Identificação rapida de marcadores SSR polimorficos em Coffea arabica : [Resumo]

Ferreira R.V., Santos M.A., Charmetant Pierre, Marraccini Pierre, Leroy Thierry, Vieira Luiz Gonzaga Esteves, Sera T., Pereira Luiz Filipe P., Pot David. 2010. Identificação rapida de marcadores SSR polimorficos em Coffea arabica : [Resumo]. In : Resumos do 56° Congresso Brasileiro de Genética, 14 a 17 de setembro de 2010, Guaruja, Brasil. Sociedade Brasileira de Genética. s.l. : s.n., 8. Congresso Brasileiro de Genética. 56, Guaruja, Brésil, 14 Septembre 2010/17 Septembre 2010.

Résumé : Marcadores moleculares SSR são ferramentas importantes nos estudos de diversidade e caracterização de bancos de germoplasma de plantas cultivadas. Entretanto, a identificação de um conjunto mínimo de SSR úteis para discriminar os diferentes genótipos pode implicar na análise de um grande número de marcadores. Em #Coffea arabica# a maioria desses marcadores apresentam um baixo padrão de polimorfismo, o que constitui um dos principais gargalos para os estudos de caracterização genotípica do germoplasma da espécie. O objetivo deste trabalho foi desenvolver uma metodologia de avaliação rápida de SSR visando identificar marcadores polimórficos com um número mínimo de processos de genotipagem. A metodologia empregada constitui numa adaptação da técnica BSA (Bulk Segregant Analysis) utilizada comumente para identificar associações entre marcadores e genes qualitativos em populações biparentais. Para identificar os SSRs polimórficos de uma população de 130 genótipos da Etiópia, centro de origem de #C. arabica#, foram constituídos, com base em dados de diversidade fenotípica, três grupos para análise: um com 6 plantas representando genótipos do leste, outro com 8 plantas representando genótipos do oeste do Vale do Rift e um terceiro grupo representado por um único genótipo. Para cada marcador SSR foram realizadas três reações de amplificação a partir de "pools" formados pelo material genético dos grupos. Em uma única placa de 96 poços foi possível avaliar o polimorfismo de 32 marcadores. Os marcadores que apresentaram um padrão polimórfico entre os grupos foram então avaliados no painel de genótipos em estudo. Para efeitos de comparação entre a genotipagem padrão e a adaptação proposta neste trabalho foram estimados o número de reações de amplificação e de géis de poliacrilamida gastos para a avaliação de 100 SSR em um painel de 24 genótipos considerando uma margem de 10% de marcadores polimórficos. Pelo processo normal de genotipagem, seriam necessários 2400 reações de amplificação e 100 géis de poliacrilamida (24 amostras por gel) enquanto que, utilizando a estratégia dos grupos foram necessários 540 reações de amplificação e 33 géis de poliacrilamida, o que representou uma redução de 4.4 vezes no número de reações e de 3 vezes no número de géis além de um ganho considerável no tempo necessário para realizar as análises. Esta abordagem utilizando a formação de grupos é uma estratégia viável para identificação de marcadores polimórficos em populações para as quais se tenham informações prévias como dados de origem, dados fenotípicos como é o caso da coleção de acessos da Etiópia de #C. arabica# existente no banco do IAPAR-PR fornecendo informações rápidas e de maneira mais econômica para os estudos de diversidade e mapeamento associativo da coleção. Apoio financeiro: CNPq, CIRAD, IAPAR, INCT. (Texte intégral)

Classification Agris : F30 - Génétique et amélioration des plantes

Auteurs et affiliations

• Ferreira R.V., IAPAR (BRA)
• Santos M.A., IAPAR (BRA)
• Charmetant Pierre, CIRAD-BIOS-UMR DAP (BRA) ORCID: 0000-0003-0346-9202
• Marraccini Pierre, CIRAD-BIOS-UMR DAP (BRA) ORCID: 0000-0001-7637-6811
• Leroy Thierry, CIRAD-BIOS-UMR DAP (FRA)
• Vieira Luiz Gonzaga Esteves, IAPAR (BRA)
• Sera T., IAPAR (BRA)
• Pereira Luiz Filipe P., IAPAR (BRA)
• Pot David, CIRAD-BIOS-UMR DAP (FRA) ORCID: 0000-0001-6144-8448

Source : Cirad - Agritrop (https://agritrop.cirad.fr/558705/)

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