Étude du recrutement des bactéries du sol par les racines des principales plantes maraichères et horticoles réunionnaises

Rakotondramiadana Fanantenana Mandimbiarisoa. 2024. Étude du recrutement des bactéries du sol par les racines des principales plantes maraichères et horticoles réunionnaises. Saint-Denis : Université de la Réunion, 79 p. Mémoire de master 2 : Biodiversité écologie et évolution (BEE). Biodiversité des écosystèmes tropicaux terrestres (BEST-T) : Université de la Réunion

Encadrement : Brunel, Caroline

Résumé : La composition des communautés bactériennes de la rhizosphère résulte d'une sélection spécifique des taxons présents dans le sol sous l'influence des racines des plantes. Dans l'optique d'une agriculture durable s'appuyant sur la biodiversité pour favoriser la fertilité des sols et la santé des plantes, il apparaît nécessaire de mieux comprendre ces mécanismes de recrutement de bactéries par les plantes cultivées. Notre étude a pour objectif d'identifier les plantes cultivées (et leurs associations) favorable à des cortèges bactériens susceptibles de stimuler la croissance des plantes. Pour ce faire, des sols bruts et sols rhizosphériques issus de 11 plantes communément cultivées à La Réunion ont été prélevées. Sur les ADNs extraits de ces échantillons, une analyse du gène 16S a été effectuée par metabarcoding pour caractériser la structure et la diversité des communautés associées à ces plantes. Nos résultats montrent la forte influence des plantes cultivées sur les cortèges bactériens associés aux racines. Ils révèlent en particulier des diversités élevées chez le maïs et la salade et ont démontré que la banane, la salade, la courgette et le songe stimulent l'abondance de certains taxons bénéfique. Ils montrent également une réduction de l'abondance de Ralstonia (taxon phytopathogène) dans les racines de la passion. Les résultats suggèrent aussi des complémentarités entre litchi- manioc, litchi-maïs ou encore mangue-ananas. Ces espèces doivent donc être particulièrement étudiées en conditions contrôlées et au champ pour valider leurs effets sur la croissance des plantes cultivées, afin de les intégrer dans de nouvelles pratiques agroécologiques pertinentes.

Résumé (autre langue) : The composition of bacterial communities in the rhizosphere is influenced by plant roots and the specific selection of taxa present in the soil. Understanding this relationship is crucial for sustainable agriculture, which relies on biodiversity to improve soil fertility and plant health. Our study aims to identify cultivated plants and their associated bacterial communities that promote plant growth. To this end, we collected raw soils and rhizospheric soils from 11 commonly grown plants on Reunion Island and analyzed the 16S gene by metabarcoding to characterize the diversity and structure of the associated bacterial communities. Our results demonstrate that cultivated plants strongly influence root-associated bacterial communities. Specifically, maize and lettuce showed high diversity, while banana, lettuce, zucchini, and songe were found to stimulate the abundance of certain beneficial bacteria. Additionally, we observed a reduction in Ralstonia, a phytopathogenic bacteria, in passion fruit roots. Our findings also suggest potential synergies between lychee-cassava, lychee-corn, and mango-pineapple. Further research under controlled conditions and in the field is needed to validate these effects and integrate them into new agroecological practices.

Mots-clés libres : Bactéries PGPR, Diversification agricole, Maraichage, Richesse taxonomique, Rhizosphère

Auteurs et affiliations

• Rakotondramiadana Fanantenana Mandimbiarisoa, Université de la Réunion (REU)

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/612175/)

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