Étude de la diversité fongique présente dans des écosystèmes forestiers contrastés de Guyane

Ducousso-Détrez Amandine. 2017. Étude de la diversité fongique présente dans des écosystèmes forestiers contrastés de Guyane. Montpellier : Université de Montpellier, 61 p. Mémoire de master 2 : Interactions microorganismes hôtes et environnements. Biologie agrosciences : Université de Montpellier

Encadrement : Zaremski, Alba ; Beauchene, Jacques

Résumé : Nos connaissances des rôles des champignons tropicaux dans la décomposition du bois et par conséquence du cycle de carbone sont très fragmentaires. Pour développer ces connaissances, un dispositif d'écologie microbienne a été mis en place en forêt guyanaise sur sols latéritiques et sols sableux en sommet de colline et en bas-fond. Sur ces quatre sites, une approche métagénomique Illumina ciblée ITS1 fongique a été mis en oeuvre de paire avec un dispositif de piégeage in situ des champignons lignivores. L'approche métagénomique a permis d'obtenir 8.484.308 séquences de champignons réparties à 57 % Ascomycètes, 17 % Basidiomycètes, 2 % Zygomycètes et 24 % autres, en cohérence avec les études antérieures et confirme les faiblesses de nos connaissances en mycologie tropicale. L'analyse par séquençage Sanger des ITS fongiques piégés dans des éprouvettes de bois standardisés a permis de préciser les taxons impliqués dans la dégradation de bois de durabilité naturelle différente.

Résumé (autre langue) : Our knowledge of the roles of tropical fungi in the decomposition of wood and consequently of the carbon cycle is very fragmentary. To develop this knowledge, a microbial ecology device has been set up in the Guyanese forest on lateritic soils and sandy soils at the top of the hill and in the shoal. At these four sites, a fungal ITS1 targeted Illumina metagenomic approach has been implemented as a pair with an in situ trapping device for lignivorous fungi. The metagenomic approach enable to obtain 8,484,308 fungal sequences distributed at 57 % Ascomycota, 17 % Basidiomycota, 2 % Zygomycota and 24 % others, consistent with previous studies and confirms the weaknesses of our knowledge in tropical mycology. The Sanger sequencing analysis of the fungi in situ trapped in standardized wood pieces enable to specify the taxa involved in the degradation of wood of different natural durability.

Mots-clés libres : Guyane française, ITSfongique, Forêts tropicales, Pourriture du bois, Illumina, Durabilité des bois tropicaux de Guyane

Auteurs et affiliations

• Ducousso-Détrez Amandine, Université de Montpellier (FRA)

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/593735/)

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