Epidémiologie des virus influenza dans les élevages multi-espèces tropicaux

Trévennec Karen. 2011. Epidémiologie des virus influenza dans les élevages multi-espèces tropicaux. Montpellier : Université Montpellier 2, 142 p. Thèse de doctorat : Epidémiologie : Université Montpellier 2

Titre anglais : Epidemiology of influenza viruses in multi-species farming systems in tropical

Encadrement : Morand, Serge ; Roger, François

Résumé : Les élevages multi-espèces en Asie du Sud-est regroupent sur un même site 3 hôtes potentiels de virus influenza : volailles, pores, hommes. Le contexte épidémiologique dans cette région révèle que les virus influenza circulent activement chez chacun de ces 3 hôtes. Chacune de ces espèces est le réservoir de sous-types viraux qui lui sont spécifiques, mais qui ont déjà montre par le passe leur aptitude à franchir la barrière d'espèce pour infecter un nouvel hôte. Une transmission interspécifique peut aboutir à une émergence virale, éventuellement a potentiel pandémique. L'objectif de ce travail est d'estimer le risque de circulation intra et inter-espèce des virus influenza associes aux élevages mixtes porc-volaille au Vietnam et d'en identifier les déterminants épidémiologiques. Apres avoir effectué un bilan des connaissances virologiques, sérologiques et épidémiologiques sur l'influenza porcin et aviaire au Vietnam, 2 séries d'enquêtes sont mises en place dans des agroécosystèmes varies: la zone périurbaine du Delta du Fleuve Rouge, caractérisée par ses fortes densités animale et humaine; et la zone des montagnes du Nord, caractérisée par des systèmes d'élevage traditionnels. Les enquêtes se situent respectivement dans des contextes d'émergence du virus pandémique H1N1/ 2009 et d'influenza aviaire hautement pathogène H5N5. En l'absence d'isolement viral, la sérologie représente le principal outil d'investigation pour estimer le risque et identifier les facteurs de risque d'infection par les virus influenza chez les différentes espèces hôtes. Les élevages traditionnels du Sud-est asiatique jouent probablement un rôle central dans l'épidémiologie des virus influenza et le risque d'émergence, mais ils ne sont que très rarement étudiés. Les résultats originaux et les discussions issues des enquêtes de terrain contribuent à améliorer notre compréhension de la circulation des virus influenza entre les différents hôtes en conditions naturelles.

Résumé (autre langue) : Multi-species farming systems in Southeast Asia gather on a common site 3 potential hosts of influenza viruses: poultry, pigs and humans. The epidemiological context of the area suggests that influenza viruses are spreading within the 3 types of hosts. Each species remains the reservoir of specific subtypes, which has already been shown to cross the species barrier to infect new hosts. A cross-species transmission may lead to a viral emergence, and possibly to the emergence of pandemic strains. The aim of this work is to estimate the risk of intra and inter-species transmission of influenza viruses and related risk factors within farming systems that mix pigs and poultry in Vietnam. Firstly the literature on swine and avian influenza in Vietnam in regards to virological, serological and epidemiological aspects has been reviewed. Secondly, studies were conducted in 2 agro-ecosystems: the periurban area of the Red River Delta, which is characterized by high animal and human densities, and the mountainous area of Northern Vietnam, which is characterized by traditional and low-producing farming systems. The 2 surveys were conducted during the emergence of the pandemic HlNl/2009 in human and the emergence of the HSNl highly pathogenic avian influenza virus, respectively. Because of a lack of virus isolation, serological results were the main available tool to estimate the risk of infection and identify risk factors within various host species. Traditional farming systems in Southeast Asia may play a key role in the epidemiology of influenza viruses and the risk of viral emergence. Unfortunately they are poorly investigated. This work is providing some original outcomes that participate to improve our understanding about the epidemiological determinants of influenza virus spread within several host species in natural conditions.

Mots-clés Agrovoc : épidémiologie, surveillance épidémiologique, influenzavirus, zone tropicale, bétail

Classification Agris : L73 - Maladies des animaux
L01 - Élevage - Considérations générales

Champ stratégique Cirad : Axe 4 (2014-2018) - Santé des animaux et des plantes

Auteurs et affiliations

• Trévennec Karen, CIRAD-ES-UPR AGIRs (FRA)

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/591551/)

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