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ECOFI : une nouvelle base de données générique pour faciliter la modélisation et l'analyse des jeux de données issues des expérimentations en agro-écologie

Auzoux Sandrine, Martiné Jean-François, Loison Romain, Poser Christophe, Marnotte Pascal, Goebel François-Régis, Dusserre Julie, Rouan Lauriane, Adam Myriam, Pot David. 2016. ECOFI : une nouvelle base de données générique pour faciliter la modélisation et l'analyse des jeux de données issues des expérimentations en agro-écologie. Montpellier : CIRAD, 2 p. N° de certification : IDDN.FR.001.090030.000.R.P.2016.000.10300

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Matériel d'accompagnement : 1 certificat Inter Deposit Digital Number

Abstract : Les études réalisées dans le domaine de l'agroécologie générent de nombreux jeux de données qui peuvent être multi-échelles, multi-disciplinaires et multi-espèces. ECOFI est une base de données optimisée et performante qui permet d'améliorer l'analyse de ces systèmes complexes. Son modèle a été construit à partir des résultats de l'analyse de la structure et des variables de nombreux jeux de données expérimentaux. La spécificité du modèle d'ECOFI est sa généricité qui permet : - de stocker n'importe quel dispositif expérimental avec autant de subdivisions des unités d'observations que souhaitées par l'utilisateur et d'autre part, - de gérer la généalogie (traçabilité) des échantillons biologiques - de stocker un nombre non limité de variables observées et mesurées sur le dispositif expérimental. Dans les bases de données standards, ajouter une nouvelle variable implique une modification de la structure de la base de données. Dans ECOFI, cet ajout est géré de façon dynamique par l'ajout d'un enregistrement dans une table sans modifier la structure de la base de données. La généricité de la structure d'ECOFI augmente la performance des requêtes. Les données sont à disposition sous le même format et utilisent une sémantique commune (vocabulaire contrôlé) en lien avec les ontologies : plant ontology, crop ontology, agronomy ontology. Cette base de données a été utilisée dans le cadre du projet SYPECAR (système de production énergétique à base de canne à la Réunion), pour le partenaire eRcane (ITK@s), et utilisée dans le cadre du projet BFF (Biomass for the future). ECOFI a une large gamme d'applications potentielles que cela soit en entomologie, en malherbologie, en phytopathologie, en écophysiologie ou en agronomie. (Résumé d'auteur)

Mots-clés libres : Agroécologie, Modèle de données générique, Technologie des métadonnées, Base de données relationnelle, Ontologie, Vocabulaire contrôlé, Dispositif expérimental, Observations, Traits, Traçabilité des échantillons, Intégration, Interopérabilité

Classification Agris : C30 - Documentation and information
F08 - Cropping patterns and systems

Auteurs et affiliations

Autres liens de la publication

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/581437/)

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