Elaboration d'une méthode semi-automatique pour l'identification et le traitement des signaux d'émergences pour la veille internationale sur les maladies animales infectieuses

Arsevska Elena. 2017. Elaboration d'une méthode semi-automatique pour l'identification et le traitement des signaux d'émergences pour la veille internationale sur les maladies animales infectieuses. Paris : Université Paris-Saclay, 210 p. Thèse de doctorat : Epidémiologie : Université Paris-Saclay

Thèse

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Titre anglais : Elaboration of a semi-automatic method for identifcation and analysis of signals of emergence of animal infectious diseases at international level

Encadrement : Dufour, Barbara ; Lancelot, Renaud ; Roche, Mathieu

Résumé : La veille en santé animale, notamment la détection précoce de l'émergence d'agents pathogènes exotiques et émergents à l'échelle mondiale, est l'un des moyens de lutte contre l'introduction de ces agents pathogènes en France. Récemment, il y a eu une réelle prise de conscience par les autorités sanitaires de l'utilité de l'information non-structurée concernant les maladies infectieuses publiée sur le Web. C'est dans ce contexte que nous proposons un outil de veille basé sur une méthode de fouille de textes pour la détection, collecte, catégorisation et extraction de l'information sanitaire à partir des donnés textuelles non structurées (articles médias) publiées sur le Web. Notre méthode est générique. Toutefois, pour l'élaborer, nous l'appliquons à cinq maladies animales infectieuses exotiques : la peste porcine africaine, la fièvre aphteuse, la fièvre catarrhale ovine, la maladie du virus Schmallenberg et l'influenza aviaire. Nous démontrons que des techniques de fouille de textes, complétées par les connaissances d'experts du domaine, sont la fondation d'une veille sanitaire du Web à la fois efficace et réactive pour détecter des émergences de maladies exotiques au niveau international. Notre outil (PADI-web) peut servir le dispositif de veille sanitaire internationale en France. Il facilitera la détection précoce de signaux de dangers sanitaires émergents dans l'information publiée sur le Web.

Résumé (autre langue) : Monitoring animal health worldwide, especially the early detection of outbreaks of emerging and exotic pathogens, is one of the means of preventing the introduction of infectious diseases in France. Recently, there is an increasing awareness among health authorities for the use of unstructured in- formation published on the Web for epidemic intelligence purposes. In this manuscript we present a semi-automatic text mining approach, which detects, collects, classifies and extracts information from non-structured textual data available in the media reports on the Web. Our approach is generic; however, it was elaborated using five exotic animal infectious diseases: African swine fever, foot-and-mouth disease, blue-tongue, Schmallenberg and avian influenza. We show that the text mining techniques, supplemented by the knowledge of domain experts, are the foundation of an efficient and reactive system for monitoring disease emergence from non-structured text published on the Web. Our tool (PADI-web) can serve the French epidemic intelligence team for international monitoring of animal health. It can facilitate the early detection of events related to emerging health hazards identified from media rep orts on the Web.

Mots-clés Agrovoc : surveillance épidémiologique, analyse de données, méthodologie, santé animale, maladie infectieuse, collecte de données, peste porcine africaine, virus des animaux, fièvre aphteuse, fièvre catarrhale ovine, Influenzavirus aviaire, Orthobunyavirus