Diversity in coffee assessed with SSR markers: Structure of the genus Coffea and perspectives for breeding

Cubry Philippe, Musoli Chungason Pascal, Legnaté Hyacinthe, Pot David, De Bellis Fabien, Poncet Valérie, Anthony François, Dufour Magali, Leroy Thierry. 2008. Diversity in coffee assessed with SSR markers: Structure of the genus Coffea and perspectives for breeding. Genome (Ottawa), 51 (1) : 50-63.

Liste HCERES des revues (en SHS) : oui

Thème(s) HCERES des revues (en SHS) : Psychologie-éthologie-ergonomie

Résumé : La présente étude montre la transférabilité de marqueurs microsatellites développés sur les deux espèces de caféiers cultivées (Coffea arabica L. et C. canephora Pierre ex Froehn.) à 15 espèces représentant les principaux groupes précédemment identifiés du genre Coffea. L'évaluation de la diversité et des ressources génétiques disponibles au sein du genre Coffea et le développement de marqueurs moléculaires transférables d'une espèce à l'autre sont des étapes importantes pour l'amélioration de ces deux espèces. Nous avons travaillé sur 15 espèces avec 60 marqueurs microsatellites développés suivant différentes méthodologies (banques enrichies en microsatellites, banques BAC, séquences de gènes). Nous avons plus particulièrement analysé quatre espèces d'intérêt en commerce ou en amélioration. Nos résultats établissent que les microsatellites sont hautement transférables dans le genre Coffea. Nous mettons en évidence l'important réservoir de diversité pour l'amélioration que constituent les espèces sauvages de ce genre. Enfin nous discutons des implications pour de futures études de cartographie comparée et l'amélioration des deux espèces cultivées.

Résumé (autre langue) : The present study shows transferability of microsatellite markers developed in the two cultivated coffee species (Coffea arabica L. and C. canephora Pierre ex Froehn.) to 15 species representing the previously identified main groups of the genus Coffea. Evaluation of the genetic diversity and available resources within Coffea and development of molecular markers transferable across species are important steps for breeding of the two cultivated species. We worked on 15 species with 60 microsatellite markers developed using different strategies (SSR-enriched libraries, BAC libraries, gene sequences). We focused our analysis on 4 species used for commercial or breeding purposes. Our results establish the high transferability of microsatellite markers within Coffea. We show the large amount of diversity available within wild species for breeding applications. Finally we discuss the consequences for future comparative mapping studies and breeding of the two cultivated species.

Mots-clés Agrovoc : Coffea, Coffea arabica, Coffea canephora, marqueur génétique, microsatellite, plante sauvage, carte génétique, ressource génétique végétale, amélioration des plantes

Mots-clés complémentaires : SSR

Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes

Champ stratégique Cirad : Axe 1 (2005-2013) - Intensification écologique

Auteurs et affiliations

• Cubry Philippe, CIRAD-BIOS-UMR DAP (FRA)
• Musoli Chungason Pascal, ENSAM [Ecole nationale supérieure agronomique de Montpellier] (FRA)
• Legnaté Hyacinthe, CNRA (CIV)
• Pot David, CIRAD-BIOS-UMR DAP (BRA) ORCID: 0000-0001-6144-8448
• De Bellis Fabien, CIRAD-BIOS-UMR DAP (FRA) ORCID: 0000-0001-7070-7691
• Poncet Valérie, IRD (FRA)
• Anthony François, IRD (FRA)
• Dufour Magali, CIRAD-BIOS-US Formation en élevage (FRA)
• Leroy Thierry, CIRAD-BIOS-UMR DAP (FRA)

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/542405/)

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