Vilarinhos Alberto Duarte. 2004. Cartographie génétique et cytogénétique chez le bananier : caractérisation des translocations. Montpellier : ENSAM, 115 p. Thèse de doctorat : Biologie intégrative : Ecole nationale supérieure agronomique de Montpellier
Encadrement : D'Hont, Angélique
Résumé : L'analyse des appariements à la méiose a révélé l'existence de nombreuses translocations chez les bananiers. Chez Musa acuminata, la principale espèce à l'origine des bananiers cultivés, sept groupes de translocations (Central, Nord Malaisie, Montagnes malaises, Nord A, Nord B, Indonésie et Afrique de l'Est) ont été identifiés, à l'intérieur desquels les accessions sont, homozygotes pour cet élément de structure. Cette situation rend difficile la réalisation de cartes génétiques, la compréhension de la transmission des caractères d'interêt agronomique dans les descendances et plus globalement l'amélioration génétique. Cette thèse avait pour objectif de mettre en place un outil basé sur l'hybridation in situ fluorescente de clones BAC (BAC-FISH) pour mieux caractériser ces translocations et d'appliquer cet outil à la caractérisation des translocations entre les accessions 'Calcutta 4' (2n=2x=22, groupe de translocations Nord A) et 'Madang' (2n=2x=22, groupe de translocations Central) en s'appuyant sur une carte génétique développée à partir du croisement entre ces cultivars. Cette étude a Impliqué la construction d'une banque BAC de bananier, le développement d'une carte génétique, l'adaptation de la technique d'hybridation BAC-FISH sur les chromosomes de bananiers et l'initiation d'une carte cytogénétique. La banque BAC du cultivar 'Calcutta 4' que nous avons construite comprend 55.152 clones avec une taille moyenne d'insert de 100 Kb. De l'ordre de 1,5% des clones présentent des inserts constitués d'ADN chroloplastique ou mitochondrial. La couverture du génome nucleaire par la banque BAC a été estimée à 9-10x. La carte génétique que nous avons développée à partir du croisement 'Calcutta 4' X 'Madang' et à partir de données moléculaires existantes comprend 120 marqueurs (dont 20 marqueurs RFLP, 81 marqueurs AFLP, et 19 marqueurs SSR) réparties en 14 groupes de liaison. Le groupe de liaison Il a été plus particulièrement ciblé pour la recherche des translocations. En effet différents critères (taux de marqueurs distordus, taille du groupe, comparaison avec d'autres cartes,...) suggéraient que ce groupe impliquait des chromosomes portant des translocations. Quatre clones BAC répartis sur le GL Il et sélectionnés à partir de 3 locus RFLP et 1 locus SSR ont été localisés, par BAC-FISH, sur les chromosomes des accessions 'Calcutta 4' et 'Madang'. L'ensemble des résultats suggère que les marqueurs impliqués dans le GL II appartiennent à trois paires de chromosomes dont la structure est différente entre 'Madang' et 'Calcutta 4' par la présence de deux translocations liées chez 'Calcutta 4. Selon l'hypothèse retenue les locus mMaCIR161-rMaCIR 560, rMaCIR 1125, et rMaCIR 36 appartiendraient à trois chromosomes différents chez 'Madang' (codés A, B et C) alors que chez 'Calcutta 4' ils ne seraient que sur deux chromosomes différents (chromosomes A et B). Le locus rMaCIR 1125 situé sur le chromosome C chez 'Madang', serait transloqué avec son segment porteur en position interstitielle sur le chromosome B de 'Calcutta 4'. D'autre part une carte cytogénétique globale de l'accession 'Calcutta 4' a été initiée. Elle est encore partielle et comprend 16 locus (14 clones BACs sélectionnés à partir de locus RFLP et SSR de la carte génétique et deux sondes ribosomiques, 45S et 5S). Six des 14 GL de la carte génétique ont pu y être ancrés.
Mots-clés Agrovoc : Musa, Musa acuminata, carte génétique, cytogénétique, translocation, amélioration des plantes, hybridation, marqueur génétique, banque de gènes, clone
Mots-clés géographiques Agrovoc : Malaisie, Indonésie, Afrique orientale
Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes
Auteurs et affiliations
- Vilarinhos Alberto Duarte, CIRAD-FLHOR-BPA (FRA)
Autres liens de la publication
Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/519248/)
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