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Précision de prédiction génomique chez une plante pérenne : cas du palmier à huile

Cros David, Denis Marie, Sanchez Leopoldo, Cochard Benoît, Flori Albert, Durand-Gasselin Tristan, Nouy Bruno, Omoré Alphonse, Pomiès Virginie, Riou Virginie, Suryana Edyana, Bouvet Jean-Marc. 2016. Précision de prédiction génomique chez une plante pérenne : cas du palmier à huile. In : Sélection génomique : théorie et mise en oeuvre en relation avec les programmes d'amélioration. Deretz Séverine (ed.). INRA, CIRAD. Paris : INRA, pp. 197-214. (Ecoles-chercheurs INRA, 6) ISBN 2-7380-1387-2 Ecoles-chercheurs INRA sur la sélection géonomique 2013 - Théorie et mise en oeuvre en relation avec les programmes d'amélioration, Bruz, 23 September 2013/27 September 2013.

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Abstract : La sélection génomique (SG) est destinée à accroître le progrès génétique des cultures pérennes, principalement par la réduction des cycles de production et l'augmentation de l' intensité de sélection. Ceci exige une précision suffisante de la SG pour la sélection des candidats, souvent malgré des populations d'entraînement de petites tailles. Notre objectif était d'obtenir la première estimation empirique de précision de SG pour le palmier à huile, principale production mondiale d huile. Nous avons utilisé deux populations parentales impliquées dans la sélection récurrente réciproque conventionnelle (Deli et Groupe B) avec chacun des 131 individus génotypés avec 265 SSR. Nous avons estimé la précision de SG pour la prédiction des valeurs génétiques d'individus non testés sur descendance, pour huit caractères de rendement. Nous avons utilisé trois méthodes pour échantillonner les populations d'entraînement et la méthode GBLUP pour estimer les valeurs génomiques. Les résultats ont montré que la SG prend en compte les effets familiaux et les conditions d'échantillonnage mendélien dans le Groupe B, mais seulement les effets familiaux dans Deli. Vraisemblablement, cette différence entre populations provenait de la diversité des histoires de sélection. La précision de la SG variait de - 0,41 à 0,94 et était positivement corrélée aux relations entre populations tests et d'entraînement. La population d'entraînement optimisée avec ce qu'on appelle le critère de CD moyen a permis d'obtenir la meilleure précision, allant de 0,49 (taux de pulpe de fruits dans le groupe B) à 0,94 (poids des fruits dans le groupe B). Enfin, le groupe B pourrait être présélectionné pour les tests sur descendance en appliquant la SG aux caractères clés de rendement, donc augmenter l'intensité de sélection. Nos résultats devraient être utiles aux programmes de sélection sur des populations de petites tailles, ayant de longs cycles de reproduction ou des effectifs de petites tailles. (Résumé d'auteur)

Résumé (autre langue) : Genomic selection (GS) is expected to increase the genetic gain in perennial crops, mainly through shortened breeding cycles and increased selection intensity. This requires sufficient GS accuracy in selection candidates, often despite small training populations. Our objective was to obtain the first empirical estimate of GS accuracy in oil palm (Elaeis guineensis), the major world oil crop. We used two parental populations involved in conventional reciprocal recurrent selection (Deli and Group B) with 131 individuals each, genotyped with 265 SSR. We estimated within population GS accuracies when predicting breeding values of non progeny tested individuals for eight yield traits. We used three methods to sample training sets and GBLUP to estimate genomic breeding values. The results showed that GS could account for family effects and Mendelian sampling tenns in Group B but only for family effects in Deli. Presumably, this difference between populations originated from their contrasting breeding history. The GS accuracy ranged from - 0.41 to 0.94 and was positively correlated with the relationship between training and test sets. Training sets optimized with the so-called CD mean criterion gave the highest accuracies, ranging from 0.49 (pulp to fruit ratio in Group B) to 0.94 (fruit weight in Group B). Finally, Group B could be preselected for progeny tests by applying GS to key yield traits, therefore increasing the selection intensity. Our results should be valuable for breeding programs with small populations, long breeding cycles or reduced effective size. (Résumé d'auteur)

Classification Agris : F30 - Plant genetics and breeding

Auteurs et affiliations

Contributeurs et affiliations

  • Denis Marie, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (FRA) - collaborateur
  • Sanchez Leopoldo, INRA (FRA) - collaborateur
  • Cochard Benoît, PalmElit (FRA) - collaborateur
  • Flori Albert, CIRAD-PERSYST-UPR Systèmes de pérennes (FRA) - collaborateur
  • Durand-Gasselin Tristan, PalmElit (FRA) - collaborateur
  • Nouy Bruno, PalmElit (FRA) - collaborateur
  • Omoré Alphonse - collaborateur
  • Pomiès Virginie, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (FRA) ORCID: 0000-0002-5481-5120 - collaborateur
  • Riou Virginie, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (FRA) - collaborateur
  • Suryana Edyana - collaborateur
  • Bouvet Jean-Marc, CIRAD-BIOS-UMR AGAP (MDG) - collaborateur

Autres liens de la publication

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/582577/)

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