Dépression de consanguinité et caractérisation génétique de taxons menacés : application au cerf d'Eld (Cervus eldi) et au Cerf Sika du Vietnam (Cervus nippon pseudaxis)

Thevenon Sophie. 2001. Dépression de consanguinité et caractérisation génétique de taxons menacés : application au cerf d'Eld (Cervus eldi) et au Cerf Sika du Vietnam (Cervus nippon pseudaxis). Paris : Université Pierre et Marie Curie, 216 p. Thèse de doctorat : Ecologie : Université Pierre et Marie Curie

Thèse

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Encadrement : Couvet, Denis

Résumé : Face aux menaces qui pèsent sur la biodiversité, il est impératif de mettre en place des plans de gestion des populations animales, qui concilient d'une part préservation de leurs particularités évolutives, et d'autre part maintien d'une diversité génétique suffisamment élevée pour garantir leur viabilité. Pour cela, il est important de répondre à deux questions: quelle doit être la structure et la taille des unités de gestion ? Comment définir l'unité (population, sous-espèce ou espèce) sur laquelle sont basés les plans de conservation pour un taxon? Nous avons abordé ces questions par deux approches. Premièrement, nous avons modélisé le devenir d'une petite population soumise à la dépression de consanguinité et à la stochasticité démographique. Nos résultats montrent que la probabilité de survie d'une population est très sensible à sa capacité de charge, qui doit dépasser quelques dizaines d'individus. Une population présente une sensibilité croissante à des goulots d'étranglement successifs, ceci d'autant plus que sa -capacité de charge, son effectif fondateur, et sa fécondité sont faibles. Ces différents paramètres ne peuvent pas être considérés indépendamment pour mettre en place un plan de reproduction. Deuxièmement, nous avons évalué la validité de la position taxinomique du cerf sika du Vietnam (Cervus nippon pseudaxis) et des sous-espèces de cerf d'Eld (C. eldi), par l'analyse de séquences de l'ADN mitochondrial et des caryotypes. Nos résultats confortent la taxinomie actuelle et tendent à montrer que le cerf sika du Vietnam peut être considéré comme une unité de gestion particulière, ainsi que le clade formé par deux populations de cerf d'Eld, celles du Siam et d'Hainan. Nous avons aussi caractérisé la structure génétique des populations de cerf sika du Vietnam en élevage au Vietnam et en parcs zoologiques en Europe, à l'aide de marqueurs microsatellites. Nos résultats montrent une structure complexe avec deux métapopulations, l'une au Vietnam, faiblement sous-structurée, l'autre en Europe, fortement sous-structurée. Nous ne pouvons pas estimer l'importance absolue de la diversité génétique, ni conclure à sa régression ou à son expansion, en raison de la difficulté à interpréter biologiquement les valeurs des estimateurs génétiques, notamment due à la structuration à diverses échelles.

Mots-clés Agrovoc : biodiversité, paramètre génétique, Cervus nippon, conservation biologique, dépression de consanguinité

Mots-clés géographiques Agrovoc : Viet Nam

Classification Agris : L10 - Génétique et amélioration des animaux

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