Génomique de l'adaptation au climat des pommiers cultivés et sauvages : recherche de traces de sélection dans des gènes impliqués dans la floraison

Floret Justine. 2020. Génomique de l'adaptation au climat des pommiers cultivés et sauvages : recherche de traces de sélection dans des gènes impliqués dans la floraison. Montpellier : Université de Montpellier, 44 p. Mémoire de master 2 : DARWIN - Biologie évolutive et écologie : Université de Montpellier

Matériel d'accompagnement : 1 diaporama (60 vues), 1 vidéo "Mon master en 3 minutes"

Encadrement : Khadari, Bouchaib ; Sibidé-Bocs, Stéphanie ; Cornille, Amandine

Résumé : Une approche par gène candidats liés à la floraison chez 254 variétés de pommier cultivé (Malus domestica) et 88 de ses proches parents sauvages (Malus orientalis, Malus sieversii, Malus sylvestris, Malus baccata) nous a permis d'explorer la variation phénologique de la floraison en lien avec la domestication du pommier. Pour cela, nous disposons des dates de floraison sur quatre années et de 18 663 variants génétiques détectés sur les gènes de floraison des cinq espèces. L'étude des dates de floraison des espèces sauvages et cultivés a révélé que les pommiers sauvages fleurissent plus précocement que les pommiers cultivés. Avec le logiciel PCAdapt qui permet de détecter des signaux de sélection positive liés à l'adaptation locale, des variants génétiques ont été détectés chez le pommier cultivé, d'autres sont présents chez ses proches parents sauvages M. sieversii, M. orientalis et M. sylvestris. Ces découvertes apportent un nouvel aperçu du processus de domestication du pommier pour un des caractère phénotypique clé, la floraison.

Résumé (autre langue) : Candidate gene approach applied to 254 cultivated apples (Malus domestica) and 88 crop wild apple relatives (Malus orientalis, Malus sieversii, Malus sylvestris, Malus baccata) allowed us to study the genetic variation underlying flowering time variation in apple. To that aim, we used flowering dates recorded over four years and 18 663 SNP located in flowering time genes for the five apple species. We used the software PCAdapt to detect strong and recent signals of positive selection that can be associated to domestication or local adaptation, while taking into account population structure. Few genetic variants detected were found to be specific to the cultivated apple genetic group, others SNP were also present in its wild relatives M. sieversii, M. orientalis and M. sylvestris. These findings are bring new insight into the process of apple domestication and on the genetic variants involved.

Mots-clés libres : Flowering, Malus domestica, Genomic signatures of positive selection, Selective sweep, Domestication

Auteurs et affiliations

• Floret Justine, Université de Montpellier (FRA)

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/596742/)

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