Un logiciel libre pour la mesure et l'analyse de l'architecture des plantes : AMAPmod

Godin Christophe, Guédon Yann. 2001. Un logiciel libre pour la mesure et l'analyse de l'architecture des plantes : AMAPmod. In : Premières Rencontres d'Ecophysiologie de l'Arbre, Autrans (Vercors), 16-19 janvier 2001. Résumés. INRA. Paris : INRA, Résumé, p. 92. Premières Rencontres d'Ecophysiologie de l'Arbre, Autrans, France, 16 Janvier 2001/19 Janvier 2001.

Résumé : Cette communication aura pour but de présenter (brièvement) et de faire le point sur le logiciel AMAPmod. Ce logiciel est diffusé depuis environ 5 ans dans la communauté de chercheurs s'intéressant à la mesure et/ou à la modélisation des plantes. Il permet de constituer des bases de données contenant des descriptions d'architectures de plantes, et de les analyser. Dans AMAPmod, l'architecture des plantes peut être représentée à plusieurs niveaux de détail, chaque niveau contenant des informations biologiques qui lui sont caractéristiques. Cette représentation a permis, en collaboration avec l'U.R. PIAF de EA et l'U.R Arboriculture Fruitière du GAP, d'aller jusqu'au développement d'une méthodologie générique de numérisation de l'architecture des systèmes aériens et racinaires. Grâce à cette méthodologie, la collecte d'informations architecturales peut s'effectuer avec un degré de précision arbitraire sur toute espèce de plante. Les informations architecturales sont stockées dans une base de données (dite " architecturale") et un langage d'interrogation dédié, AML, permet à l'utilisateur d'y accéder à l'aide de primitives spécialisées et efficaces. En combinant ces primitives, des types de données variés, permettant de préserver une part plus ou moins grande de l'information structurelle contenue dans la plante, peuvent être extraits de la base de données. Des outils spécialisés ont été créés pour analyser les échantillons de données ainsi constitués. La plupart de ces outils, tant paramétriques (Modèles Markovien variés) que non paramétriques (algorithmes de comparaison de données fondés sur des techniques de programmation dynamique) s'appliquent à des séquences de données représentant des trajectoires méristématiques (axes) ou temporelles. La méthodologie AMAPmod est illustrée sur des exemples variés de bases de données architecturales. Cette présentation sera notamment l'occasion de faire le point sur l'activité autour d'AMAPmod (en termes d'utilisateurs, de formation, de domaines d'application, de réseaux, de stratégie de développement et de perspectives).

Auteurs et affiliations

• Godin Christophe, CIRAD-AMIS-AMAP (FRA)
• Guédon Yann, CIRAD-AMIS-AMAP (FRA)

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/608931/)

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