Les dionyvirus endogènes, composants majeurs du génome des plantes et fossiles de pararetrovirus à l'organisation génétique atypique

Geering A., Choisne Nathalie, Sclabrin S., Zytnicki Matthias, Quesneville Hadi, Teycheney Pierre-Yves. 2012. Les dionyvirus endogènes, composants majeurs du génome des plantes et fossiles de pararetrovirus à l'organisation génétique atypique. In : 8e colloque de la Société Française de Phytopathologie, 5 au 8 juin 2012,Paris, France : Livre des résumés. Attard Agnès (ed.), Barny Marie-Anne (ed.), Brisset Marie-Noelle (ed.), Cilas Christian (ed.), Dellagi Alia (ed.), Desprez-Loustau Marie-Laure (ed.), Expert Dominique (ed.), Fabre Frédéric (ed.), Fagard Mathilde (ed.), Fudal Isabelle (ed.), Genin Stéphane. SFP, INRA, CNRS. Paris : SFP, Résumé, 46. Congrès de la Société française de phytopathologie. 8, Paris, France, 5 Juin 2012/8 Juin 2012.

Note générale : existe également en p. 128

Résumé : Des analyses in silico nous ont permis d'identifier la présence de séquences endogènes d'espèces virales Caulimoviridae dans le génome de plantes mono- et dicotylédones tempérées et tropicales appartenant à 11 familles botaniques. Le génome complet de 11 espèces virales distinctes a été reconstitué à partir des séquences virales endogènes identifiées. L'analyse phylogénique de ces génomes montre qu'ils appartiennent à un nouveau genre monophylétique de la famille Caulimoviridae pour lequel nous proposons le nom de dionyvirus. L'organisation génétique des dionyvirus diffère de celles des autres membres connus de la famille Caulimoviridae. Nos données démontrent par ailleurs que certains dionyvirus ancestraux possédaient un génome bipartite, et qu'ils pourraient avoir joué un rôle dans l'evolution de virus primitifs vers les virus retrotranscrits actuels, qui ont des génomes monopartites. La cartographie des séquences endogènes dionyvirus a été réalisée à l'echelle des génomes complets du clémentinier, du pêcher, du peuplier, de la pomme de terre, du riz, de la tomate, du sorgho et de la vigne. L'´etude de la distribution de ces séquences montre qu'elles ont envahi le génome de nombreuses plantes, et que certaine d'entre elles constituent une partie importante du génome de ces plantes, parfois équivalente en proportion à celle de certains éléments transposables. L'identification de petits ARN interférents (siRNA) spécifiques de dionyvirus endogènes et leur cartographie sur les génomes viraux démontre pour sa part l'existence de mécanismes de régulation de l'expression de ces séquences virales endogènes et/ou leur possible rôle bénéfique dans des mécanismes de défense antivirale.

Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes
H20 - Maladies des plantes

Auteurs et affiliations

• Geering A., QAAFI (AUS)
• Choisne Nathalie, INRA (FRA)
• Sclabrin S., Università Di Udine (ITA)
• Zytnicki Matthias, INRA (FRA)
• Quesneville Hadi, INRA (FRA)
• Teycheney Pierre-Yves, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (GLP) ORCID: 0000-0002-9754-0745

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/565383/)

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