Intérêt de l'inférence bayésienne dans la compréhension de l'histoire démographique de Xanthomonas citri pv. Citri, bactérie responsable du Chancre Asiatique des agrumes, émergente en Ethiopie : Session 5- Dynamique, épidémiologie et génétique des populations bactériennes

Leduc Alice, Ravigné Virginie, Vernière Christian, Boyer Claudine, Vital Karine, Guérin Fabien, Derso Eshetu, Pruvost Olivier. 2014. Intérêt de l'inférence bayésienne dans la compréhension de l'histoire démographique de Xanthomonas citri pv. Citri, bactérie responsable du Chancre Asiatique des agrumes, émergente en Ethiopie : Session 5- Dynamique, épidémiologie et génétique des populations bactériennes. In : 11èmes Rencontres Plantes-Bactéries, Aussois, France, 3-7 février 2014. SFP ; INRA ; CNRS ; IRD ; CIRAD. Paris : SFP, Résumé, 60. Rencontres plantes-bactéries. 11, Aussois, France, 3 Février 2014/7 Février 2014.

Résumé : Le genre des Citrus est sujet à un grand nombre de maladies économiquement impactantes. C'est le cas du Chancre Asiatique des Agrumes, causé par la bactérie Xathomonas citri pv. citri (Xcc). Organisme de quarantaine dans le bassin méditerranéen, ce pathogène est émergent dans plusieurs pays d'Afrique, dont l'Ethiopie en 2006 (1). Très peu d'informations fiables sont disponibles pour reconstruire l'histoire de l'émergence de la maladie dans ce pays. A cette fin , nous avons entrepris des analyses de génétique des populations sur 8 vergers échantillonnés dans un même paysage agrumicole, à l'aide de 14 marqueurs microsatellites. Des analyses descriptives classiques confirment le statut épidémique de la population Ethiopienne et suggèrent que les plantations auraient été infectées à partie d'une même source non échantillonnée. Ce scénario semble être par ailleurs plausible compte tenu de l'organisation locale des plantations qui partagent une même pépinière. Dans un second temps, nous avons voulu mieux comprendre le fonctionnement de cette épidémie en inférant les valeurs de paramètres démographiques et évolutifs c lés (tailles efficaces des populations, temps de divergence entre populations. sévérité d'éventuels goulets d'étranglement associés à la fondation des populations, paramètres mutationnels ...). Les méthodes d'inférence existantes ne pouvant s'appliquer au cas de populations clonales typées par des microsatellites, nous introduisons ici une méthode récente d'estimation de paramètres selon un scénario complexe; le calcul bayésien approché (ABC,2). Cette approche nous permettra une meilleure compréhension de l'émergence. et nous donnera ainsi des informations sur (i) la biologie de Xcc (nombre d'individus nécessaire pour créer une invasion, temps de génération,...) et ( ii) pour la reconstruction des routes d'invasions afin d'obtenir des informations épidémiologique nécessaires à la gestion de la maladie (éviter de nouvelles introductions, limiter la dissémination).

Classification Agris : H20 - Maladies des plantes

Auteurs et affiliations

• Leduc Alice, CIRAD-BIOS-UMR PVBMT (REU)
• Ravigné Virginie, CIRAD-BIOS-UMR BGPI (REU) ORCID: 0000-0002-4252-2574
• Vernière Christian, CIRAD-BIOS-UMR PVBMT (REU) ORCID: 0000-0002-2312-2073
• Boyer Claudine, CIRAD-BIOS-UMR PVBMT (REU) ORCID: 0009-0009-3084-5593
• Vital Karine, CIRAD-BIOS-UMR PVBMT (REU)
• Guérin Fabien, Université de la Réunion (REU)
• Derso Eshetu, EIAR (ETH)
• Pruvost Olivier, CIRAD-BIOS-UMR PVBMT (REU)

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/572836/)

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