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Modélisation intégrée et pluri-niveaux des stock-flux de matière et d'énergie dans les systèmes agricoles pour l'évaluation multicritère et l'accompagnement de transitions en élevage. Vayssières Jonathan. 2021. Montpellier : Université de Montpellier, 122 p. Habilitation à diriger des recherches : Université de Montpellier

Approche par les communs : structure formelle des usages et quête de sens. Delay Etienne, Müller Jean Pierre. 2020. . IASC. s.l. : IASC, Résumé, 1 p. IASC 2020 Web Conference on African Commons, s.l., États-Unis, 13 Juillet 2020/27 Juillet 2020.

Systèmes complexes de la biologie aux territoires. Arnaud Nicolas (ed.), Jouve Bernard (ed.), Müller Jean Pierre (ed.), Amsallem Isabelle (ed.), Crette Aurélie (ed.), Hubert Bernard (ed.). 2018. Montpellier : Agropolis International, 79 p. (Les dossiers d'Agropolis International, 23)

Le contexte. Rencontres interdisciplinaires sur les systèmes complexes naturels et artificiels. Müller Jean Pierre. 2015. Paris : Chemins de tr@verses, 286 p. ISBN 978-2-313-00522-4

Représenter les disciplines dans les modèles. Müller Jean Pierre. 2014. . Megève : s.n., Diaporama, (39 vues) Journées de Rochebrune : Multi-trans-interdisciplinarité. 21, Megève, France, 19 Janvier 2014/25 Janvier 2014.