Gagnevin Lionel, Le Bleis Laurent, Pruvost Olivier, Siguier Patricia, Chandler Michael.
2006. Une nouvelle famille d'éléments insertionnels chez les Xanthomonas.
In : 7èmes Rencontres plantes-bactéries, 20-23 mars 2006, Aussois, France. Résumés. SFP
Résumé : Les éléments insertionnels (IS) sont de courtes séquences mobiles codant en général uniquement pour une transposase. Une vingtaine de familles d'IS ont été identifiée jusqu'à présent. Chez les bactéries les IS les plus fréquents sont présents en général à une dizaine de copies par génome avec exceptionnellement 40 copies. Le rôle des transferts horizontaux dans la dissémination des IS est considéré comme important et explique que des IS très homologues soient partagés par des espèces différentes. Un élément insertionnel (IS1595) identifié chez Xanthomonas sp. pv. mangiferaeindicae fait partie d'une nouvelle famille d'IS dont certaines caractéristiques de transposase sont apparentées à celles des familles IS4 chez Halobacterium et ISAs1 chez Aeromonas. Les IS de cette nouvelle famille sont cependant présents uniquement chez les Xanthomonas avec deux caractéristiques: d'une part la séquence nucléotidique des IS est très conservée avec parfois des séquences identiques à plus de 98% chez des espèces différentes; d'autre part ces IS ne sont pas présents chez tous les pathovars de Xanthomonas et il existe une grande disparité de distribution: par exemple X. campestris pv. campestris et X. axonopodis pv. vesicatoria n'en possèdent qu'une copie tandis que X. oryzae pv. oryzae (Xoo) et X. sp. pv. mangiferaeindicae (Xm) en possèdent environ 80. Ces particularités sont probablement liées à un transfert récent de I'IS dans les génomes de Xanthomonas. Chez la souche KACC10331 de Xoo la structure des différentes copies d'IS est particulièrement homogène avec, pour la plupart, une taille de 1058 pb, des répétitions inversées de 23 pb, un gène codant pour une transposase de 332 acides aminés. Les principales variations portent sur l'existence d'inversions directes de 8 pb qui ne concernent que la moitié des 82 IS et sur l'existence de délétions ou d'insertions à l'intérieur de l'IS. Il ne semble pas y avoir de site d'insertion préférentielle malgré une fréquence plus grande des insertions au milieu de la séquence GATC. Les 82 copies comptent pour 1,7% du génome total de la souche KACC10331 et pour près de la moitié des éléments insertionnels recensés. Les ORF de ces IS comptent pour 1,8 % de toutes les ORF du génome. Ces IS sont répartis de manière irrégulière dans le génome avec des régions où ils sont plus fréquents et des régions où ils sont rares. Chez Xm, aucune mobilité n'a pu être observée par piégeage plasmidique in vitro, suggérant que le génome est arrivé à saturation en IS et qu'il existe un contrôle de l'activité transposase, peut-être lié au nombre de copies. En revanche, I'IS est un marqueur de génotypage plus discriminant que I'AFLP pour des populations assez homogènes (à l'échelle de la parcelle par exemple), ce qui en fait un outil intéressant pour du typage épidémiologique. Ceci pourrait s'expliquer par une fréquence de transposition des IS plus importantes comparée aux autres événements générateurs de diversité pour l'ensemble du génome (révélés par AFLP). (Texte intégral)
Mots-clés Agrovoc : Xanthomonas, Bacteria
Classification Agris : H20 - Maladies des plantes
F30 - Génétique et amélioration des plantes
Auteurs et affiliations
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Gagnevin Lionel, CIRAD-AMIS-UMR PVBMT (REU)
ORCID: 0000-0002-2943-0827
- Le Bleis Laurent, CIRAD-AMIS-UMR PVBMT (REU)
- Pruvost Olivier, CIRAD-AMIS-UMR PVBMT (REU)
- Siguier Patricia
- Chandler Michael
Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/536243/)
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