Camps Céline. 2003. Etude de la diversité génétique, et caractérisation du déséquilibre de liaison au sein de populations naturelles d'E. Oleifera. Toulouse : Université de Toulouse III, 37 p. Mémoire DESS : Bioingénierie. Option Biotechnologies végétales : Université Paul Sabatier
Résumé : L'inter-fertilité entre l'espèce E. Oleifera et l'espèce E. Guineensis (ou palmier à huile) a incité les sélectionneurs à utiliser l'espèce E. Oleifera dans les programmes d'hybridation interspécifique en vue d'introgresser par back-cross successifs certains caractères agronomiques d'Elaeis oleifera chez Elaeis guineensis. En effet, l'espèce E. Oleifera présente plusieurs caractères d'intérêt agronomique: faible croissance en hauteur, non abscission des fruits, fluidité de l'huile et surtout résistance génétique à la pourriture du coeur, maladie endémique d'Amérique latine et létale pour tout palmier à huile introduit en zone affectée. L'objectif de ce stage est d'avoir une meilleure connaissance globale de la diversité (analyses factorielles, phylogénétiques et du déséquilibre de liaison) de l'espèce E. Oleifera, pour aider les programmes d'introgression génétique. Les Analyses Factorielles des Correspondances (AFC) ont été réalisées respectivement sur 17 individus du genre Elaeis pour 15 locus microsatellites et 147 individus de l'espèce Oleifera pour 13 marqueurs microsatellites. Elles mettent en évidence une séparation nette entre les espèces E. Guineensis et E. Oleifera. Cette dernière présente elle-même une structure en 4 groupes bien différenciés en relation avec l'origine géographique des individus: Brésil, Amérique centrale, Guyane-Surinam, Equateur. Les analyses phylogénétiques ont été réalisées à l'aide de données microsatellites et de séquences chloroplastiques des espaceurs intergéniques (trnD-trnT et trnQ-rps 16) sur un échantillon commun de 21 individus du genre Elaeis. Ces travaux concordent avec les résultats des AFC car tous les groupes identifiés sont maintenus. Les analyses de Neighbor Joining et de parcimonie permettent de faire la distinction entre les deux espèces E. Oleifera et E. Guineensis. Pour l'espèce E. Oleifera, les analyses de Neighbor Joining mettent en évidence une relative proximité de la Guyane avec l'espèce Africaine, et un regroupement des populations du Brésil et d'Amérique centrale dans le même clade. La place de l'Equateur est plus problématique. L'analyse de parcimonie sur séquences chloroplastiques confirment la structuration en groupes génétiques, mais n'a pas révélé de relation de phylogénétique évidente entre ces groupes. Nous avons aussi évalué le Déséquilibre de Liaison (DL) entre 32 locus microsatellites répartis sur 16 groupes de liaison, pour la population E. Oleifera d'Equateur. Les tests statistiques ont été réalisés en utilisant les méthodes génotypique et haplotypique. Même si les résultats sont basés sur un nombre limité d'échantillons d'individus et de locus, ils mettent en évidence un DL intra-groupes de liaison important qui décroît avec la distance et se maintient jusqu'à plus de 10 cM, et un DL entre locus génétiquement indépendant comparativement moins fréquent. Dans un futur proche, il sera donc intéressant de recommencer l'analyse cladistique en utilisant de nouveaux gènes chloroplastiques (ndhF, matK), nucléaires (Adh), mitochondriaux (arpA) ou les séquence flanquantes des microsatellites. Les premiers résultats de DL incitent à continuer cette étude sur l'ensemble de l'espèce E. oleifera et pour un nombre plus large d'accessions, en choisissant un nombre plus important de locus liés et représentant mieux une gamme large de distance.
Auteurs et affiliations
- Camps Céline, CIRAD-CP-PALMIER (FRA)
Autres liens de la publication
Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/525915/)
[ Page générée et mise en cache le 2024-04-05 ]
