Phylogénie et phylogéographie des bégomovirus associés à la maladie de la mosaïque du manioc à Madagascar

Harimalala Mireille Aurélie, Villemot Julie, Hoareau Murielle, Zinga Innocent, Ranomenjanahary Sahondramalala, Reynaud Bernard, Lefeuvre Pierre, Lett Jean-Michel. 2011. Phylogénie et phylogéographie des bégomovirus associés à la maladie de la mosaïque du manioc à Madagascar. In : 13èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2011), Aussois, France, 16-20 janvier 2011. SFP. s.l. : s.n., 1 p. Rencontres de virologie végétale. 13, Aussois, France, 16 Janvier 2011/20 Janvier 2011.

Résumé : Les bégomovirus (Geminiviridae) transmis par l'aleurode Bemisia tabaci sont responsables de nombreuses maladies virales d'importance économique, notamment en ce qui concerne la culture du manioc, essentielle en Afrique. A Madagascar, la maladie de la mosaïque du manioc (CMD) est une préoccupation agronomique majeure, le manioc constituant une denrée de réserve et une base alimentaire pour la population paysanne. Face à l'incidence élevée de la maladie et à la sévérité des symptômes observés sur le terrain, nous avons entrepris une caractérisation moléculaire des bégomovirus bipartites (CMGs) impliqués dans la CMD. Depuis 2006, nous avons récolté plus de 300 échantillons foliaires de manioc symptomatique à travers le pays. Pour l'ensemble des échantillons, des amorces PCR universelles ont d'une part démontré la présence de bégomovirus ; d'autre part, le design et l'utilisation d'amorces PCR spécifiques ont permis d'identifier la présence inédite de quatre espèces de CMGs à Madagascar, à savoir l'African cassava mosaic virus (ACMV), l'East African cassava mosaic virus (EACMV), l'East African cassava mosaic Kenya virus (EACMKV) et le South African cassava mosaic virus (SACMV). Par ailleurs, 35% des échantillons se sont révélés être co-infectés par deux (26%), trois (8%), voire quatre (1%) espèces de CMGs, ceci se traduisant à l'échelle du pays par un large chevauchement des aires de répartition des espèces de CMGs. Afin de caractériser les relations phylogénétiques entre les CMGs malgaches et leurs liens de parenté avec les isolats africains, nous avons entrepris de cloner et séquencer à large échelle leurs ADN-A et ADN-B. Les premières séquences de génomes complets (102 ADN-A et 12 ADN-B) confirment la présence des trois principaux génotypes de CMGs connus (ACMV, EACMV et SACMV) à Madagascar, ainsi que d'une nouvelle espèce virale nommée provisoirement South East African cassava mosaic virus (SEACMV). En conclusion, le territoire malgache semble héberger des CMGs d'une diversité exceptionnelle, souvent présents en co-infections, répartis sur des aires chevauchantes, sans toutefois présenter de structuration géographique. Ces résultats suggèrent des conditions très favorables d'évolution des CMGs par recombinaison avec comme conséquence la possibilité d'émergence de variants sévères. Par delà la mise en évidence d'une diversité en CMGs inédite dans une seule et même région, nos résultats soulèvent de nombreuses interrogations sur (1) les risques épidémiologiques encourus par le manioc à Madagascar et (2) l'origine des symptômes sévères observés en plein champ. (Texte intégral)

Mots-clés Agrovoc : virus mosaïque manioc, Geminiviridae, Manihot esculenta, begomovirus

Mots-clés géographiques Agrovoc : Madagascar

Mots-clés complémentaires : Mosaïque du manioc

Classification Agris : H20 - Maladies des plantes

Auteurs et affiliations

• Harimalala Mireille Aurélie, CIRAD-BIOS-UMR PVBMT (REU)
• Villemot Julie, CIRAD-BIOS-UMR PVBMT (REU)
• Hoareau Murielle, CIRAD-BIOS-UMR PVBMT (REU)
• Zinga Innocent
• Ranomenjanahary Sahondramalala, Université d'Antananarivo (MDG)
• Reynaud Bernard, CIRAD-BIOS-UMR PVBMT (REU)
• Lefeuvre Pierre, CIRAD-BIOS-UMR PVBMT (REU)
• Lett Jean-Michel, CIRAD-BIOS-UMR PVBMT (REU)

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/558471/)

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