Diversité génétique intra et interspécifique des porte-greffes d'agrumes utilisés en Tunisie

Snoussi Trifa Hager. 2013. Diversité génétique intra et interspécifique des porte-greffes d'agrumes utilisés en Tunisie. Tunis : INAT, 311 p. Thèse de doctorat : Sciences agronomiques. Sciences de la production végétale : Institut national agronomique de Tunisie

Encadrement : Hamza, Sonia

Résumé : La durabilité du secteur agrumicole en Tunisie dépend en grande partie de la diversification de la production ainsi que l'utilisation de porte-greffes cumulant des tolérances aux stress biotiques et abiotiques, tout en conférant à la variété une bonne qualité des fruits et une bonne productivité. En l'absence de porte-greffe répondant à l'ensemble de ces critères, la sélection de nouveaux porte-greffes est un enjeu majeur. En Tunisie sont utilisés, en plus du bigaradier, d'autres porte-greffes comme les citrons et les limes bien adaptés aux conditions pédoclimatiques difficiles rencontrées dans le Sud de la Tunisie. La connaissance et la gestion de telles ressources génétiques est donc importante pour les programmes de sélection et d'amélioration génétique. A cette fin, la diversité génétique de 201 accessions appartenant à 4 espèces apomictiques facultatives (C. aurantium, C. sinensis, C. limon et C. aurantifolia) correspondant à quatre grand groupes variétaux (bigaradiers, orangers, citronniers et limettier, respectivement), a été étudiée. Pour compléter cette étude, un jeu de 23 accessions de référence, représentatives de la diversité globale des espèces rencontrées en Tunisie, a été inclus. Vingt marqueurs SSRs nucléaires et 4 InDel mitochondriaux ont permis d'estimer la diversité génétique intra et interspécifique des porte-greffes d'agrumes tunisiens. Les paramètres génétiques et l'analyse des dissimilarités ont indiqué une forte structuration génétique du germoplasme Tunisien, totalement liée à la différentiation entre groupes variétaux. Les niveaux d'hétérozygotie sont par ailleurs très élevés au sein de chaque espèce. Seize génotypes multilocus (MLGs) distincts ont été identifiés, dont 10 représentatifs des bigaradiers. Toutefois, la majorité des bigaradiers correspondent à 2 MLGs, différenciés par un seul allèle. L'analyse moléculaire (SSRs, SNPs et InDels) des MLGs Tunisiens comparativement aux variétés de référence a permis d'identifier trois processus à l'origine de la diversification intraspécifique : (1) les introductions multiples à partir de matériel diversifié, (2) les mutations du matériel local et (3) la recombinaison sexuée. La contribution de chacun de ces processus varie en fonction de l'espèce considérée. Pour les orangers et les citronniers qui présentent un niveau d'hétérozygotie très élevé et pas ou très peu de diversité moléculaire intraspécifique, la recombinaison sexuée n'est pas intervenue et la faible diversification existante peut être attribuée à la sélection de mutations d'intérêt. Chez les bigaradiers la recombinaison sexuée serait à l'origine de sept accessions. Pour les limes, l'identification de deux MLGs Tunisiens identiques à des références d'autres pays suggère au moins deux introductions. La lime 'Chiiri', pourrait résulter d'une hybridation sexuée interspécifique, entre une lime de type 'Mexicain' et un cédrat, survenue en Tunisie. Ainsi, bien que rares chez les espèces d'agrumes apomictiques, certains individus issus d'autofécondation ou de croisements interspécifiques ont été sélectionnés par les agriculteurs, contribuant au même titre que les mutations, à la constitution d'un germoplasme original. L'étude de la diversité allélique des six gènes candidats a impliqué la recherche des polymorphismes SNPs chez 54 accessions d'agrumes (y compris les MLGs tunisiens) représentatifs du genre Citrus et incluant les taxons ancestraux (C. maxima, C. medica, C. reticulata et C. micrantha) et les cinq espèces secondaires qui en découlent (C. aurantium, Citrus sinensis, Citrus limon, Citrus paradisi, Citrus aurantifolia). Le séquençage Sanger de plus de 4 Kb issus de 6 fragments de gènes nucléaires a révélé 121 SNPs. Quatre vingt dix neuf de ces loci sont présents chez les taxons de base. L'analyse des degrés moyens de polymorphisme inter-accessions au sein et entre les taxons de base a révélé des niveaux de différentiation importants entre les taxons ancestraux comparativement à la diversité

Mots-clés géographiques Agrovoc : Tunisie

Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes

Champ stratégique Cirad : Axe 1 (2005-2013) - Intensification écologique

Auteurs et affiliations

• Snoussi Trifa Hager, INAT (TUN)

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/569226/)

Métriques

[ Page générée et mise en cache le 2021-11-10 ]