Découverte et analyse de séquences de type Geminiviridae intégrées au génome des Dioscoreaceae : une aide pour la phylogénie ?

Filloux Denis. 2011. Découverte et analyse de séquences de type Geminiviridae intégrées au génome des Dioscoreaceae : une aide pour la phylogénie ?. In : Workshop 2011 du Réseau Evolution Virale (REV), 6-7 octobre 2011, Montpellier, France. Rémy Froissart, Samuel Alain. s.l. : s.n., Résumé, 12. Workshop 2011 du Réseau Evolution Virale (REV), Montpellier, France, 6 Octobre 2011/7 Octobre 2011.

Résumé : Des séquences virales de type Geminiviridae intégrées au génome de quatre espèces d'ignames asiatiques (Dioscorea spp. section Enantiophyllum) ont récemment été découvertes par deux méthodes indépendantes : recherche sans a priori de virus par approche métagénomique, et recherche in silico dans les banques de séquences EST. La caractérisation de ces séquences par Long-PCR et Inverse-PCR, a permis de mettre en évidence des génomes viraux incomplets présentant une forte homologie avec des begomovirus. Des gènes codant pour des protéines de réplication (Rep) et des activateurs de réplication (REn), ainsi que des régions intergéniques (IR) ont été identifiés, mais aucun gène de CP n'a été trouvé. Un fragment de 3086 pb comprenant notamment 2 Rep partielles a été obtenu suggérant la disposition en concaténaire de copies de génomes viraux. Des analyses FISH sur plaques métaphasiques ont confirmé l'intégration de séquences virales chez deux espèces (D. alata et D. nummularia) et révélé un unique locus d'intégration. La recherche de telles séquences chez d'autres espèces d'ignames est envisagée pour clarifier la phylogénie des Enantiophyllum et retracer l'histoire évolutive des begomovirus. (Texte intégral)

Classification Agris : H20 - Maladies des plantes
F30 - Génétique et amélioration des plantes

Auteurs et affiliations

• Filloux Denis, CIRAD-BIOS-UMR BGPI (FRA)

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/563672/)

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