Eco-épidémiologie des arénavirus à l'interface rongeur-humain au Mozambique

Mapaco Lourenço. 2022. Eco-épidémiologie des arénavirus à l'interface rongeur-humain au Mozambique. Montpellier : Université de Montpellier, 219 p. Thèse de doctorat : Ecologie de la santé : Université de Montpellier

Thèse

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Titre anglais : Eco-epidemiology of arenaviruses at the rodent-human interface in Mozambique

Encadrement : Capelle, Julien ; Fafetine, Jose ; Caron, Alexandre ; Crespin, Laurent ; Liégois, Florian

Résumé : Les maladies infectieuses émergentes (MIEs) constituent une préoccupation majeure au niveau mondial et plus de 70 % des nouvelles MIEs sont des zoonoses provenant principalement de la faune sauvage. Les MIEs causées par les mammarenaviruses Lassa et Lujo sont responsables de cas mortels de fièvre hémorragique en Afrique occidentale et australe, respectivement. Le réservoir du virus Lujo est encore inconnu tandis que le principal réservoir du virus Lassa est le rongeur Mastomys natalensis largement répandu en Afrique subsaharienne. Plusieurs autres mammarenaviruses considérés comme non pathogènes pour l'homme ont été isolés principalement chez M. natalensis en Afrique australe. Ainsi, M. natalensis est l'une des plus importantes espèces de rongeurs porteurs de zoonoses ou de zoonoses potentielles. De plus, les vies des rongeurs et des hommes sont souvent entremêlées, ce qui augmente l'interaction rongeur/homme ainsi que le risque d'émergence des maladies zoonotiques transmises par les rongeurs. Cette étude vise à évaluer la circulation des mammarenaviruses et à identifier ses déterminants à l'interface homme/rongeur dans le parc national du Limpopo et sa zone tampon au Mozambique, afin d'améliorer notre connaissance du risque potentiel d'émergence de zoonoses transmises par les rongeurs. Pour atteindre notre objectif principal, nous avons étudié l'écologie des rongeurs, puis nous avons détecté et génotypé les Mammarenavirus, nous avons étudiés les facteurs influençant leur circulation chez M. natalensis et enfin nous avons évalué les connaissances, les attitudes et les pratiques humaines vis-à-vis des rongeurs. Nos résultats indiquent que la structure de la communauté des petits mammifères dans notre zone d'étude comprend sept espèces de rongeurs et une musaraigne. M. natalensis était présent dans les quatre habitats contrastés échantillonnés pendant l'étude, cependant, les champs agricoles irrigués constituent l'habitat principal de cette espèce de rongeur. M. natalensis a commencé à se reproduire pendant la saison des pluies et un pic de population a été atteint au milieu de la saison sèche, en juin. Le virus Mopeia circule dans tous les habitats étudiés et la proportion d'échantillons positifs (17,0 %) était la même dans tous les habitats. Cependant, le risque de transmission des mammarenaviruses entre les rongeurs et les humains varie selon les habitats en raison des différences d'abondance des populations de rongeurs et du type d'activités humaines qui constituent les facteurs de risque d'exposition aux rongeurs. Les facteurs anthropogéniques, associés aux facteurs climatiques, influencent considérablement la dynamique de la population de rongeurs et la vulnérabilité de l'homme aux maladies transmises par les rongeurs. Nous avons détecté les périodes à haut risque et les voies potentielles de transmission des mammarenavirus à l'homme. Nos résultats ont une implication dans la conception et la mise en oeuvre d'un plan d'action pour la prévention et la surveillance des maladies humaines transmises par les rongeurs dans notre zone d'étude.

Résumé (autre langue) : Emerging infectious diseases (EIDs) have been a major global concern and more than 70% of new EIDs are zoonotic diseases that mostly originated from wildlife. EIDs caused by Lassa and Lujo mammarenaviruses are responsible for fatal cases of hemorrhagic fever in the west and southern Africa, respectively. The reservoir of the Lujo virus is yet unknown while the main reservoir of the Lassa virus is Mastomys natalensis, a rodent species widely distributed in sub-Saharan Africa. Other several mammarenaviruses yet regarded as non-pathogenic for humans were detected mainly from M. natalensis in southern Africa. Thus M. natalensis is one of the most important rodent species that carry zoonotic or potential zoonotic diseases. Moreover, the lives of rodents and people are often interwoven, increasing the interaction between rodents and humans as well as the risk of the emergence of zoonotic rodent-borne diseases. This study aims to assess the circulation of mammarenaviruses and identify their drivers at the human/rodent interface in the Limpopo National Park and its buffer zone in Mozambique, to improve our knowledge of the potential risk of emerging rodent-borne zoonotic diseases. To reach our main objective we studied rodent ecology, then we detected and genotyped Mammarenavirus in M. natalensis trapped in irrigated cropland fields, rainfed cropland fields, mopane woodland forest, and villages. We also studied the drivers of the viral circulation in M. natalensis and finally we assessed human knowledge, attitudes, and practices toward rodents. Our results indicated that the small-mammal community structure in our study area included seven rodent species and one shrew. M. natalensis was present in all four habitats sampled during the study. However, the irrigated agricultural fields constitute the main habitat for this rodent species. M. natalensis started breeding during the rainy season and its highest peak was observed in the middle of the dry season in June. Mopeia virus circulates in all habitats investigated and the proportion of positive samples (17.0%) was the same across all habitats. However, the risk of mammarenaviruses transmission between rodents and humans varies over the habitats because of rodent population abundance differences and the type of human activities that constitute the risk factors for exposure to rodents. Anthropogenic factors jointly with climatic ones are importantly influencing the dynamic of the rodent population and the human vulnerability to rodent-borne diseases. Here we detected the high-risk periods and the potential routes of mammarenaviruses transmissions to humans. Our results have an implication for designing and implementing of an action plan for the prevention and surveillance of rodent-borne diseases in humans in our study area.

Mots-clés Agrovoc : zoonose, maladie infectieuse, épidémiologie, surveillance épidémiologique, relation homme-faune, maladie de l'homme, rongeur, Rodentia, Arenaviridae

Mots-clés géographiques Agrovoc : Mozambique

Mots-clés complémentaires : Mammarenavirus, Arenavirus

Classification Agris : S50 - Santé humaine
L73 - Maladies des animaux

Agences de financement hors UE : Agence Nationale de la Recherche

Projets sur financement : (FRA) MUSE

Auteurs et affiliations