Analyse et prédiction des patrons de déséquilibre de liaison dans les collections de ressources génétiques de plantes pérennes ou annuelles, autogames ou allogames

Seguin Marc, Attard Agnès, Bataillon Thomas, Billot Claire, Cenci Alberto, Chantret Nathalie, Courtois Brigitte, David Jacques, Deu Monique, El Azhari Najoi, Glaszmann Jean-Christophe, Glemin Sylvain, Haudry Annabelle, Le Guen Vincent, Maynadier Marie, Pomies Virginie, Ronfort Joëlle, Tsitronne Anne, Weber Christelle. 2006. Analyse et prédiction des patrons de déséquilibre de liaison dans les collections de ressources génétiques de plantes pérennes ou annuelles, autogames ou allogames. In : Les ressources génétiques : des ressources partagées : 6ème Colloque national BRG, La Rochelle, 2-4 octobre 2006. BRG. Paris : BRG, 57-74. (Les Actes du BRG, 1768-2215, 6) Colloque national BRG Ressources génétiques. 6, La Rochelle, France, 2 Octobre 2006/4 Octobre 2006.

Titre anglais : Analysis of linkage disequilibrium patterns in perennial or annual, autogamous or allogamous plant species

Résumé : L'analyse de la liaison statistique entre allèles à 2 locus, ou déséquilibre de liaison (DL), a été abordée simultanément chez le riz, le sorgho, le blé, l'hévéa et Medicago truncatula en utilisant des échantillons tirés de collections de ressources génétiques. Des stratégies utilisant des BACs ont permis de développer des marqueurs dans des zones localisées. L'utilisation des séquences terminales des BACs ciblés a été efficace pour définir des marqueurs microsatellites. Par ailleurs, des amorces ont été développées pour séquencer directement des fragments géniques. Le haut niveau de polymorphisme des marqueurs microsatellites a pu nécessiter des adaptations pour le calcul du DL. La structure génétique observée sur les plantes cultivées génère un fort bruit de fond de DL, tandis que dans les collections d'espèces sauvages autogames, le DL reste faible même à courte distance, décroissant rapidement au delà de 20 kb. A l'intérieur des groupes définis pour les espèces cultivées, le DL est plus faible et décroît assez rapidement, parfois de manière différente selon les groupes, de 100 kb environ pour le riz à 500 kb pour le sorgho. Une bonne connaissance de la diversité de l'espèce apparaît donc nécessaire avant de réaliser des études d'associations qui paraissent dès lors réalisables en utilisant les accessions contenues dans les collections de ressources génétiques.

Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes

Auteurs et affiliations

• Seguin Marc, CIRAD-AMIS-UMR PIA (FRA)
• Attard Agnès
• Bataillon Thomas, CIRAD-CP-UMR DGPC (FRA)
• Billot Claire, CIRAD-AMIS-UMR PIA (FRA)
• Cenci Alberto, CIRAD-CP-UMR DGPC (FRA)
• Chantret Nathalie, CIRAD-CP-UMR DGPC (FRA)
• Courtois Brigitte, CIRAD-AMIS-UMR PIA (FRA) ORCID: 0000-0003-2118-7102
• David Jacques, CIRAD-CP-UMR DGPC (FRA)
• Deu Monique, CIRAD-AMIS-UMR PIA (FRA)
• El Azhari Najoi
• Glaszmann Jean-Christophe, CIRAD-AMIS-UMR PIA (FRA) ORCID: 0000-0001-9918-875X
• Glemin Sylvain, UM2 (FRA)
• Haudry Annabelle, CIRAD-CP-UMR DGPC (FRA)
• Le Guen Vincent, CIRAD-AMIS-UMR PIA (FRA)
• Maynadier Marie, CIRAD-CP-UMR DGPC (FRA)
• Pomies Virginie ORCID: 0000-0002-5481-5120
• Ronfort Joëlle, CIRAD-CP-UMR DGPC (FRA)
• Tsitronne Anne, CIRAD-CP-UMR DGPC (FRA)
• Weber Christelle, CIRAD-AMIS-UMR PIA (FRA)

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/534966/)

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