Genotipagem por enriquecimento e captura direcionada de genes candidatos em Coffea canephora

De Aquino Sinara Oliveira, Tournebize Rémi, Marraccini Pierre, Mariac Cédric, Couderc Marie, Bethune Kevin, Cubry Philippe, Andrade Alan Carvalho, Darracq Olivier, Lepelley Maud, Crouzillat Dominique, Kiwuka Catherine, Anten Niels P.R., Manel Stéphanie, François Olivier, Vigouroux Yves, De Kochko Alexandre, Poncet Valérie. 2019. Genotipagem por enriquecimento e captura direcionada de genes candidatos em Coffea canephora. In : X Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil. Consórcio Pesquisa Café. Vitória : EMBRAPA, 6 p. (Anais do Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil, 10) Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil. 10, Vitória, Brésil, 8 Octobre 2019/11 Octobre 2019.

Titre anglais : Genotyping by target enrichment and capture of candidate genes in Coffea canephora

Résumé : A captura direcionada de sequências acoplada ao sequenciamento de alto rendimento tornou-se um método poderoso para o estudo da variação de sequências genômicas. Usando o genoma disponível de C. canephora (tamanho estimado de 710 Mb/haplóide) como referência, projetamos sondas para 323 genes candidatos selecionados (CGs) visando capturar seus homeólogos em 293 acessos de C. canephora da Uganda, 12 clones do Brasil e um subconjunto de 19 indivíduos cobrindo todos os grupos de diversidade de C. canephora. Para um total de 324 indivíduos de C. canephora, projetamos, com sucesso, cerca de 19.000 sondas e identificamos mais de 16.000 polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) de qualidade, localizados dentro ou próximo a 318 genes anotados, gerando dados genotípicos para populações que estão localizadas em regiões que abrangem diferentes condições climáticas. Nós investigamos questões como desenho das sondas, cobertura do sequenciamento, eficiência da hibridização e captura, e estratégias de análise dos dados por bioinformática.

Résumé (autre langue) : Targeted-sequence capture coupled to high-throughput sequencing has become a powerful method for the study of genome-wide sequence variation. Using the available genome of C. canephora (estimated size of 710 Mb/haploid) as a reference, we designed probes for the 323 selected candidate genes (CGs) to capture their homeologs in 293 accessions of C. canephora from Uganda, 12 clones from Brazil and a subset of 19 individuals covering all the C. canephora diversity groups. From 324 individuals of the C. canephora, we successfully designed around 19,000 probes and identified >16,000 quality single-nucleotide polymorphisms (SNPs) located inside or in close proximity to 318 annotated genes, generating genotypic data in populations spanning in a range of various climatic conditions. We investigated issues such as probe design, sequencing coverage, evaluation of the hybridization and capture efficiency and strategies of data analysis by bioinformatics.

Auteurs et affiliations

• De Aquino Sinara Oliveira, UFLA (BRA)
• Tournebize Rémi, UC (USA)
• Marraccini Pierre, CIRAD-BIOS-UMR IPME (VNM) ORCID: 0000-0001-7637-6811
• Mariac Cédric, IRD (FRA)
• Couderc Marie, IRD (FRA)
• Bethune Kevin, IRD (FRA)
• Cubry Philippe, IRD (FRA)
• Andrade Alan Carvalho, EMBRAPA (BRA)
• Darracq Olivier, Nestlé (FRA)
• Lepelley Maud, Nestlé (FRA)
• Crouzillat Dominique, Nestlé (FRA)
• Kiwuka Catherine, NARO (UGA)
• Anten Niels P.R., Wageningen University (NLD)
• Manel Stéphanie, CEFE (FRA)
• François Olivier, Université de Grenoble (FRA)
• Vigouroux Yves, IRD (FRA)
• De Kochko Alexandre, IRD (FRA)
• Poncet Valérie, IRD (FRA)

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/593838/)

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