Generalization of the partitioning of shannon diversity

Marcon Eric, Scotti Ivan, Hérault Bruno, Rossi Vivien, Lang Gabriel. 2014. Generalization of the partitioning of shannon diversity. PloS One, 9 (2):e90289, 8 p.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0090289

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Quartile : Q1, Sujet : MULTIDISCIPLINARY SCIENCES

Liste HCERES des revues (en SHS) : oui

Thème(s) HCERES des revues (en SHS) : Psychologie-éthologie-ergonomie; Staps

Résumé : Traditional measures of diversity, namely the number of species as well as Simpson's and Shannon's indices, are particular cases of Tsallis entropy. Entropy decomposition, i.e. decomposing gamma entropy into alpha and beta components, has been previously derived in the literature. We propose a generalization of the additive decomposition of Shannon entropy applied to Tsallis entropy. We obtain a self-contained definition of beta entropy as the information gain brought by the knowledge of each community composition. We propose a correction of the estimation bias allowing to estimate alpha, beta and gamma entropy from the data and eventually convert them into true diversity. We advocate additive decomposition in complement of multiplicative partitioning to allow robust estimation of biodiversity.

Mots-clés Agrovoc : biodiversité, mesure (activité), modèle mathématique, espèce, forêt tropicale humide, étude de cas

Mots-clés géographiques Agrovoc : Guyane française, France

Classification Agris : P01 - Conservation de la nature et ressources foncières
F40 - Écologie végétale
U10 - Informatique, mathématiques et statistiques

Champ stratégique Cirad : Axe 6 (2014-2018) - Sociétés, natures et territoires

Auteurs et affiliations