Recherche de sources de résistance à la trachéomycose du caféier Coffea canephora Pierre, due à Fusarium xylarioides Steyaert en Ouganda

Musoli Chungason Pascal. 2007. Recherche de sources de résistance à la trachéomycose du caféier Coffea canephora Pierre, due à Fusarium xylarioides Steyaert en Ouganda. Montpellier : ENSAM, 120 p. Thèse de doctorat : Ressources phytogénétiques et interactions biologiques : Ecole nationale supérieure agronomique de Montpellier

Résumé : La trachéomycose du caféier, due à Fusarium xylarioides, représente une menace pour la production de café en Afrique. Cette maladie vasculaire signalée pour la première fois en 1927 en République Centre Africaine sur Coffea liberica var. deweivri provoque la mort de l'arbre dans un laps de temps de 1 à 24 mois après l'apparition des premièrs symptômes. Progressivement la maladie est apparue sur C. canephora en Côte d'Ivoire (1947), République du Congo (1949), Guinée (1958). En 1957, elle était signalée sur C. arabica en Ethiopie. La mise en oeuvre à grande échelle de campagnes d'arrachage et la diffusion de variétés résistantes de C. canephora Pierre a permis d'éradiquer la maladie en Afrique Centrale et en Afrique de l'ouest vers la fin des années 50. Cependant au début des années 80, la maladie a ré-émergé en RDC et s'est étendue progressivement à l'Ouganda en 1993, puis à la Tanzanie (2000). En Ouganda la maladie affectait 90% des plantations avec un pourcentage moyen de plants morts de l'ordre de 44%. Aucun traitement phytosanitaire ne permet de contrôler la maladie, aucune variété commerciale résistante n'est disponible et il est déconseillé de replanter dans un sol infecté pendant plusieurs années. 1- L'évolution spatiale de la maladie indique un début d'épidémie en foyers qui augmentent en taille et fusionnent pour former un ensemble continu de caféiers malades, ponctué de groupes de caféiers résistants. A partir d'arbres malades, la dispersion peut se faire dans toutes les directions dans la parcelle et infecter les arbres voisins jusqu'à une distance d'environ 10 m. 2- L'analyse de la diversité génétique de C. canephora en Ouganda, (populations sauvages et cultivées localement) a permis de séparer trois groupes. Les populations de caféiers sauvages d'Ouganda constituent un nouveau groupe génétique. La diversité génétique de ces populations sauvages met en évidence une source nouvelle de gènes susceptibles d'être exploités dans les futurs programmes d'amélioration des variétés commerciales existantes, surtout si elles recèlent des gènes de résistance à la trachéomycose. 3- Les observations sur la résistance au champ ont mis en évidence différents niveaux de sensibilité avec des périodes de latence très variables (1 à 24 mois), ce qui suggère la mise en place de différents mécanismes de défense quantitatif et des interactions avec les conditions environnementales, et d'identifier deux génotypes de caféiers C. canephora (J1/1 et Q3/4) totalement résistants à la trachéomycose. Par ailleurs il semblerait que les isolats de F. xylarioides présentent une certaine spécificité d'hôte. 4 - L'héritabilité de la résistance à la trachéomycose a été calculée à 50-60% de mortalité, (i) sur les descendances pleins frères dans un demi diallèle au champ, en présence d'un inoculum naturel d'une part, (ii) sur des boutures et des descendances issues de fécondations libres, inoculées artificiellement en conditions contrôlées. Une héritabilité au sens large de 0,3 est observée dans les différents essais analysés. Les aptitudes générales à la combinaison (AGC) sont les plus significatives pour la tolérance à la maladie. Il sera donc possible d'intégrer les deux génotypes résistants, J1/1 et Q3/4 avec les origines spontanées de Kibale et Itwara dans des programmes d'amélioration pour la création de variétés tolérantes. La culture de ces variétés devra être associée à des techniques culturales adaptées pour réduire la dissémination du champignon.

Mots-clés Agrovoc : Coffea canephora, Fusarium, variation génétique, résistance aux maladies, héritabilité, hôte, Méthode d'optimisation, épidémiologie, Coffea liberica, Coffea arabica

Mots-clés géographiques Agrovoc : Afrique

Mots-clés complémentaires : Fusarium xylarioides

Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes
H20 - Maladies des plantes

Champ stratégique Cirad : Axe 1 (2005-2013) - Intensification écologique

Auteurs et affiliations

• Musoli Chungason Pascal, ENSAM [Ecole nationale supérieure agronomique de Montpellier] (FRA)

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/538793/)

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