Cartographie de gènes candidats pour la qualité du bois chez l'eucalyptus

Deweer Sylvie. 2004. Cartographie de gènes candidats pour la qualité du bois chez l'eucalyptus. Toulouse : Université de Toulouse III, 54 p. Mémoire DESS : Biotechnologies végétales : Université Toulouse 3 - Paul Sabatier

Encadrement : Chaix, Gilles

Résumé : Dans le cadre de l'amélioration génétique des eucalyptus au Congo, le C1RAD Forêt a engagé des recherches visant à utiliser des marqueurs moléculaires en sélection. Des travaux de cartographie et de détection de QTL (Quantitative trait loci) pour la qualité du bois ont été entrepris sur un croisement interspécifique E. urophylla x E. grandis constitué par une famille de plein frères de 201 individus. Des cartes génétiques ont été construites à partir de marqueurs dominants (RAPD) et de marqueurs codominants (SSR et gènes candidats) pour ce croisement. Récemment, un projet mené en collaboration avec le CNRS de Toulouse et des laboratoires privés espagnol (ENCE) et portugais (RAIZ) a permis la création d'une banque d'EST d'E. gunnii basée sur leur expression différentielle entre deux tissus (xylème contre feuille) et dans différentes conditions de xylème en différentiation. L'objectif de cette collaboration est de localiser ces EST sur différentes cartes génétiques et de les colocaliser avec des QTL de qualité du bois. Après l'optimisation des conditions d'amplification, le polymorphisme d'un jeu de 33 nouvelles EST et deux gènes candidats a été révélé sur la descendance au moyen de plusieurs techniques : SSCP, CAPS et le séquençage de produits PCR. Au total, 19 séquences polymorphes ont été cartographiées grâce à la SSCP, une EST a révélé du polymorphisme en CAPS et 5 autres présentent des SNP sur leur séquence. Ce travail a permis de positionner sur les cartes génétiques d'E. grandis et d'E. urophylla de nouveaux marqueurs codominants dans l'objectif de déterminer des gènes candidats colocalisant avec des QTL et d'aborder les aspects de synténie au sein du genre Eucalyptus.

Résumé (autre langue) : Within the framework of the genetic improvement of the eucalypti in Congo, CIRAD Forêt engaged research aiming at using molecular markers in selection. Genetic mapping and quantitative trait loci (QTL) analyses for wood quality were undertaken on a FI interspecific progeny from E. urophylla x E. grandis. Genetic linkage maps have been constructed using dominant markers (RAPD) and codominant markers (SSR and candidate genes) for this crossing. Recently, a project carried out in collaboration with the CNRS of Toulouse and the private Spanish (ENCE) and Portuguese (RAIZ) laboratories, allowed the creation of an E.gunnii EST bank based on the isolation of xylem preferentially expressed genes (secondary xylem / leaves) and under various conditions of xylem in differentiation. The aim of this collaboration is to locate these EST on different genetic maps and to colocalise them with QTL for wood quality. After the optimization of the amplification conditions, the polymorphism of a set of 33 new EST and two candidate genes were revealed on the progeny by several techniques: SSCP, CAPS and sequencing of PCR products. A number of 19 polymorphic sequences were mapped thanks to the SSCP, one EST has shown polymorphism with the CAPS method and 5 others have SNP on their sequence. This work allowed the positioning of new co-dominant markers on the genetic maps of E. grandis and E. urophyllain order to determine candidate genes, as wood quality QTLs are localized on these DNA markers loci. These linkage maps provide a basis for investigating genome organisation and identifying synteny among the Eucalyptus genus.

Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes
K10 - Production forestière
F50 - Anatomie et morphologie des plantes
K50 - Technologie des produits forestiers

Auteurs et affiliations

• Deweer Sylvie, Université Toulouse III Paul Sabatier (FRA)

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/577633/)

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