Klein Nicolas. 2007. Evaluation des marqueurs minisatellites pour l'étude d'épidémiologie moléculaire d'une population de bactéries phytopathogènes : Exemple de l'agent du chancre bactérien des agrumes au Vietnam Xanthomonas citri subsp. citri. Angers : INH, 52 p. Mémoire d'ingénieur : Horticulture. Santé du végétal et environnement : Institut national d'horticulture
Résumé : Le chancre bactérien des agrumes causé par Xanthomonas citri subsp (Xcc) est largement répandu dans les pays agrumicoles tropicaux avec une incidence économique notable. Les études d'épidémiologie spatio-temporelles ont toujours considéré l'inoculum homogène mais la variation et la partition génétique des individus dans l'espace et les mécanismes y contribuant ne sont pas connus. En vue d'améliorer le contrôle de cette maladie, nous avons étudié la structure d'une population de Xcc au Vietnam, pays dans lequel la maladie est indigène. Quatorze loci minisatellites, sélectionnés à partir de la séquence complète de Xcc, ont permis le typage d'une collection de 568 souches collectées au Vietnam. La technique VNTR a montré une totale typabilité, une très bonne reproductibilité et un fort pouvoir discriminant plus important que les techniques AFLP et IS-LM-PCR. Les 14 loci minisatellites ont donné des diversités alléliques variables (0,42<H<0.89). La population de Xanthomonas citri subsp. citri collectée au Vietnam à monté une diversité conséquente dans laquelle on a pu discerner des sous-populations indiquant une structuration des individus selon leur propre origine géographique. La technique permet de distinguer aisément les souches provenant du nord celles du sud ; mais la structuration s'observe aussi à différentes échelles : pays, provinces, vergers. La diversité génétique H dans chaque province a varié de 0.56 à 0.74. L'analyse des Fst a révélé une differenciation entre les sous populations des provinces du nord et celle du sud, mais aussi entre certaines provinces du nord. Cela indique un déséquilibre entre les processus de migration et de dérive génétique entre les provinces. Un déséquilibre de liaison a été observé entre chaque paire de loci minisatellites indiquant une forte structure clonale de la population de Xcc au Vietnam. Cette étude a montré le fort intérêt des marqueurs VNTRs dans l'analyse de la diversité et de la structure d'une population de Xcc au niveau local. Par ailleurs, le rôle du transport de matériel végétal infecté dans l'épidémiologie a clairement été mis en évidence.
Mots-clés Agrovoc : Xanthomonas campestris citri
Mots-clés géographiques Agrovoc : Viet Nam
Classification Agris : H20 - Maladies des plantes
Auteurs et affiliations
- Klein Nicolas, INH [Angers] (FRA)
Autres liens de la publication
Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/548285/)
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