités de recherche du Cirad (onglet publications et ressources)
  • Enrichissement des CV des personnels du Cirad (onglet Publications)
  • Enrichissement du rapport numérique d'activité des personnels du Cirad (onglet Productions)
  • Indicateurs institutionnels de publications du Cirad
  • etc.

Indexation par les moteurs de recherche et moissonnage

L'archive ouverte Agritrop est indexée par les moteurs de recherche et moissonnées par les bases de données internationales.

Afin d'augmenter la visibilité des publications du Cirad à travers le monde, Agritrop s'efforce de rendre ses métadonnées interopérables avec les bases de données internationales et accessibles par les moteurs de recherche. Depuis quelques années, Agritrop conserve son rang dans les leaders français pour sa visibilité et son impact dans Google scholar. Les publications du Cirad sont accessible via plusieurs canaux ou bases de données permettant d'accroître la notoriété des auteurs du Cirad :

  • OpenAire
  • Core
  • Agris/Fao
  • WorldCat/OCLC
  • Plateforme géographique Navigae du CNRS
  • etc.

Agritrop, l'archive ouverte des publications du Cirad est moissonnable en OAI-PMH (https://agritrop.cirad.fr/cgi/oai2?verb=Identify).

Comment consulter les métriques dans Agritrop ?

Les statistiques de téléchargements et autres métriques sont accessibles pour chaque publication enregistrée sous Agritrop en cliquant sur le bouton "Métriques" (en bas de la référence en affichage complet). Ce graphe comporte les années en abscisses et en ordonnées les téléchargements comptés en unités. En pointant directement sur la courbe, le nombre exact de téléchargements est indiqué pour la publication.

Altmetrics renseigne sur les partages sur les réseaux sociaux (twitter, Mendeley). Dimensions indique le nombre de citations et donne accès à la liste des publications citantes. Les personnels Cirad ont accès aux indicateurs Scopus et Web of Science.

Peut-on transférer des références Agritrop dans l'archive nationale HAL ?

Il n'existe pas actuellement de lien automatique entre Agritrop et l'archive nationale HAL.

Le Cirad a pour projet, à moyen terme, de réaliser une interconnexion entre les deux systèmes, de Agritrop vers HAL, afin d'éviter un double dépôt manuel aux personnels du Cirad.

Il est possible d'extraire au format EndNote les métadonnées de publications référencées dans HAL et d'importer le fichier EndNote dans Agritrop. Une fois les métadonnées importées, le déposant peut y ajouter le texte intégral associé pour validation sous Agritrop.

Plusieurs aides sont disponibles pour vous guider dans l'utilisation de ce produit.

Guides Agritrop

Guides

  • Guide de l'utilisateur
    • Principales fonctions de la page d’accueil
    • Menu : Recherche avancée, Auteurs Cirad, Parcourir
    • Affichage et exploitation des résultats de recherche
    • Connexion et espace utilisateur
  • Guide du déposant (Le dépôt des documents dans Agritrop est réservé aux agents Cirad)
    • Se connecter pour déposer un document
    • Déposer un document; déposer à partir d'un DOI, d'une référence Zotero ou Endnote
    • Gérer ses dépôts
  • Module de formation au dépôt Agritrop - Moodle
    • Un module de formation en ligne intitulé « Déposer vos publications et données », présentant le dépôt dans Agritrop sera disponible fin 2023 pour les personnels Cirad sur la plateforme Moodle du Cirad.
  • Guide pour la recherche experte (Xapian)
    • La recherche Xapian
    • Champs pour la recherche Xapian

Vidéos

Pour toute question complémentaire : agritrop@cirad.fr

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