Roumagnac Philippe, Gagnevin Lionel, Gardan Louis, Sutra L., Manceau Charles, Rott Philippe, Pruvost Olivier.
2004. Caractérisation polyphasique des Xanthomonas isolé d'oignon, d'ail et de ciboule.
In : 6ème Rencontres plantes-bactéries, 11-15 janvier 2004, Aussois
Résumé : L'agent responsable du dépérissement bactérien de l'oignon a été identifié comme appartenant au genre Xanthomonas (X. sp) uniquement sur la base de tests phénotypiques et biochimiques. Dans le contexte actuel d'émergence mondiale de la maladie, nous nous sommes fixé comme objectif d'une part de classer taxonorniquement la bactérie en employant une approche polyphasique et d'autre part de clarifier son spectre d'hôtes. Le travail de classement taxonomique de la bactérie a ainsi été conduit en combinant plusieurs méthodes génétiques et phénotypiques, dont les hybridations ADN-ADN, le calcul des [delta]Tm, l'AFLP, l'analyse des acides gras et l'analyse du métabolisme des substrats carbonés. Les travaux ont été effectués à partir d'une collection de X. sp. originaire de l'ensemble des régions contaminées et isolées à partir de lésions foliaires d'oignon, d'ail et de ciboule. La caractérisation phénotypique, basée sur l'analyse des acides gras et sur l'assimilation de substrats carbonés, a permis d'identifier les souches de X. sp. comme appartenant au genre Xanthomonas. L'appartenance à ce genre a été par ailleurs confirmée par le séquençage du gène codant pour l'ARN 16S. Le croisement des résultats obtenus avec les hybridations ADN-ADN, le calcul des [delta]Trn et l'AFLP a conduit à classer les souches de l'agent causal dans l'espèce X. axonopodis. Notre étude souligne l'intérêt d'utiliser dans les travaux taxonomiques une technique moléculaire telle que l'AFLP. Par ailleurs, X. axonopodis s'est avéré pathogène sur toutes les espèces du genre Allium testées mais a été incapable de causer des lésions évolutives sur jacinthe et haricot. L'ensemble de ces résultats nous a conduit à proposer de nommer l'agent causal du dépérissement bactérien de l'oignon Xanthomonas axonopodis pv. allii. (Texte intégral)
Mots-clés Agrovoc : Xanthomonas, maladie bactérienne, maladie des plantes, Allium, taxonomie, identification, phénotype, marqueur génétique, Xanthomonas axonopodis
Mots-clés complémentaires : Xanthomonas axonopodis pv. allii
Classification Agris : H20 - Maladies des plantes
Auteurs et affiliations
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Roumagnac Philippe
ORCID: 0000-0001-5002-6039
- Gagnevin Lionel, CIRAD-AMIS-PROTECTION DES CULTURES (REU)
- Gardan Louis, INRA (FRA)
- Sutra L., INRA (FRA)
- Manceau Charles, INRA (FRA)
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Rott Philippe, CIRAD-CA-Canne à sucre (FRA) ORCID: 0000-0001-6085-6159
- Pruvost Olivier, CIRAD-FLHOR-ARF (REU)
Autres liens de la publication
Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/519768/)
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