Creation and use of bacterial artificial chromosome (BAC), genomic resources for Theobroma cacao L.

Clément Didier, Lanaud Claire, Piffanelli Pietro. 2005. Creation and use of bacterial artificial chromosome (BAC), genomic resources for Theobroma cacao L.. In : 14th International Cocoa Research Conference. Proceedings : rumo a uma economia sustentavel do cacau - quais as estrategias para este fim ? = 14th International Cocoa Research Conference. Proccedings ; 14e Conférence internationale sur la recherche cacaoyère. Actes ; 14 Conferencia Internacional de Pesquisas em Cacau. Atas ; 14 Conferencia Internacional de Investigacion en Cacao. Actas : towards a sustainable cocoa economy - what strategies to this end ? ; vers une économie cacaoyère durable : quelles stratégies d'approche ? ; rumo a uma economia sustentavel do cacau - quais as estrategias para este fim ? ; hacia una economia sustentable del ca. CEPLAC, CRIG, MCB. Lagos : Cocoa Producers' Alliance, 1-11. ISBN 978-065-959-5 Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère. 14, Accra, Ghana, 13 Octobre 2003/18 Octobre 2003.

Titre portugais : Criaçao e utilizaçao de cromossomas artificiais bacterianos (BAC), recursos genomicos para o Theobroma cacao L. / Titre espagnol : Creacion y uso de cromosoma artificial bacteriano (BAC), recursos genomicos para Theobroma cacao L. / Titre français : Création et utilisation de ressources génomiques de chromosomes artificiels bactériens (BAC) pour Theobroma cacao L.

Résumé : Nous avons créé une bibliothèque BAC pour le génotype Scavina 6 (Sca6) en vue d'élaborer des ressources génomiques qui permettent d'étudier la structure et l'évolution du génome de Theobroma cacao L. Des nucléus ont été isolés à partir de feuilles à l'aide d'un protocole conçu pour éliminer toute contamination par la pectine et pour réduire les activités des oxidases de polyphénol présents dans les extraits cellulaires du cacao. La digestion de l'ADN a été effectuée avec l'enzyme de restriction Hind III. Un ADN génomique purifié de cacao a été ligaturé au vecteur de clonage pCC1BAC Hind III et, après la ligature, des transformations ont été effectuées avec Escherichia coli. La bibliothèque BAC contient 36864 clones, avec une taille moyenne d'insert de 120 kpb, ce qui représente l'équivalent de 10 génomes haploïdes. Le criblage de la bibliothèque BAC à l'aide de 14 sondes "copie unique" à ancre génétique a permis d'identifier une moyenne de 9 clones BAC par sonde, ce qui montre que les dix groupes de liaison sont tous représentés dans la bibliothèque BAC. Nous avons utilisé un ensemble d'analogues de gène de résistance (RGA) déjà cartographiés dans le cacao pour identifier les BAC contenant des RGA. C'est là le premier pas vers la caractérisation des locus quantitatifs de la résistance aux pathogènes du cacao comme Crinipellis perniciosa et Phytophtora spp. Cette bibliothèque est la première ressource BAC disponible pour les études génomiques structurales du cacao et une ressource précieuse pour la caractérisation matérielle des locus quantitatifs de la résistance aux maladies, ainsi que pour le clonage cartographique des gènes de la résistance aux principaux pathogènes du cacao comme Phytophtora spp (palmivora et magakarya) et Crinipellis perniciosa. En outre, cette bibliothèque sera très utile pour caractériser physiquement les locus quantitatifs d'autres caractères agronomiques, et elle est à la disposition des chercheurs s'intéressant au cacao.

Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes

Auteurs et affiliations

• Clément Didier, CIRAD-CP-CACAO (FRA) ORCID: 0000-0002-7602-6472
• Lanaud Claire, CIRAD-AMIS-BIOTROP (FRA) ORCID: 0000-0001-6411-7310
• Piffanelli Pietro, CIRAD-AMIS-BIOTROP (FRA)

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/533884/)

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