Analyses comparatives des séquences de gènes sous-jacents aux QTLs de résistance à la fusariose chez Vanilla planifolia

Da Silva Quentin, Favre Felicien, Retoret Paul, Jade Katia, Besse Pascale, Charron Carine. 2024. Analyses comparatives des séquences de gènes sous-jacents aux QTLs de résistance à la fusariose chez Vanilla planifolia. . SFP. s.l. : s.n., Résumé, 1 p. Journées Jean Chevaugeon, Rencontres de Phytopathologie-Mycologie. 14, Aussois, France, 14 Janvier 2024/19 Janvier 2024.

Résumé : Fusarium oxysporum f. sp. radicis vanillae (Forv) est un champignon tellurique responsable de la fusariose, également appelée “pourriture des racines et des tiges”, une maladie majeure affectant les vanilliers cultivés. Alors que les méthodes de contrôle chimique et prophylactique se révèlent inefficaces contre ce champignon, l'utilisation de sources de résistance présentes dans la diversité naturelle du genre Vanilla est actuellement la stratégie la plus efficace pour la gestion durable de la maladie. Les facteurs moléculaires impliqués dans cette résistance n'ont pas encore été identifiés. La récente disponibilité de nouveaux ensembles de données, tels que le séquençage complet du génome de Vanilla planifolia et une population de 126 descendants (AF_CR40), résultant de l'autofécondation du cultivar sensible CR0040 et présentant une distribution de profils résistants et sensibles, a permis la création d'une première carte génétique de la résistance à une souche hautement pathogène de Forv. Vingt loci de caractères quantitatifs (QTL) associés à cette résistance, expliquant une partie significative de la variance phénotypique, ont été identifiés et localisés dans des régions riches en gènes. Des gènes codant pour des protéines à motifs Leucine-Rich Repeat (LRR) ont été identifiés au niveau de ces régions, connus pour leur implication dans les réponses immunitaires en réponse à l'infection par les pathogènes. D'autres gènes potentiellement impliqués dans les mécanismes de résistance biotiques ont également été localisés au niveau des QTLs, notamment des gènes codant pour des kinases ou des protéines à répétition pentatricopeptide (PPRs). Des amorces cibles de ces gènes sous-jacents aux QTLs ont été définies à partir du génome séquencé de la variété de V. planifolia CR0040. Ces gènes ont été amplifiés et séquencés chez des individus de V. planifolia très résistants et très sensibles à la fusariose, ainsi que chez des individus de l'espèce Vanilla pompona connue pour être résistante à la maladie. La présence et/ou absence de ces facteurs moléculaires chez les différents génotypes, ainsi que le polymorphisme des séquences ADN (mutations et délétions), sont exploités pour identifier des gènes candidats et approfondir notre compréhension des mécanismes moléculaires sous-jacents aux réponses de défense du vanillier à la fusariose.

Mots-clés libres : Vanilla planifolia, Fusarium oxysporum, QTL

Auteurs et affiliations

• Da Silva Quentin, Université de la Réunion (REU)
• Favre Felicien, CIRAD-BIOS-UMR PVBMT (FRA) ORCID: 0009-0004-0494-9894
• Retoret Paul
• Jade Katia, CIRAD-BIOS-UMR PVBMT (REU)
• Besse Pascale, Université de la Réunion (REU)
• Charron Carine, CIRAD-BIOS-UMR PVBMT (REU) ORCID: 0000-0003-0281-9936

Source : Cirad-Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/612271/)

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